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明朝朱由榔在肇庆被拥立为桂王后，又奔窜到南宁，势力渐渐衰落，后又几经流窜，到了云南、贵州一带。同时期还有一位拥护明朝的人物，就是郑芝龙的儿子郑成功。
郑芝龙投降清朝之后，郑成功独自航海赴厦门招募士兵，仍旧宣誓效忠明朝。后来郑成功大举进攻福建，接连拿下漳浦、海澄、长泰、平和、诏安、南靖等地。清朝闽浙总督陈锦惊慌失措，急忙向朝廷求援。朝廷封郑芝龙为同安侯，令他写信劝郑成功投降。郑成功接到来信，一看“父既归降，儿也应归降”，不禁愤愤地说：“今天来一薙发
国，便马上薙发，如果明天来一穿心国，我也要遵命穿心吗？”于是下令进攻漳州，并悬赏购买陈锦的首级。
过了几天，忽然来了两个福建人，献上陈锦的首级。郑成功问两人的姓名和来历，一个是陈锦的书记员李进忠，一个是陈锦的仆人库成栋。郑成功又问是谁杀的陈锦，库成栋说：“是我。”还没说完，他就已经被郑成功手下反绑。紧接着，郑成功喝令将其处斩，吓得库成栋跪求饶命，李进忠也跪倒叩头。
郑成功指着库成栋说：“你跟陈锦是主仆关系，怎么忍心取他的性命？我的确悬赏购取陈锦的首级，但你不应杀他，所以我要治你的罪。”又问李进忠：“这人有妻儿吗？”李进忠忙回答：“有，他们也跟着来了。”郑成功说：“好，把赏钱发给他妻儿，叫他也死个瞑目。”便令左右将库成栋推出去斩首。随即将赏银付给李进忠，让他转交给库成栋的妻儿。李进忠领了赏银，不敢多说，退出帐外。
郑成功驻扎厦门，改厦门为思明州，将厦门治理得井井有条。一天，朝廷派两位钦差去厦门招降郑成功，封他为海澄公。郑成功说：“我只认明帝，不知道清帝。”将来使遣回。隔了一个月，郑成功的弟弟郑渡跟着两个清廷使臣来到厦门。郑成功与使臣在报恩寺中会面，使臣令郑成功跪下接受诏书，郑成功说：“我是大明臣子，不接受清朝诏书。”清使阿山说：“今天奉皇上圣旨，赐你福、兴、泉、漳四府之地，皇恩不能说不重，你应该受诏，剃发归降。”郑成功义正词严地回答：“四府本来就是大明的疆土，哪儿需要你们国家来赏赐？你们国家原来只有建州一小块地方，如今占据我中原的土地，已经很无理了。我为不能复明而羞愧不已，你们还要我剃发降敌吗？海不枯，石不烂，郑成功不降清。”说完后告辞离去。
当晚，郑渡来见郑成功，递上父亲郑芝龙的信件，说：“兄长若不投降，恐怕父亲性命难保。”郑成功看完信后，说：“忠孝不能两全，你回去禀报老父，让他原谅我为明朝效忠。”郑渡再三相劝，郑成功就是不从，郑渡只好痛哭着离开。第二天，清使带着郑渡回朝，郑成功忙写了回信，让郑渡把信带回去。郑渡只好随清使回去报告郑芝龙。
郑芝龙看完郑成功的信后，皱着眉头说：“看来我的老命要断送在他手里了。”随即将郑成功的信呈奏给顺治帝。顺治帝本来已经封郑芝龙为同安侯，现在又将他削职，监禁起来。
顺治帝任命郑亲王世子济度为定远大将，率军防守福建。济度赶到福建后，与郑成功几次交战，不仅没占到便宜，反倒损失了几艘战舰，折损了几员战将。郑成功连获胜仗，于是加紧训练兵马，想要恢复明朝。
郑成功亲自挑选了十五万士兵，五万练习水战，五万练习骑射，五万练习步击；另外挑选一万人作为援应。这时正好滇中来使封郑成功为延平郡王、招讨大将军，金门张煌言也率兵前来会合。郑成功大喜，于是竖起奉旨招讨的大旗，任命中军提督甘辉为先锋，总兵马信、万礼为第二队，自己亲统大军做后援，请张煌言做前导，起兵征讨大清。
张煌言统领的前队由崇明入江，到了瓜洲，与清军提督管效忠相遇。两军酣战，郑军奋勇齐上，管效忠寡不敌众，清军大败。郑军扫清了瓜洲的敌舰，直逼镇江，等攻下镇江之后，下面的各县纷纷投降。郑成功乘胜进取，下令直捣南京。