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中医元气论思想大约形成于东汉时期，由探讨宇宙本原的哲学概念，逐渐转换为探讨人体生命本原以及本体的概念。作为人体生命本原的元气，具有无形、化生、全息、整体、运动等特征。哲学认为元气是构成和推动宇宙万物产生和发展变化的原始物质。《鹖冠子·泰录》载：“天地成于元气，万物成于天地。”中医认为人是自然的产物，赖天地精气以化生，人禀天地之气生，故元气是构成和维持人体生命活动的最基本物质，是人体生命活动的原动力。中医学之元气源于古代哲学之元气，并赋予了新的理论内涵。元气的“元”指的是人体所储存的元精，是组成人体脏腑组织细胞的最基本物质，也就是所谓的可以化生人体万物的最基本单位；元气的“气”指的是脏腑利用元精运化水谷精微之功能，可分为阳气和阴气，阳气指元精生发、生长的功能，阴气指元精收敛、收藏的功能。阳气和阴气是元精本身因时间变化所产生互相“消长变化”的两种不同功能。《黄帝内经》最核心的思想就是元气论，“正气存内，邪不可干，邪之所凑，其气必虚”。梳理中医元气论的基本概念和理论内涵，探讨其在中医学临床和养生保健中的应用，树立“未病培元、既病保元、病后复元”的预防和诊疗观，可能对以元气为主题的防病治病方法体系和相关医疗产品的研发具有重要的现实意义。
早在春秋战国时期，哲学家就曾对人类生命的起源做过大胆的探索。如《庄子·知北游》云：“人之生，气之聚也，聚则为生，散则为死。”其认为“气”是构成人体的基本元素。《黄帝内经》继承了这一观点，把“气”作为组成人体和维持人体生命活动的基本物质，“天地合气，命之曰人”。之后的《难经·八难》也有“气者，人之根本也”的论述。《鹖冠子·泰录》指出：“天地成于‘元气’。”这是对“元气”一词的最早记载。《尔雅·释诂》中解释“元”字，曰：“元，始也。”西汉董仲舒在《春秋繁露·王道》中对“元气”亦有同样的认识，曰：“元者，始也。”其见解都把“元气”作为原始之气。《黄帝内经》无元气一说，但有“天真”“真气”“通天”“精”等之论。《素问·上古天真论》中的“天真”“真气”即元气之义。《素问·六节脏象论》曰：“夫自古通天者，生之本，本于阴阳，其气九州九窍，皆通乎天气。”《灵枢·刺节真邪》曰：“真气者，所受于天，与谷气并而充身也。”“夫上古圣人之教下也，皆谓之虚邪贼风，避之有时；恬淡虚无，真气从之，精神内守，病安从来。”其中所说的“通天”“真气”都是指元气。《灵枢》把人生命的原生物质结构称为“精”。“人始生，先成精。”《灵枢·经脉》曰：“两神相搏，合而成形，常先身生，是谓精。”《灵枢》描述的“精”的形成过程，实质上是两性生殖细胞结合形成受精卵的过程。中医学把“常先身生，是谓精”的“精”亦称为元气。
中医学元气论始于《难经》，称为“原气”，其源自命门，通过三焦布达全身。命门原气主宰着个体的生长、发育，并调控着人体脏腑的机能活动。《难经》中的“原气”到李东垣时便改为“元气”，并加以阐述，学者一般认为“原”和“元”同义。《难经》首先提到“原气”一词，“脉有根本，人有原气，故知不死”，表明“原气”是关系到人生死存亡的重要物质。《难经·三十六难》曰：“命门者……原气之所系也。”《难经·八难》曰：“所谓生气之原者……谓肾间动气也。”说明“原气”起于肾间，是人体诸气的源泉。《难经·三十六难》又云：“脐下肾间动气者，人之生命也。”