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被誉为天才的数学家勒内·笛卡儿（René Descartes）是二元论的典型代表。他认为，人类可以用理性来进行哲学思考，他相信理性比感官感受更可靠。他宣称，在被决定的自然物质的实在（res extensa）与人和所谓上帝的自由思想的实在（res cogitans）之间存在着普遍的分离。基于此，笛卡儿在物质与精神、身体与心灵、外在的自然与内在的意识之间做了区分，物质、身体和外在的自然是可以测量和比较的，并且最终可以通过数学法则来理解。
他从数学中发现四条规则：第一，凡是我没有明确地认识到的东西，我绝不能把它当成真的来接受；第二，把我所审查的每一个难题按照可能和必要的程度分成若干部分，以便一一解决；第三，按次序进行思考，从最简单的、最容易的开始，就连那些本来没有先后关系的东西，也给它们设定一个次序；第四，在任何情况下，都要尽量全面地考察、普遍地复查，做到确信毫无遗漏。这四条规则出自1637年发表的笛卡儿（也译作笛卡尔）最有名的著作《正确思维和发现科学真理的方法论》（通常简称为《方法论》）。
就如这四条规则所表述的那样，他提出了研究问题的四个步骤法。
有了笛卡儿的“方法论”，从机械到人体解剖的研究都得以广泛展开和深入，近现代的西方科学因此得到了飞速发展。伴随着科学技术的飞速发展，社会与经济的发展也得到了推动。从微观到宏观，曾经无法触达的领域现在也对科学探索开放，光学仪器、X射线、放射性元素可以用于探测人体内部，航空工程师拥有了“飞行能力”。
在笛卡儿看来，宇宙中有两种不同的实在，即思考（自由思想）和外在世界（自然物质）。他的名言“我思故我在”，不仅确立了“我”是一个独立于肉体的、有思维的东西，也确立了人类认识世界的坚实基础。由此，运用其提出的解析演绎的方法论，宇宙世界的图像便可被认知与复现。德鲁克认为，笛卡儿的贡献体现在两个方面：其一，笛卡儿为现代世界提供了有关宇宙本源和秩序的基本公理，可将之简述为“整体即部分之和”；其二，笛卡儿提供了运用基本公理对知识加以有效组织和探寻的方法，即建立了用以联系各类概念的普遍量化逻辑，并提供了一套通用符号和语言。
“200年后的凯尔文爵士据此将笛卡儿式世界观定义为‘只要我能度量，便算我已知晓’。”
透过德鲁克对笛卡儿的总结，我们可以理解笛卡儿式世界观所隐含的两个观点。一是“部分决定整体”，人们可以通过识别、判断部分来获得对整体的认识。我们所熟悉的各个领域的开发方法，以及流水线、产业分工和企业分工，正是笛卡儿式世界观的产物。二是“由思知在”，人可以通过思考确知自己的存在。这个观点甚至被笛卡儿视为他所追求的哲学第一原理；他强调外部世界对人们认知的帮助是不可信赖的，他要从这个绝对怀疑中，引导出不容置疑的哲学原则——作为主体的“我”、思考者的“我”不容置疑。
笛卡儿认为，人的推理能够作为知识的来源，他强调应通过清晰明确的思考和推理来获得真理。他认为科学应该建立在严密的推理之上。300多年前笛卡儿提出这些观点，可谓是革命性、根本性的创新，给现代研究和实践提供了巨大的推动力和方法论指导。经由他发展的二元论，也成为人们认识自己与外部世界的普遍方法论。“在过去的300年间，不是伽利略和加尔文，不是霍布斯、洛克和卢梭，甚至不是牛顿，而是笛卡儿在决定着什么应该关注、什么比较重要、什么才是理性可行的！是他关于自己及自身所处世界的观点，划定了现代人的视野！”
现代社会的世界观无疑起源于他。
然而，笛卡儿的理性主义也受到了一些批评。一些人认为他过于强调理性，忽视了感性和经验的重要性，还有一些哲学家认为他的思想存在一些内在的矛盾和问题。马古利斯与其合作者直接指出，“文化传统中的这种二元论对科学提出了持续的挑战。如果考虑到笛卡儿二元论（身体与心灵、物质与精神、生命与非生命）的局限性，那就不会对此感到惊奇：20世纪两个最深刻的对生命及其来龙去脉的反思者都持有生物圈的看法，但他们的观点却是完全对立的。
俄国及苏联科学家弗拉基米尔·伊万诺维奇·维尔纳茨基（Vladimir Ivanovich Vernadsky）像描述矿物那样描述生物——称它们为‘活的物质’，但是，我们的朋友和同事——英国科学家詹姆斯·E.拉夫洛克却认为整个生物圈，包括岩石和空气，都可以被看作是活的东西”。
维尔纳茨基和拉夫洛克都是地球科学家，他们从不同的视角出发说明生命远不是笛卡儿所说的那样。在维尔纳茨基的著作里，生命是共同流体的一种活动，这种流体就是我们称之为水（H
2
O）的物质。
正如马古利斯所言，维尔纳茨基和拉夫洛克这两位科学家有着完全不同的观点，但是他们对于生命形式是活的东西这一点是统一的，非二元论的。有意思的是，生物化学家丹尼尔·科什兰（Daniel Koshland）在阐述大肠杆菌的精神倾向时，如此写道：
“选择”“区别”“记忆”“学习”“本能”“判断”以及“适应”一般是我们用来确认高级神经活动的词语。但是，在一定意义上，细菌可以说具备上述每一种特征……如果认为这种分析仅仅是语义上的，那是不明智的，因为在分子机制和生物功能之间似乎存在根本的联系。……这样，本能和认知之间的区别就变成了时间尺度的事情，而非原则性的事情。
随着科学与技术在各个领域的深入发展，人们有了越来越多的新的视角、新的发现、新的描述、新的叙事，同时也涌现出更多新的概念和新的术语。虽然这一切可能都是在沿用笛卡儿的理性主义和科学精神，更是“我”作为主体思考的结果，但是，我们也越发认识到，部分与整体之间、主观与客观之间、物质与精神之间、生命与非生命之间的界限似乎在发生演变、进化甚至是变革。为此德鲁克强调，“关于整体的概念在所有原则当中依然居于核心地位，不过如今它不再指部分之和，不再能够通过识别、感知、度量、预测、移动和理解各个部分来加以认识。”
随着人类不断地进化与发展，我们开始意识到身心是不可分离的，是一个统一的整体功能。马古利斯等古生物学家的研究发现，“生命自它开端便有感觉，从一开始就能够选择、决定、感觉和思维”。
而此时，用对生命感觉的理解来替代笛卡儿式世界观的时刻到了。我们不仅仅与他人紧密地联系在一起，而且与世间万物紧密地联系在一起，形成一个生命共生体、命运共同体，二者不是两个不同的实在，而是整体的实在。无论“我”思如何，我们都必须意识到“我”以外的一切生命存在。我们必须理解，“我思故我在”的“我”是局限性存在的“我”，由“我思”而做出的行为选择，本质上是一种错觉。人类需要更新自己的世界观，找到与外界共生融合的方式，不再持有以“我”为主体的世界观。