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从东汉末到隋初四百年间，除西晋短期统一外，大部分时间处于分裂和动荡不安的状态。朝代更易，战争频发，每一次战争兴起，书籍就要遭受一次厄运。比如西晋的“八王之乱”，战争延续了十六年，造成大量典籍毁于战火。十六国时，汉刘聪攻破洛阳和长安，西晋灭亡。“京师荡覆，渠阁文籍，靡有孑遗。”
再如南朝梁的“侯景之乱”，使建康宫内藏书多化为灰烬。后梁元帝将文德殿等官、私藏书七万余卷，运至江陵。公元554年，西魏攻破江陵，梁元帝下令将藏书全部焚毁。而每一个新朝的建立，随之而来的就是访书、献书的高潮。在书籍的收集过程中，伪书就跟着出现了。比如西晋“永嘉之乱”后，文籍沦丧，东晋逃迁至江南后，就下令求书。当时豫章内史梅赜（一作梅颐）献了一部《古文尚书》，共五十八篇。其中包括西汉《今文尚书》二十八篇，但分为三十三篇（从《尧典》中分出下半为《舜典》，从《皋陶谟》中分出下半为《益稷》，《盘庚》仍为三篇，《顾命》中分出下半为《康王之诰》）。又从百篇《书序》中选取十八个篇名，从当时的古籍中搜集文句，连缀成二十二篇，其中《太甲》《说命》各三篇。并新撰伪《泰誓》三篇。以符合刘向、郑玄所说的古文五十八篇之数。另外在全书前伪造了一篇孔安国《序》，并伪造了孔安国为《古文尚书》作的传。这部伪书竟然登上了儒家经典的正统地位，直到宋代被朱熹等人看出破绽，经明代梅鷟和清代阎若璩、惠栋等的考辨，才定其为伪。
这部伪《古文尚书》究竟出自何人之手，历代学者说法不一。最初朱熹只说是晋、宋间文章，恐是魏、晋间人所作，没有提具体的人；明代梅鷟认为是皇甫谧作；清黄宗羲、阎若璩则认为是梅赜所作；臧琳、惠栋、戴震、江声、丁晏、皮锡瑞等人皆以为是魏王肃所作，近人顾颉刚也坚信为王肃所作，但至今很难形成定论。
此外，被指为王肃伪造的还有《论语》孔安国注和《古文孝经》孔安国传。清丁晏《尚书余论》有“王肃私造古文以难郑君，并《论语》孔注、《孝经》孔传，皆肃一手伪书”一节，称：“《论语》孔注，亦系伪书，实出王肃之手，与《书传》（《尚书》孔安国传）一时所为也。”
他还专作《论语孔注证伪》一书证其伪。另撰《孝经征文》，认为《古文孝经》孔安国传也为王肃所伪造。
《三国志·王肃传》云：“肃善贾（逵）、马（融）之学，而不好郑氏（玄）。采会异同，为《尚书》《诗》《论语》、三《礼》、《左氏解》，及撰定父朗所作《易传》，皆列于学官。……肃作《圣证论》以讥短玄。”王肃在作《圣证论》的同时，为了给自己的经说提供更有力的证据，于是改篡了原来的《孔子家语》。《汉书·艺文志》载“《孔子家语》二十七卷”，颜师古注曰：“非今所有《家语》也。”可知唐时所传《孔子家语》已非汉时旧本，是王肃所注之本。《孔子家语》托名孔子弟子集录，称后经孔安国“以事类相次，撰集为四十四篇”。为了取信于世人，王肃在《孔子家语序》中称：
郑氏学行，五十载矣。……寻文责实，考其上下，义理不安，违错者多，是以夺而易之。……孔子二十二世孙有孔猛者，家有其先人之书。昔相从学，顷还家，方取以来。与予所论，有若重规叠矩者。……今或者天未欲乱斯文，故令从予学，而予从猛得斯论，以明相与孔氏之无违也。斯皆圣人实事之论，而恐其将绝，故特为解以贻好事之君子。
王肃在此申明此书出于孔子后人，书中所论与己说暗合，来证明己说之不谬。当时人对此书真伪已有怀疑。马昭称：“《家语》王肃所增加，非郑（玄）所见。”
