太祖诛杀功臣之后,所有守边的事情都交给了皇子们。其中属燕王朱棣最为勇武,洪武二十三年(1390年),他率兵出古北口,收降了元太尉乃儿不花。二十九年(1396年),他又出兵到彻彻儿山,斩杀元将孛林帖木儿等数十人。太祖闻报后大喜,曾说要肃清沙漠,必须依靠燕王。洪武三十一年(1398年),太祖命燕王朱棣统率诸王,镇守北平。
燕王的权力越来越大,兵马也越来越强,更是野心勃勃。洪武三十一年五月,太祖驾崩,享年七十一岁,遗诏命太孙朱允炆继位,并说诸王镇守四方,不必来京。朱允炆依照遗诏,登上皇位,尊称其为建文帝。他将太祖葬于孝陵,追谥为高皇帝,庙号太祖,改第二年为建文元年。
建文帝即位后,下诏令各地的藩王无须来京。于是诸王都只派使节前去朝贺,只有燕王朱棣星夜兼程南下。快到淮安的时候,兵部尚书齐泰得到消息,禀报了建文帝。建文帝派使臣前去阻拦,燕王怏怏不悦而回。
起先,太祖在世时,因为建文帝头长得有点偏,性格又过于柔弱,担心他不能担负重任,有过另立储君的念头。一天,太祖令朱允炆咏月,他在结尾处写道:“虽然隐落江湖里,也有清光照九州。”太祖看了,心里非常不高兴。后来又让他对诗,太祖出上联:“风吹马尾千条线。”建文帝答:“雨打羊毛一片膻。”太祖听了,脸色大变。当时燕王就上前对道:“日照龙鳞万点金。”太祖不禁叫绝:“好对!”从此太祖更加喜爱燕王,不想立建文帝为储君。偏偏学士刘三吾一再请求册立太孙,太祖这才勉强答应。
建文帝是个优柔寡断的人,对各地藩王也有所顾忌。他即位以后,第一个亲信的大臣是齐泰,第二个是侍读黄子澄。一天晚上,建文帝忽然召黄子澄入内,问他道:“先生还记得东角门的谈话吗?”黄子澄应声说道:“臣不敢忘。”建文帝马上封黄子澄为太常寺卿,命他参领国事。
原来在建文帝还是太孙的时候,曾坐在东角门问黄子澄:“各位皇叔拥兵自重,假如有什么变故,应该如何应对?”黄子澄说没有关系,且列举了汉景帝平七国的故例,建文帝这才高兴起来。这次与黄子澄提到这些事,无非是想让他在一旁辅佐,监制外藩。后来,户部侍郎卓敬递上一封密奏:“燕王智虑过人,酷似先帝。现在他镇抚北平,兵强马壮,万一有什么变故,会很难控制,应该将他封到南昌。”建文帝看完之后,将卓敬召入殿中,和他说:“燕王与朕是骨肉至亲,应该不会有什么变故。”卓敬叩头提醒:“陛下难道没听说过隋文帝与杨广的事吗?父子之间都会谋逆,何况叔侄?”建文帝不等他说完,就摇头摆手:“你不要说了!让朕仔细想想。”这话传了出去,顿时流言四起,都说新主有削藩的意思。
燕王首先得知消息,当即称病。剩下周王、齐王、湘王、代王、岷王等人也都不能自安,于是相互勾结起来。燕王虽然身在北平,但京中的消息无不知晓。他一边谎称自己病重,一边和僧人道衍日夜谋划夺位一事。道衍本姓姚,名为广孝,自称得到过高人的传授,能预测吉凶。从前太祖封藩的时候,选了些名僧作为诸王的师傅。道衍被派入燕府,一见燕王,就说他要做天子。燕王非常高兴,所有的事情都与道衍商议。道衍又引荐了两个人,一个叫袁珙,善于相面;一个叫金忠,善于卜卦。二人都说燕王当为天子。燕王随即动了心思,与他们三人日夜谋划。
道衍首先提出要大造兵器,因为担心有人泄露消息,就在后花园里挖下密道,修建密室。密室里面日夜打造兵械,外面则养了许多家禽,让它们不停地叫,以掩盖打造的声音。这些事情,除了燕王的亲信之外,没人知晓。原以为神不知,鬼不觉,可天下的事情,若要人不知,除非己莫为。燕府日夜打造兵器的事情,很快一传十,十传百,传到了京城里,人人都说燕王准备谋反。
建文帝听说后,心中正暗自猜测。忽然听人报说,燕王的儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧来京城祭祀太祖,建文帝马上传他们入宫。建文帝和他们说话时,除了朱高煦有些拘束之外,剩下的两个人都非常恭谨,建文帝觉得心里安稳了些。祭祀完毕后,齐泰想将留住三人,将他们作为人质。哪知燕王正防着这一招,派人火速奏报,只说是燕王生命垂危,要求三个儿子速速北归。建文帝只好放行。
燕王朱棣的三个儿子走后,建文帝还是不放心,就派了谢贵和张昺前去燕府探视。燕王说自己病重,不让见。过了几天,燕王又对外说自己已经病愈,派人通知他们前来。谢贵、张昺带着卫士来到燕府,门卫将卫士们阻拦下来,只让谢贵、张昺进去。二人只好命卫士在门外候着,自己进入燕府。
二人刚到殿前,就见燕王扶着拐杖出来,笑脸相迎。接着,燕王赐宴,酒过三巡,忽然端上来几盘西瓜。燕王对二人说道:“来尝尝新瓜。”谢贵、张昺称谢。燕王吃着瓜,忽然说道:“如今连平民百姓,皇上都如此体恤,我身为天子的亲属,性命偏偏危在旦夕!”说完,把西瓜扔在了地上。说时迟,那时快,两旁忽然杀出很多伏兵,将谢贵、张昺擒住。燕王将手里的拐杖扔掉,厉声说:“我生的什么病?我为奸臣所迫,没有办法才会这样。如今已经擒获了奸臣,不杀还等什么时候?”随即下令将他们斩首。
北平都指挥彭二听说事情有变,急忙跨马入市,招集一千多名卫兵,准备攻入端礼门。哪知燕王派壮士庞来兴、丁胜等人带着众人出来拼杀。彭二见抵挡不住,仓皇而逃。燕王随即安抚百姓,城中平定。都督宋忠听到消息后,胆怯不敢进攻,从开平带着三万兵马,退保怀来。燕王誓师抗命,削去建文年号,仍然称洪武三十二年(1399年)。设置官属,任用张玉、朱能、邱福为都指挥佥事,升李友直为布政司参议。随后,他自称靖难军,厉兵秣马,击鼓扬旗,造起反来。