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刘铤全军覆灭，很多人死了还不知道是怎么回事。其实，半路杀入的杜军是满洲军假冒的。大贝勒代善杀尽杜军，便装扮成杜军的模样赶来呼应太祖。刘铤还不知道杜军惨败的消息，因此中计被杀。
因为接连战败，杨镐遭到弹劾，朝廷派人将他捉拿回京，令兵部侍郎熊廷弼代任元帅。熊廷弼来到辽阳城，安抚百姓，斩杀逃将，严整军纪，勤修战备，渐渐巩固了辽沈的边防。接着又奏请皇帝拨给他十八万大军，分守要地。这时，就算是智勇双全的太祖，也拿他毫无办法。
满洲太祖见辽沈无机可乘，便转而去攻打叶赫，一口气攻下了东城和西城，叶赫被满洲灭亡。
熊廷弼驻守辽沈三年，百姓安居乐业。偏偏神宗、光宗相继驾崩，新即位的熹宗不理朝政，任凭宦官魏忠贤专权，小人姚宗文当道。熊廷弼最终只好辞官回乡。朝廷换了袁应泰接替熊廷弼。
袁应泰为人聪敏，却不善用兵。满洲太祖灭了叶赫，正愁没法攻占辽沈，得了这个消息，喜不自禁，立即发兵进攻沈阳。沈阳总兵贺世贤被人出卖，与城俱亡。袁应泰赶忙调兵遣将，出城五里迎战，结果不敌满洲大军。这一仗明军损失三分之一军士，袁应泰只得退回城中坚守。第二天，满洲军将城西大闸掘开，把城壕中的水放得一干二净，军士渡壕攻城，奋勇直上。袁应泰走投无路，悬梁自尽。沈阳被攻破后，周边的城寨也都纷纷投降。
消息传到朝廷，大臣们想起熊廷弼了，熹宗也有悔意，仍让熊廷弼出任辽东元帅。熊廷弼出山海关，到了广宁，主张固守；而辽东巡抚王化贞则主张分兵防守。两人意见不合，谁也说服不了谁。后来王化贞上奏朝廷，说：“东江有毛文龙做前锋，叛徒李永芳现在悔恨不已，愿意做内应，蒙古也答应借我四十万人马，此时不夺回辽沈，还等什么时候？望皇上给我六万精兵，同时让熊廷弼不要再阻拦我。”没过几天朝廷派来使臣，让王化贞全力以赴，不必受熊廷弼的制约。熊廷弼也接到命令，让他做王化贞的后援。此时熊廷弼只有五千兵马，徒有元帅的虚名，心中愤懑不已，便向朝廷抗议，结果奏折呈上去后，朝廷置之不理。
王化贞率领大军渡河，满心想着凯旋。结果先后五次出兵，不见李永芳接应，也不见蒙古援兵，就这样拖延了一年。天启二年（1622年）正月，满洲军西渡辽河，进攻西平堡。王化贞马上派孙得功、祖大寿、祁秉忠带兵前往支援。到了平阳桥，听说西平堡失守，孙得功便想退回广宁，刘渠、祁秉忠二人是热血男儿，不肯就这样回去，还想夺回西平堡，孙得功勉强跟随。没走几里，就遇到了整队杀来的满洲军，随即两军打成一团。
孙得功本是王化贞的心腹，王化贞万分地信赖他，没想到见了满军，他却吓得失魂丧胆，又恨刘渠、祁秉忠二人硬要争先杀敌，所以两军刚一交战，他就在后面大喊：“我们已经战败了，兄弟们为什么不逃？是想送命吗？”一时间，明军军心大乱。孙得功早早逃了回去，还谣传敌兵将要杀过来，百姓惊慌不已，纷纷逃出城外。孙得功暗想，一不做二不休，干脆捉了王化贞，将他献给满洲，自己做个满洲的大官倒也威风。
王化贞对这一切全然不知。忽然有人闯进屋来说：“情况危急，请速速离开！”王化贞仓皇失措，上马后逃出城外，遇到了元帅熊廷弼。王化贞惭愧得不得了，顿时下马大哭。熊廷弼笑道：“六万大军全军覆灭，现在你感觉怎么样？”王化贞听了这话，越发号啕不止。探马来报，孙得功已将广宁献给满洲，锦州、大小凌河、松山、杏山等城都已失陷。
熊廷弼忙让王化贞尽快烧了关外囤积的粮草，护送十万难民进入山海关。广宁失陷的消息传到北京，熹宗不辨是非，马上下令将王化贞、熊廷弼打入监狱。熹宗任命东阁大学士孙承宗为兵部尚书，令他率军前往蓟辽，照例赐他一把尚方宝剑。
孙承宗到了宁远，屯田练兵，四年之后，关内外固若金汤，不失一草一木。偏偏妒贤嫉能的魏忠贤，又在皇帝面前说三道四。魏忠贤起初想巴结孙承宗，没想到孙承宗不仅疏远他，还弹劾他。这魏忠贤怎肯善罢甘休？第一步，进谗言，杀了熊廷弼，将他的首级传遍边疆；第二步，诬陷孙承宗，说他兵权太重，将来有可能谋反。孙承宗写的很多奏章也大半被他束之高阁。