又称“《家语》之言，固所未信”。
宋以来，历代学者对此书多有考辨之论。如朱熹称：“《家语》只是王肃编古录杂记。其书虽多疵，然非肃所作。”
王柏称：“四十四篇之《家语》乃王肃自取《左传》《国语》《荀》《孟》、二《戴记》割裂织成之。孔衍之序，亦王肃自为也。”
明何孟春注《孔子家语》时，疑孔安国序为王肃所伪作。清儒姚际恒认为《家语》“即肃掇拾诸传记而为之，托名孔安国作序，即师古所谓今之《家语》是也”。
范家相撰《家语证伪》十卷，孙志祖撰《家语疏证》十卷，皆以《家语》为王肃伪作。
《孔丛子》托名陈胜博士孔鲋撰。宋洪迈始疑此书，称“今读其文，略无楚、汉间气骨，岂非齐、梁以来好事者所作乎？”
朱熹称：“《孔丛子》乃其所注之人伪作”
，又说：“《孔丛子》叙事至东汉，然词气卑近，亦非东汉人所作书。”
清儒臧琳《经义杂记》则称：“尝疑《孔子家语》、孔安国《书传》《孔丛子》皆出于肃手，故其文往往互相祖述。盖三书皆托之孔氏，以希人之尊信，用以改郑说而申己意，驳郑氏非而证已是者，无不于此取之，故三书即肃之罪案也。”
《四库全书总目》“《孔子家语》提要”也称“《家语》出王肃依托，《隋志》既误以为真，则所云《孔丛》出孔氏所传者，亦未为确证。朱子所疑，盖非无见。即如《舜典》：‘禋于六宗’何谓也？子曰：‘所宗者，六皆洁祀之也；埋少牢于泰昭，所以祭时也；祖迎于坎坛，所以祭寒暑也；主于郊宫，所以祭日也；夜明，所以祭月也；幽禜，所以祭星也；雩禜，所以祭水旱也。禋于六宗，此之谓也。’其说与伪《孔传》、伪《家语》并同，是亦晚出之明证也”。近人顾实认为：“《孔丛子》《孔子家语》二书并出王肃伪托。……清儒多谓伪《古文尚书》及《孔氏传》亦出肃手。故《孔丛子·论书篇》……其说与伪孔传、伪《家语》并同，此即王肃伪造《孔丛》之证也。”
罗根泽在综合前人例证的基础上，补充了两条很重要的证据：一是“东汉各书不见征引；始征引者就谫陋所知，似乎始见王肃的《圣证论》。他说：‘学者不知孟轲字，按《子思书》及《孔丛子》有孟子居，即是轲也。……’（见《太平御览》三百六十二）……肃因欲推翻郑康成，故先造《家语》《孔丛子》诸书，然后据以为佐证，反驳郑说。孟轲之字，《史记》本传、《汉志》与《风俗通义·穷通论》皆不著，赵岐《孟子题词》谓‘字则未闻’，是必肃所造。”二是“此书《隋志》已著录，其产生当在唐臣撰《隋书》以前。郦道元《水经注》曾引此书。……郦为北魏人，则此书当在北魏以前。……书内言及季彦之卒于延光三年，亦非如李嫦所言‘季彦辈为之’。延光三年为安帝最末第二年，后经顺、冲、桓、灵四帝，至献帝，即王肃生长之时。此书既上不过安帝，下不至北魏，正在曹魏之时，又与此时作伪之王肃有关，故疑为肃造。”
可见《孔丛子》为王肃所伪造，基本可以形成定论了。
那么王肃伪造古书的目的和动机何在呢？正如梁启超所指出的：
中国人有好古的习气，愈古愈好，以为今人的见解无论如何不如古人高明。所以有许多学术上的争辩，徒恃口舌不能胜人，便造作伪书，或改窜古书，以为武器。……为争胜而作假，自西汉末刘歆起。……汉以后，至魏、晋间，有王肃出，师刘歆的故智，以为要打倒当时大经师郑康成，非假造伪书不可。所以有许多伪书，都由他一手造成的。伪《古文尚书》、孔安国《传》，据说是他改窜的，主名虽未完全确定，十成之中总有九成可信。《孔子家语》及《孔丛子》，几乎可以说完全由他一手造成，简直没有什么问题。
