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秦始皇焚书，是中国学术史上一个重大事件。这个事件对中国辨伪学发展的进程曾产生过不可低估的影响。今文经、古文经之争，缘起于秦之焚书，后世大量伪书的出现，也多与焚书有关。因此弄清这个事件的来龙去脉，很有必要。
焚书事件缘起于公元前213年的一场关于实行郡县制还是分封制的争论。李斯借此机会提出：
古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学乃相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群小以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》百家语者，悉诣守尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市，以古非今者族，吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。
李斯的建议，表述了以下几条意见：①秦统一天下后，为了禁止儒生的“以古非今”（具体说，就是心非、巷议、夸主、造谤），巩固中央集权统治，建议焚禁古书，绝其依据；②各国史书除《秦纪》外全部烧掉；③博士官所执掌的《诗》《书》、诸子书不在烧毁之列；④实行严厉制裁的措施以保证焚禁古书政策的落实。
关于这次焚书，还见于《史记》其他篇目的记载。如《六国年表序》载：“秦既得意，烧天下《诗》《书》，诸侯史记尤甚，为其有所讥刺也。《诗》《书》所以复见者，多藏人家；而史记独藏周室，以故灭。惜哉！惜哉！独有《秦纪》，又不载日月，其文略不具。”《史记·太史公自序》云：“周道废，秦拨去古文，焚灭《诗》《书》，故明堂石室金匮玉版图籍散乱。”《史记·儒林列传》也云：“及至秦之季世，焚《诗》《书》，坑术士，六艺从此缺焉。”
由此可见，焚书事件对先秦古书无疑是一次空前的浩劫。各国史书损失尤其惨重，然民间所收藏的《诗》《书》及诸子书，则远没有被烧绝。正如南宋郑樵所云：
萧何入咸阳，收秦律令图书，则秦亦未尝无书籍也。其所焚者，一时间事耳……《诗》有六亡篇，乃“六笙”诗，本无辞；《书》有逸篇，仲尼之时已无矣。皆不因秦火。
又云：
秦人焚书而书存，诸儒穷经而经亡。
元马端临则指出：
昔秦燔经籍而独存医药、卜筮、种树之书，学者抱恨终古。然以今考之，《易》与《春秋》二经首末具存，《诗》亡其六篇，或以为笙诗元无其辞，是《诗》亦未尝亡也。《礼》本无成书，《戴记》杂出汉儒所编，《仪礼》十七篇及《六典》最晚出，《六典》仅亡《冬官》，然其书纯驳相半，其存亡未足为经之疵也。独虞、夏、商、周之书，亡其四十六篇耳。然则秦所燔，除《书》之外，俱未尝亡也。
然而到了秦末，项羽一把火烧了阿房宫，将宫内保存的图书付之一炬。正如胡三省所云：
秦之焚书，焚天下之人所藏书耳。其博士官所藏，则故在。项羽烧秦宫室，始并博士所藏者焚之。此所以后之学者咎萧何不能于收秦图书之日并收之也。
尽管如此，收藏于民间的儒经并没完全毁掉，到西汉初年，时有失而复见者，正如《史记·太史公自序》所说：“《诗》《书》往往间出。”秦火后，重新被发现的古文经共有十种，即《周易》《尚书》《毛诗》《礼经》《礼记》《周官》《春秋》《左传》《论语》《孝经》。关于古书几次失而复得的重大的发现：
一是约在汉景帝末年、武帝初年，鲁共王刘馀“坏孔子宅，欲以广其宫，而得古文《尚书》及《礼记》《论语》《孝经》凡数十篇”。
二是河间献王得民间所藏古文经。《汉书·景十三王传》载：
河间献王德，……修学好古，实事求是，从民得善书，必为好写与之，留其真，加金帛赐以招之。繇是四方道术之人，不远千里，或有先祖旧书，多奉以奏献王者，故得书多，与汉朝等。是时淮南王安亦好书，所招致，率多浮辩。献王所得书，皆古文先秦旧书，《周官》《尚书》《礼》《礼记》《孟子》《老子》之属，皆经传说记，七十子之徒所论。
三是河内女子发老屋得《易》《礼》《尚书》。《论衡·正说篇》载：“至孝宣皇帝之时，河内女子发老屋，得逸《易》《礼》《尚书》各一篇，奏之。”
《尚书序疏》：“案王充《论衡》及后汉史，献帝建安十四年，黄门侍郎房宏等说云：‘宣帝本始元年，河内女子有坏老子屋得古文《泰誓》三篇’。”
四是杜林得漆书古文《尚书》。《后汉书·杜林传》载：
林前于西州得漆书古文《尚书》一卷，常宝爱之，虽遭艰困，握持不离身。出以示（卫）宏等，曰：“林流离兵乱，常恐斯经将绝，何意东海卫子（宏）、济南徐生（巡）复能传之，是道竟不坠于地也。古文虽不合时务，然愿诸生无悔所学。”宏、巡益重之，于是古文遂行。
古文经的不断发现，打破了今文经的一统天下，引发了今古文之争。今文经学派认为古文经全系“向壁虚造”之伪作，古文经学派则认为今文经“抱残守缺”，全系穿凿附会之伪说，这场学术之争，直接影响着辨伪学的发展。