张士诚叛乱被平定后,李善长、刘基等人上疏劝朱元璋登基称帝。朱元璋始终不肯答应。奏折再三呈上,朱元璋才勉强答应,随后命人去办理此事。太史令刘基择定吉日,让朱元璋在当年正月四日即皇帝位,国号明,改元洪武。即位前三天,在南郊筑坛,一切礼仪皆具备。朱元璋随后命群臣斋戒沐浴,共同赶赴南郊。众人先祭拜天地,接着是祭拜日月星辰、风云雨雷、五岳四渎、名山大川。
坛下鼓乐齐鸣,坛上烟雾缭绕。朱元璋亲自登坛,行祭告礼。太史令刘基诵读祝文。祝文读完之后,朱元璋率群臣拜跪。这天风和日丽,碧空万里,与前几天黑云沉沉、雨雪交加的气象大不相同,人人都说这是太平盛世的预兆。
祭祀完毕,李善长带着文武百官、都城父老高呼万岁。接着朱元璋带着皇子、大臣祭告宗庙。礼毕回朝之后,朱元璋在大殿接受群臣朝贺,并封马氏为皇后,封长子朱标为太子,任用李善长、徐达为左、右丞相,刘基为御史中丞兼太史令,各位功臣也都加官晋爵。于是,明室初定,历史上称朱元璋为明太祖。
太祖罢朝回宫之后,对马皇后说:“朕从布衣起家,能做上皇帝,外倚功臣,内靠贤后。每每想起从前与郭氏住在一起的艰苦日子,朕就暗自感慨,要不是皇后从中调停,偷偷接济,朕怎么能有今天?豆粥麦饭,朕铭记在心,永不相忘。皇后曾跟随朕东征西讨,亲手为朕穿上铠甲战靴,种种辛劳,数不胜数。古人称家有良妇,如同国有良相。如今朕有如此贤惠的皇后,才深信古语不假啊!”马皇后说:“臣妾也听说夫妇相保易,君臣相保难,陛下不忘贫贱之妻,但愿也不要忘记患难之臣!”太祖说:“唐有长孙皇后劝太宗不忘魏徵,你可以和古人媲美了!”马皇后说:“妾只是一个妇孺,怎么敢和古人相比。”太祖又说:“你没有父母,只有族人。朕把他们招到朝中给他们封官,你看怎么样?”马皇后叩谢说:“高官厚禄应该赏给贤臣,不应该封给外戚,希望陛下不要妄徇私恩!”太祖微笑着点头,对马皇后的大义,更加深了一份感激之情。
洪武元年(1368年),太祖命徐达、常遇春等人引兵攻入山东,各路元军纷纷投降。徐达等人不费吹灰之力,拿下山东后班师回朝。太祖先得到捷报,高兴地下诏褒奖大军,定应天府为南京,定为京城,并制定了官制。起先,明朝的官制模仿元代,设中书省总管天下吏治;置大都督府统领天下兵政;设御史台整肃朝廷纲纪,接着改立六部,定下吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部等名目。
整顿好朝纲之后,太祖又命徐达、常遇春出师攻取山西,常遇春一路过关斩将,攻破不少城池。谁知路上他竟然身患重病,霎时间全身疼痛,从前的箭伤,也无端地裂开了。常遇春知道自己将不久于人世,便把军队里的事情嘱托给部将李文忠,再与诸将诀别,让他们听从李文忠的指挥,众部将无不痛哭流涕。没过几日,常遇春就病逝了,死时年仅四十岁。
常遇春刚毅果敢,善于安抚士兵,冲锋陷阵从来没有胆怯过。虽然他读书较少,但往往能出奇制胜。他常说只要带十万兵马,就能横行天下,所以军中称他为“常十万”。大将军徐达,比常遇春还要小两岁,常遇春身为副将,却能虚心恭谨,实属难得,也不愧为一员大将。太祖了解他的品行,所以十分器重他,时常对他委以重任。
当太祖听到常遇春病逝的消息时,十分悲痛。他决定像当年宋太宗葬赵普那样亲自祭奠常遇春,赐葬钟山原,赠太保中书右丞相,并追封开平王,谥号忠武,配享太庙。后又诏命李文忠接替常遇春的职务,配合徐达继续出征。
过了几个月,徐达、李文忠等人凯旋,太祖亲自到郊外迎接。洪武三年(1370年)十一月,太祖亲临奉天殿,大封功臣。王公以下文武百官分列两阶,太祖晋封李善长为韩国公,徐达为魏国公,常茂为郑国公,李文忠为曹国公,邓愈为卫国公,冯胜为宋国公;汤和以下二十八人全部封侯,所有得到分封的大臣,全部赐以铁券。
李善长、徐达等人叩头拜谢,太祖当即退朝。过了几天,又封中书右丞汪广洋为忠勤伯,御史中丞刘基为诚意伯。据说太祖屡次想给刘基加官晋爵,但被刘基再三辞谢。所以尽管刘基的功劳不亚于李善长,李善长封公,刘基却只封了伯。但这都是刘基自己的意愿,并不是太祖薄待他。
太祖为功臣加官晋爵之后,考虑到宋、元的弊端,他就仿照古制,给王子王孙们封藩。当时封了九个儿子,一个侄孙。每年赐给一万石粮食,他们身边的官属、护卫最多的有一万九千人,最少的也有三千人。冕服、车、旗、府第等配置仅次于天子,公侯不得超越。后来尾大不掉,成为燕王靖难的祸端。