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东汉建立之初，曾有一套完善的军事制度，其特点便是“强干弱枝固边”：最优秀的军队驻扎在洛阳周边，其中南军和北军是规模最大的两支正规军，南军主要负责守卫皇宫，而北军则驻扎在洛阳周围的军营，护卫着洛阳周边的安全。
此外，洛阳还有多支强大的非正规军。城门守卫军负责管理东汉京城的城门，执金吾下辖的缇骑则负责维护京城治安。至于虎贲军和羽林军，则专门承担着保护皇帝安全的职责。光禄勋下辖的三署郎曾是最精锐的骑兵部队，而后逐渐演变成了仪仗队。
洛阳还设立了一个名为“武库”的机构，专门用来管理军队的武器和军用物资。因此，通常情况下，军队的士兵和武器是分开管理的，除非他们执行任务。这种管理方式进一步减少了军队发生叛乱的可能性。
所有上述这些军队联合起来，形成了东汉时期的“京师兵”。他们的组织结构一直存在，并各自承担着不同的任务。在大部分时间里，京师兵在名义上通常代表着最强的战斗力。
而边军的规模实际上是根据所面对敌人的强弱而定的，并不是固定不变的。
东汉前期，东汉最强大的边防军队就是北线边军，他们驻扎在北方，主要用来抵御匈奴的入侵。然而，当窦宪成功勒石燕然之后，匈奴被削弱了，因此北线边军的作战能力也开始急剧下降。东汉后期，凉州边军成为最强大的边防力量，因为当时东汉长期受到西羌的侵扰。
东汉虽然没有地方军队，但设有专门负责军事事务的武官。郡一级被称为司马，诸侯国领兵的官员被称为中尉，县一级则被称为县尉。他们的主要职责是维护当地治安，并在中央需要时进行征兵工作。战争时期，通常会向当地武官颁发招兵的任务，让他们在本地招募士兵。随后，他们将率领这些招募来的士兵，与边军一起投入战斗。一旦战斗结束，这些士兵几乎都会返回自己的家乡，恢复他们的日常生活。
到了东汉后期，这一套非常高效的军事制度因土地兼并而逐渐瓦解崩溃。
在地方郡县上，世家大族拥有绝大多数的土地，绝大多数普通人因为没有自己的土地只能沦为佃农，为那些拥有土地的世家大族打工。对于普通百姓来说，如果他们响应政府的征兵号召，前往参加战斗，那么接下来，他们全家都可能直接面临饥荒的风险。佃农全家勤劳努力的收获，可能只够维持生计。在这种情况下，一旦家中的主要劳动力参军，其他家庭成员就无法解决温饱。服役于军队，政府会向其支付一定数额的军饷，但这些军饷并不足以支撑整个家庭的开销，无法维持家人的生活。因此，到了东汉后期，许多地方的普通百姓开始逃避应征入伍。
为了解决征兵问题，当地的武官开始与当地的世家大族商议。通常情况下，世家大族会凑集人手，派遣自家的佃农参军，并承诺照顾好他们的家人，以此来凑足足够的士兵。一旦发生这种情况，就会出现一些职业“应征者”。
这些应征者基本上已不再从事种植等生产工作，而是专门从事军事招募。但这里又有一个问题：这些已成为职业士兵的人，并不受国家管辖，而是由当地的权势家族控制。因此，到了东汉中后期，这些地方的世家大族逐渐开始拥有自己的军队。尽管这些军人在名义上仍然是农民，但实际上他们已经专职从事军事工作了。地方世家大族逐渐拥有武装力量，东汉政府对地方的控制能力开始逐渐下降。这些世家大族本来就控制当地的经济和生产，如今又拥有了半独立的军队，已经成为独立的“小王国”。在东汉末期，中央政府逐渐丧失了对地方的控制权。
此外，桓、灵二帝在位时期，由于东汉边军不断对西羌进行战事，导致许多凉州派系的武将开始建立起自己的独立武装力量。这些凉州武将不仅能够自主指挥军队，独立于国家控制之外，还在当地拥有大片屯田土地。
为了平息各地的黄巾起义，汉灵帝在黄巾起义爆发后不得不发布诏令，容许地方武官在各自管辖的区域内自行征募少量军队，以“清剿”当地的黄巾军势力。黄巾起义虽然只持续了不到八个月便被东汉官军镇压，但之后仍有零星的黄巾势力在各地存在。
东汉早期的地方军事体系至此完全瘫痪。汉灵帝很难有效指挥地方军队，尤其是地方世家大族手下的军队。另外，由于需要维护镇压黄巾军的名义，汉灵帝也完全没有可能下令解散这些军队。
更为严重的是，就在黄巾起义被平定后不久，凉州的武将纷纷背叛，北宫伯玉、边章、韩遂等人率领凉州武将，直接展开了大规模的叛乱。
这些反叛的凉州兵团，与之前的黄巾起义军相比，更加难以对付。
需说明的是，之前这些凉州兵团原本就是汉朝顶尖的边防军队，他们的作战实力不容小觑。如今东汉刚刚度过了一场黄巾之乱，元气受损严重，还需要镇压各地的豪强。因此，要解决凉州的问题就更加艰难了。
在接下来的几年里，汉灵帝调遣将领皇甫嵩前往平叛，不但没能彻底解决凉州叛军的问题，反而在凉州叛军的反扑之下节节败退。一年后，凉州全境彻底沦陷。
在西凉兵团发起叛乱的同时，河北地区的黄巾军余部再次卷土重来，这些余部后来被称为黑山军，实力强大。为了对付黑山军，汉灵帝刘宏不得不派遣汉末三杰之一朱儁前去处理，集结了大量北方边军，才勉强稳定了局势。
总的来说，当时汉朝最精锐的两支边军，汉灵帝都无法利用。西凉兵团在西部发动了直接的叛乱，而北线边军主要被用于对抗黑山军。各州郡的地方部队也完全不受汉灵帝控制，随时存在发生叛乱的可能性。