《难经·八难》强调：“故气者，人之根本也，根绝则茎叶枯矣。”说明“原气”是生命的根本，亦指明它聚于脐下。《难经·三十六难》言：“三焦……有原气之别焉，主持诸气。”说明“原气”由肾间而分布三焦，从而发挥它的动力作用。“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。”指出“原气”为肾中精气所化生。“脐下肾间动气，人之生命也，十二经之根本也”则强调“原气”之于人体的重要性。“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑”则提出了“原气”的运行通道是三焦。
由此可见，中医元气论思想大约形成于东汉时期，由探讨宇宙本原的哲学概念，转换为探讨人体生命本原以及本体的概念，即作为人体生命的本原是元气。后世医家在《黄帝内经》《难经》的理论基础上，发挥演绎，逐渐形成“肾、命门—元气”之说。该说法认为元气藏于肾，命门附于肾，为“水火之府，阴阳之宅”，肾、命门为元阴、元阳所在，认为元气即肾气、肾元、肾真、元真、元精、真气、肾间动气。元阴即肾阴、肾精、阴精、真阴、真水、肾水，元阳即肾阳、阳精、真阳、真火、命火、少火。肾阴藏精主水，肾阳主命门之火；元气、原气、真气都主要指先天之气。真气与元气是人体“天真本原之气”，是生命的原动力，后世又称之为“真元之气”或“元真之气”，如《金匮要略》中强调：“五脏元真通畅，人即安和。”如刘完素在《素问玄机原病式》中指出：“夫太乙天真元气，非阴非阳，非寒非热也。是以精中生气，气中生神，神能御其形，由是精为神气之本，形体之充固，则众邪难伤，衰则诸疾易染。”李东垣在《脾胃论·脾胃虚则九窍不通论》中指出：“真气又名元气，乃先身之精也，非胃气不能滋之。”反之，脾胃虚弱，气血乏源，日久损伤脾肾，元气亦伤，变生诸症，诚如《脾胃论·脾胃虚实传变论》言：“脾胃之气既伤，而元气亦不能充，而诸病之所由生也。”《温疫论》认为：“凡元气胜病者为易治，病胜元气者为难治。”《寿世保元》曰：“夫人之一身，有元神，有元气，神官于内，气充于体，少有不保，而百病生矣。余谬为保元云者，正欲保其元神，常为一身之主，保其元气常为一身之辅，而后神固气完，百邪不能奸，百病无由作矣。”
明代张介宾把元气放在命门的水火阴阳中加以阐释，是对命门与元气关系新的发挥。他在《类经附翼》中指出：“命门者，先天之生我者，由此而受，后天之我生者，由此而载也……以其为生气之源。”而“命门之火，谓之元气”，故“命门者……为精气之海”。元阳在本质上即元气，正如《景岳全书·传忠录》所述“元阳者，即无形之火……亦曰元气……元气完固，则精神昌盛”。与此同时，张介宾还阐发了元阴即命门真水，精血与元气间互根互生的关系。张介宾曰：“水中之火，乃先天真一之气。”又曰：“水中有真气，火中有真液，不从精血，何以使之降升？”他把脐下丹田认作命门，即为元气的发生之处。他还认为脾胃与命门相关，指出脐下元气“自下而上与后天胃气相接而化，此实生生之本也”。张介宾以脐下为命门，曰：“先天真一之气藏乎此。”即“一点元灵之气，聚于脐下”（《类经附翼》）。对此，后人也多有阐述，如唐容川在《血证论》中论述道“人身之气，生于脐下丹田气海之中”“肾者水脏，水中含阳，生化元气，根结于丹田”。
