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远藤周作出生于一九二三年，三岁的时候，随家人从日本迁居到中国大连，一直居住到十岁，也就是一九三三年。这中间经过了一九三一年的“九·一八事变”，日本关东军占领了中国的东北，还有一九三二年由溥仪当傀儡皇帝的伪满洲国成立。
回到日本之后，一九三五年，远藤周作正式受洗成为天主教徒。一九四三年，二十岁时，他进入了庆应大学的文学部预科。日本高等教育体系中，最顶尖的公立大学是东京帝国大学和京都帝国大学；在私立的系统里，地位最高的则是庆应大学和早稻田大学。
两年后，一九四五年，远藤周作进入庆应大学法文系，收到了征兵通知，体检结果是乙种体位，但因得了急性肋膜炎而延期入伍。一九五〇年六月，他以战后第一批留学生的身份前往法国，那一年他二十七岁，去法国继续研读文学。
一九五三年，他回到日本，次年，三十一岁，发表了第一篇小说。他是一位在动荡时代成长因而晚熟的作家。
一九五七年十二月他发表了中篇小说《海与毒药》，次年出版成书，并以这部作品赢得了第五届新潮社文学奖和第十二届每日出版文化奖等引人瞩目的重要奖项。
一九六六年三月，他出版了长篇小说《沉默》。《沉默》是一本深浸在宗教思考中的历史小说，从出版到由马丁·斯科塞斯改编为电影在台湾拍摄，经过了半世纪的时间。
远藤周作是一个不折不扣的“昭和男”，他几乎没有任何大正时期的记忆，成长与活跃的经验都落在一九二六年之后的昭和时期。“昭和男”最主要的历史特色，就在于他们的战争经验，虽然一直拖到二十二岁战争结束，远藤周作都没有上战场，但他仍然经历了日本军国主义上升笼罩社会、控制生活的发展。
他家搬到中国东北，就反映了日本以武力扩张占领中国的一环，回到日本长大受教育的过程中，他也一直感受到可能被征兵送上战场的压力，在战场上他会经历什么？他是否还能活着从战场上回来？谁都不知道，他自己当然也不会知道。这就构成了内在于他生命的纠结困惑。