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林奈是坚定的“神创论”者，他坚信：大自然是造物主创造的，因而是井然有序的。林奈一生致力于为大自然建构秩序。对自然界的万物进行分类和命名，是他要实现这一目标的具体方式。他的分类旨在彰显造物主的高明，显示了世间万物所构成的一条“存在巨链”。在这条巨链上，人处于最顶端，代表造物主最高贵的杰作。
“存在巨链”由古希腊哲学家亚里士多德提出，试图说明整个生命界是一个发展与联系的自然阶梯，这被后人称为“伟大的存在之链”，其影响一直持续到今天。
林奈提出的所谓自然分类系统，试图把所有生物分门别类地建立起一系列分类顺序法则。理想的生物分类应能反映出相互间“自然”的亲缘关系，故称为“自然系统”。这种分类序列（ 阶元 ），已从林奈最初提出的门、纲、目、属、种，发展到现在的界、门、纲、目、科、属、种。整个序列是嵌套式的，类似俄罗斯套娃。我们人类在这一序列中的位置从上而下是：动物界（ Animalia ）、脊索动物门（ Chordata ）、哺乳动物纲（ Mammalia ）、灵长目（ Primates ）、人科（ Hominidae ）、人属（ Homo ）、智人种（ Homo sapiens ）。
人类在自然分类系统中的位置
“存在巨链”的思想不是林奈的发明，它的历史可以追溯到古希腊时期，并被西方一些哲学家逐步完善，成为“创世论”的佐证。这一思想认为，世上万物都是造物主按预先设计的完美蓝图，沿着一条从低等到高等的巨型长链“有序”地排列开来，每一个物种在这条巨链上都占有自己特定的位置，并且一经创造后，便不会改变。
林奈提出的体系，原本是要证明造物主所创造的生物多样性是多么井然有序。他的《自然系统》旨在支持这些传统的观点——物种不变（ 物种固定论 ）以及造物主在创世中的独特作用（“ 创世论” ）。
1859年出版的《物种起源》彻底颠覆了“存在巨链”的思想，达尔文用生物演化论推翻了“创世论”，带来了人类思想史和科学史上一场重大的革命。
然而，林奈创立的生物分类体系和命名法幸存了下来，这又是为什么呢？
达尔文《物种起源》里唯一的插图，即那棵分叉的“生命之树”示意图，标志着真正的自然系统学的开端。
《物种起源》里的“生命之树”图，也是原著中唯一的一张插图。
达尔文的生物演化论解释了物种之所以可以归入属、属之所以可以归入科等层层相嵌的分类系统，是因为它们在演化历史上的某一时间点上，曾有一个共同的祖先；而对共同祖先追溯得越远，其分类等级也越高。
换句话说，同一个属里所有物种有个最近的共同祖先，而同一个科、目、纲、门里的所有物种递次有越来越远的共同祖先。这才是真实反映了物种之间亲缘关系（ 系谱近似 ）的自然分类系统！这也正是生物演化论的精髓所在：地球上的生物多样性起源于远古时期一个共同祖先（ “万物共祖”学说 ），是经过亿万年来长期的生物演化而发生的。
达尔文革命的伟大之处，在于突然间令林奈的自然分类系统的含义发生了彻底的改变——生物演化论揭示了生物演化的真实历史轨迹，使生物分类学家不再像林奈那样试图去赞美造物主计划之完美。在这个意义上，达尔文给了林奈的自然分类系统以全新的生命，从而拯救了林奈的自然分类系统框架。
不过，林奈在科学史上仍然占据重要的地位：他不仅创建了生物分类命名法，还亲自命名了4000多种动物、7000多种植物，其中包括数千种昆虫、鱼类和贝类。他以自己不懈的努力，结束了过去博物学分类命名上的乱象，为如今国际通用的现代生物分类命名体系打下了坚实的基础。
林奈的《植物种志》与《自然系统》分别成为现代植物命名法、动物命名法的起点，被视为现代生物分类和命名的开山之作。林奈分类命名体系的标准化与实用性，使它在世界范围内被博物学家们迅速采用，并一直沿用到今天。
林奈的动物分类“六大纲”
160多年前，达尔文在《物种起源》里指出，生物之间的亲缘关系可以用一株大树来表示（“生命之树”），其中嫩枝、绿叶和新芽代表现存的物种，枯萎、折落的枝叶则代表先后灭绝的物种。可惜，已灭绝物种的化石在达尔文时代被发现得极少，这也是他颇为头痛的问题之一。但是，他根据生物演化论确信，已灭绝的生物物种总数大大超过了现生物种的总数。
经过达尔文以来数代古生物学家的努力，我们已经发现了许许多多灭绝生物的化石物种，证实了达尔文预见的正确性。本章简要地回顾了地球历史上的生物多样性，让我们一起来认识一些现已灭绝的奇妙生物。