综上所述，元气具有以下3个特性：①元气具有物质性；②元气具有鲜明的先天性；③元气受后天的影响。元气的生成以先天之精为基础，又赖后天之精的培育。从父母禀受的先天之精气，经肾的化生作用和水谷精微的滋养而生成元气。元气以肾中所藏之精气为主，依赖于肾中阳气蒸腾而成。元气的盛衰与先天禀赋有直接关系，但后天的饮食、劳作、精神因素、疾病等也可以改变元气的强弱。先天禀赋不足者，可通过后天饮食调养与锻炼等使元气逐渐充足；而先天元气充足者，也会由于后天各种因素的影响导致元气不足。李东垣在《脾胃论》中提道：“元气之充足，皆由脾胃之气无所伤，而后能滋养元气。若胃气之本弱，饮食自倍，则脾胃之气即伤，而元气亦不能充。”
元气发于肾间（命门），通过三焦，沿经络系统和腠理间隙循行全身，内而五脏六腑，外而肌肤腠理，无处不到，以作用于机体各个部位。元气循行的方式有两种：一是并营卫之气，行于十二正经或奇经八脉之中；二是独行于本经经别之中。元气循行的道路：始于肾间，经上、中、下三焦，由手太阴经进入十二正经之中，布于周身，蓄于奇经，溢于三百六十五穴，再经腠理和大小经络汇聚于四肢末端的井穴，入本腧至经别，直接深入脏腑，继而浅出头项部、胸腹腧穴和背俞穴，自奇经总集于任督二脉，下归于肾脏。元气在循行过程中，经过了人体的各脏腑、经络及体表组织。元气循此路径，周而复始地循行，以发挥其正常的生理功能。清代张锡纯对元气的敷布探索尤有独创，提出肝为元气的萌芽之脏，他在《医学衷中参西录》中云：“元气之上行，原由肝而敷布。”且认为元气在先天主施，在后天主敛，在肝主散。这说明元气的布散与五脏六腑、十二经脉、奇经八脉有关，尤与肺、脾、肝、肾关系密切。
元气由后天水谷精气和清气（氧气）不断补充而形成正气。正气包含物质之气和功能之气两层含义。人体正气的盛衰影响人体健康和生命寿夭。如《医权初稿》所说：“人之生死，全赖此气，气聚则生，气壮则康，气衰则弱，气散则死。”
人体物质之气，指血、精、津、液等物质，是人体新陈代谢的产物，具有滋养濡润脏腑经络的功能，是人体生长发育、维持生命活动的物质基础。如《素问·六节脏象论》曰：“五味入口，藏于肠胃，味有所藏，以养五气，气和而生，津液相成，神乃自生。”《素问·阴阳应象大论》曰：“人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。”
人体功能之气有宗气、卫气、营气、脏腑之气、经脉之气等，具有推动、激发、温煦、固摄、防御、蒸腾等功能。如：积于胸中的宗气有司呼吸、贯心脉、助血运等作用；行于脉外的卫气有温分肉、充肌肤、肥腠理、司开合、御外邪等作用；布于脏腑的脏腑之气，有维持五脏六腑的生理活动的作用；达于经络的经脉之气有沟通内外、运行血脉等作用。
人体之气是运动变化的，运动形式有升降、出入、循环、转化等。《黄帝内经》指出：“升降出入，无器不有。”说明升降出入是自然界物质运动的共同形式。人体之气的运动亦有升降出入，如：清阳之气主升，浊阴之气主降；五脏中脾、肝、肾之气主升，心、肺之气主降；十二经中手三阳经和足三阴经主升，手三阴经和足三阳经主降。出入形式如鼻孔吸入自然界清气，口进饮食五味，为入；大、小便的排出，汗液分泌，为出。升降出入正常，才能维持人体动态平衡。气机的升降出入，贯穿于生命活动的全过程，故《素问·六微旨大论》指出：“出入废，则神机化灭；升降息，则气立孤危。故非出入则无以生、长、壮、老、已，非升降则无以生、长、化、收、藏。”人体之气周而复始地运行于周身，以发挥其作用。《灵枢·脉度》说：“气之不得无行也，如水之流，如日月之行不休……如环之无端，莫知其纪，终而复始。”气是可以转化的，即《素问·阴阳应象大论》所说：“味归形，形归气，气归精，精归化；精食气，形食味。化生精，气生形。”说明气的运动转化，是由脏腑气化功能决定的。脏腑气化功能正常，五味水谷之气不断转化为人体所需的物质之气，以充实形体和满足生命活动的需要。而脏腑气化功能的强弱又是由物质之气的盛衰决定的，物质之气充盛，则脏腑气化功能正常。此即形可化气，气可生形的形气转化观。