南齐时又出了一个造伪的人，叫姚方兴。陆德明《经典释文·序录》上记载：
齐明帝建武中，吴兴姚方兴采马、王之注，造孔传《舜典》一篇，云于大航头买得，上之。梁武时为博士，议曰：“孔《序》称伏生误合五篇，皆文相承接，所以致误；《舜典》首有‘曰若稽古’，伏生虽昏耄，何容合之！遂不行。”
刘知幾在《史通》中也说：
齐建武中，吴兴人姚方兴采马、王之义以造孔传《舜典》，云于大航购得，诣阙以献。举朝集议，咸以为非。（原注：梁武帝时，博士议曰：“《孔叙》称伏生误合五篇，盖文句相连，所以成合。《舜典》必有曰若稽古，伏生虽云昏耄，何容合之。”）及江陵板荡，其文入北，中原学者得而异之，隋学士刘炫遂取此一篇列诸本第。故今人所习《尚书·舜典》，原出于姚氏者焉。
据《梁书·武帝纪》，梁武帝萧衍未尝任博士。《经典释文》谓萧衍为博士时议《舜典》，显然有误，而刘知幾《古今正史篇》自注所云：梁武帝时，博士议姚本《舜典》不合为是。可见这篇伪《舜典》当时即被博士官看破，然而后来传到北方，却受到学者的重视，刘炫依篇目次序将其列入《尚书》中。
刘炫也是一位造伪专家。他曾伪造《连山易》《鲁史记》等书百余卷，录上送官，取赏而去。因此被人告官，险些丧命。（案：梁启超在《古书真伪及其年代》第二章中称：“刘炫因《周易》而想及《连山》《归藏》。书初上时，文帝大喜，后来知道是假的，以为大逆不道，就把刘炫杀了。一代大学者因为造假书被砍头，太不值得。”不知何据？《隋书·儒林传》明确记载：“后人讼之，经赦免死，坐除名，归于家，以教授为务”，后遇战乱“冻馁而死”，何从因造伪而死？显然梁先生记错了。）
总之，魏晋南北朝时期托古作伪之风盛行。然其间也不乏对古书考辨的学者。如北齐的颜之推在《颜氏家训·书证篇》中，对许多古书发疑并考辨。比如他指出：
《通俗文》，世间题云：“河南服虔字子慎造。”虔既是汉人，其《叙》乃引苏林、张揖；苏、张皆是魏人。且郑玄以前，全不解反语，《通俗》反音，其会近俗。阮孝绪又云李虔所造。河北此书，家藏一本，遂无作李虔者，《晋中经簿》及《七志》，并无其目，竟不得知谁制。然其文义允惬，实是高才。
在此，颜氏已注意从作者所处时代、音韵、目录、文义等方面考察真伪。例如：
或问：“《山海经》，夏禹及益所记，则有长沙、零陵、桂阳、诸暨，如此郡县不少，以为何也？”答曰：“史之阙文，为日久矣；加复秦人灭学，董卓焚书，典籍错乱，非止于此。譬犹《本草》，神农所述，而有豫章、朱崖、赵国、常山、奉高、真定、临淄、冯翊等郡县名，出诸药物；《尔雅》周公所作，而云‘张仲孝友’（案：张仲，周宣王时人）；仲尼修《春秋》，而《经》书孔丘卒；《世本》左丘明所书，而有燕王喜、汉高祖；《汲冢琐语》，乃载《秦望碑》；《苍颉篇》李斯所造，而云‘汉兼天下，海内并厕，豨黥韩覆，畔讨灭残’；《列仙传》刘向所造，而《赞》云七十四人出佛经；《列女传》亦向所造，其子歆又作《颂》，终于赵悼后，而传有更始韩夫人、明德马后及梁夫人媳：皆由后人所羼，非本文也。”
在此，颜之推已经注意找出书中所出现的后世的地名、人名、史实来证明这些书籍之中有后人羼入的成分。但是他尚未敢彻底动摇这些伪书的地位，也未考定它们的成书年代。
针对汉魏以来谶纬书的出现，南朝梁刘勰指出：