元气具有推动和温煦的功能。它推动人体的生长发育与生殖，温煦和激发各个脏腑、经络等组织器官的生理活动，是人体生命活动的原动力，是维持生命活动的最基本的物质。命门为元气之根，水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。故《石室秘录》曰：“心得命门而神明有主，始可以应物；肝得命门而能谋虑；胆得命门而能决断；胃得命门而能受纳；脾得命门而能转输；肺得命门而能治节；大肠得命门而能传导；小肠得命门而能布化；肾得命门而能作强；三焦得命门而能决渎；膀胱得命门而能收藏。”文中命门是元气的发生处，这里可代指元气。全身各脏腑的生理活动，如心主神明应物，肝之决断，胃之受纳，脾之转输，肺之治节，大肠之传导，小肠之布化，肾之作强，三焦之决渎，膀胱之收藏等，都是在“得命门”，即在“元气”的温煦和激发作用下才产生的。元气充沛，则各脏腑组织的功能活动旺盛；元气不足，其温煦和激发作用低下，各脏腑组织的功能就不能得到正常发挥。元气推动了人体的生长发育及维持正常的生殖功能，温煦和激发了各脏腑、经络等组织器官的生理活动。所以说，元气是人体生命活动的原动力，是人体内最根本、最重要的气。元气的盛衰，即是生命的存亡，故《医学源流论》曰：“此中一线未绝，则生气一线未亡。”
元气由肾中精气所化生，而肾中精气除了“已有定数”的先天之精外，尚可通过培补后天之精来弥补或延缓肾中精气的消耗，进而不断化生元气以供养身体。诚如张介宾所云：“人之自生至老，凡先天之有不足者，但得后天培养之力，则补天之功，亦可居其强半。此脾胃之气，所关于人生者不小。”这是元气学说运用于临床的理论依据。元气使人发病有四种表现：其一是物质不足，气化失常。如脾气虚则体现为运化和统血功能衰弱，心气虚表现为心主血功能衰退，肾气虚体现为藏精、生髓、生殖及司二便功能衰退。其二为气机失常。《黄帝内经》曰：“气相得则和，不相得则病。”张景岳也说：“气之在人，和则为正气，不和则为邪气。”如情志异常，使人体之气发生的病变是“怒则气上”“喜则气缓”“悲则气消”“恐则气下”“惊则气乱”“思则气结”。寒热不适及劳役过度，也可出现“寒则气收”“炅则气泄”“劳则气耗”等。其三为气滞，即气行不畅，进而可导致血瘀。其四为气逆，即气不下行而上逆，或气不顺达而横逆。如肺气不降而上逆出现咳喘，胃气不降而上逆出现呃逆、恶心、呕吐，肝失条达而横逆出现胁痛，若横逆犯胃则出现呃逆、吐血等证。
元气亏虚乃百病之源，《黄帝内经》指出“邪之所凑，其气必虚”“正气存内，邪不可干”，认为正气强盛，血气充盈，则人体内脏功能正常，外邪无从侵入，疾病也就无从发生。《难经》也谈到“所谓生气之原……此五脏六腑之本、十二经脉之根，一名守邪之神”，明确指出元气是“守邪之神”，具有护卫人体肌表、防御和抵抗病邪等重要作用。明代医家萧京继承和发展了《黄帝内经》《难经》的发病学理论，从自己的实践经验出发，指出“每见虚而受补者十居八九，实而耐攻者十仅二三”，认为时人先天禀赋不足，真元易于受损、脱失，先天元气易于亏虚者占大多数。他在《轩岐救正论》中说：“六气之入，未有不先于元气虚弱，以致卫气不能卫外，而任邪气侵卫，营气不能营内，而任邪气攻内也。”认为元气亏虚导致护卫肌表、防御外邪入侵的功能减弱，这是引起六淫入侵的关键因素。他又指出“劳倦不能耐，则肺之元气虚；思虑不能周，则心之元气虚；饮食不能运，则脾之元气虚；智谋不能决，则肝之元气虚；精血不能充，则肾之元气虚”。
王清任关于中风（卒中）发病的“亏损元气”一说，是元气学说运用于临床的典范。王清任极为推崇张景岳的中风“气虚说”，“独张景岳有高人之见，论半身不遂大体属气虚，易中风之名，著非风之论”，并明确提出中风半身不遂，“亏损元气，是其本源”。至于元气之于人体生命活动的重要性和中风的发病机制，他作了如下阐述：“元气藏于气管之内，分布周身，左右各得其半。人行坐动转，全仗元气。若元气足，则有力；元气衰，则无力；元气绝，则死矣。若十分元气，亏二成剩八成，每半身仍有四成，则无病；若亏五成剩五成，每半身只剩二成半，此时虽未病半身不遂，已有气亏之症，因不疼不痒，人自不觉。若元气一亏，经络自然空虚，有空虚之隙，难免其气向一边归并，如右半身二成半，归并于左，则右半身无气；左半身二成半，归并于右，则左半身无气。无气则不能动，不能动，名曰半身不遂。”治疗则重在培补元气，重用黄芪，并创立补阳还五汤。可见，元气是维持人体生命活动的物质基础，元气充实则人体脏腑经络的机能旺盛，抗病能力强盛，邪气难以入侵。若元气亏虚，则人体防御功能减退，邪气易于侵犯人体。因此，张景岳强调“然求复之道，其道何居？盖在天在人，总在元气，但使元气无伤，何虑衰败”“元气既损，贵在复之而己”（《景岳全书》）。
随着物质水平的不断提高和生活压力的逐步增大，损伤元气的因素越来越多，元气受损常导致变证蜂起，痼疾纷繁。精神性疾病、恶性肿瘤、糖尿病、免疫力下降等逐渐成为棘手的医学问题。人口老龄化使得保障老年人的身心健康成为医疗保健的严峻挑战。而绝大多数挑战来自对复杂性状疾病的病因和发病机制了解不多和不全面，这些疾病很难在早诊断早治疗等重要环节上采取有效办法和干预措施，针对它们的预防将成为艰巨的任务。近年有学者利用元气学说解释艾滋病患者全身乏力、纳差、长期低热及腹泻、进行性消瘦及淋巴结肿大等临床症状，并运用命门元气三焦理论对HIV（人类免疫缺陷病毒）/AIDS（艾滋病）元气损伤的机理进行探索，认为在HIV/AIDS发生发展的全过程，伴随着疫毒肆虐三焦，始终存在着疫毒对命门元气三焦的损伤，乃至中晚期造成命门元气的耗竭。因而对HIV/AIDS的治疗应时时调护五脏气血阴阳，培补命门元气，这对HIV/AIDS的治疗具有重要的意义。再譬如目前对于多发病、慢性病的病因研究表明，人体自身功能的紊乱和免疫力的下降是其重要因素，这与中医元气亏虚致病的理论不谋而合。随着当今人类疾病谱的变化，慢性疾病和难治性疾病逐渐成为医学领域的重大研究课题，老年医学和环境医学被提到重要议事日程，急需要医疗向保健和预防进行转变。在这样的背景下，中医元气的研究会得到越来越多的重视，加强中医元气理论的相关研究，不仅有利于丰富和完善中医理论体系，而且能更加有效地指导临床治疗，更好地发挥中医药治疗的优势，为困扰当今医学界的诊疗难题寻找新的切入点和突破口，也可能对中医临床诊疗技术带来广泛而深远的影响。