按经验纬，其伪有四：盖纬之成经，其犹织综，丝麻不杂，布帛乃成。今经正纬奇，倍摘千里，其伪一矣；经显圣训也，纬隐神教也，圣训宜广，神教宜约，而今纬多于经，神理更繁，其伪二矣；有命自天，乃称符谶，而八十一篇皆托于孔子，则是尧造绿图，昌制丹书，其伪三矣；商周以前，图箓频见，春秋之末，群经方备，先纬后经，体乖织综，其伪四矣。伪既倍摘，则义异自明，经足训矣，纬何豫焉？
他依据经书来考证纬书，认为有四点可证明纬书是伪托：一是用纬书来配经书，正和织布一样，用丝、麻制成的经线、纬线必须相互配合，才能织成布或帛。今经书是正常的，而纬书却很诡奇，彼此背迕，相距千里。二是经书彰显圣人的训诫，而纬书却隐用神秘的道理来说教。本来应该是经书文字篇幅多，而纬书文字篇幅小，而现在却是纬书多于经书。三是要由上天所降的旨意，才能称作“符谶”，可是有人说八十一篇纬书（案：指河图九篇、洛书六篇、七经纬三十六篇、“自黄帝至周文王所受本文”三十篇，共计八十一篇），全是孔子所作。纬书中又说唐尧制造了绿图，周文王制造了丹书。四是在商周以前，符命占验已大量出现，但经书在春秋末年才齐全。如果是先有纬书而后有经书，这就违背了经纬相织的正常规律。这里通过比较经书和纬书的内容旨意、文字篇幅以及作者异同上，列举“四证”，很有说服力。
他还根据各时代文体的不同，对当时流行的李陵、班婕妤的五言诗进行考辨，他指出：“至成帝品录，三百余篇，朝章国采，亦云周备。而辞人遗翰，莫见五言。所以李陵、班婕妤见疑于后代也。”
此外如西晋的傅玄，他认为“《国语》非丘明所作”
，又认为“《管子》之书，过半是后之好事者所加，乃管仲死后事，其《轻重篇》尤鄙俗”。
张固也认为这是有历史记载以来，第一次对管仲著作权问题提出怀疑。
再如南齐的陆澄曾怀疑过《孝经》。他说：“世有一《孝经》，题为郑玄注，观其用辞，不与注书相类。案玄自序所注众书，亦无《孝经》。”
这些只言片语仅是发疑而无考辨，然对后人考辨无疑将起到启迪的作用。
需要注意的是，随着佛经流传到中土，伪造佛经的情况随之出现。正如东晋道安所指出的：
（佛）经至晋土，其年未远，而喜事者以沙糅金，斌斌如也，而无括正，何以别真伪乎？农者禾草俱存，后稷为之叹息；金匮玉石同缄，卞和为之怀耻。安敢预学次，见泾渭杂流、龙蛇并进，岂不耻之！
为此他在编撰《综理众经目录》时，专设《疑经录》一卷，将“非佛经者”共二十六部列出。
梁启超评价道：
东晋的道安编《佛经目录》，把可疑的佛经，另外编入一门，叫做《疑经录》，因为他这样，所以后来编佛经的都很注意伪书了。
道安之后的高僧僧祐也说：
昔安法师摘出伪经二十六部，又指慧达道人以为深戒。古既有之，今亦宜然矣。祐校阅群经，广集同异，约以经律，颇见所疑。夫真经体趣融然深远，假托之文辞意浅杂，玉石朱紫，无所逃形也。今区别所疑，注之于录，并近世妄撰，亦标于末，并依倚杂经而自制名题。进不闻远适外域，退不见承译西宾，“我闻”兴于户牖，印可出于胸怀，诳误后学，良足寒心。既躬所见闻，宁敢默已。呜呼！来叶慎而察焉。
《出三藏记集》卷五“新集疑经伪撰杂录”中收录了僧祐考证出来的伪托佛经。此后，隋沙门法经《大隋众经目录》有《疑惑》《伪妄》二录，唐释道宣《大唐内典录》有《历代所出疑伪经论录》，释智生《开元释教录》有《疑惑再详录》《伪妄乱真录》等。因此司马朝军称：“魏晋南北朝时的辨伪成就主要是开创了佛经辨伪的先河。”
纵观整个魏晋南北朝时期，尚无一部专司辨伪的书籍，但人们对古书的发疑和考辨却不绝如缕。