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扬州被清兵攻入后，警报跟雪片似的传到南京。马士英急忙派总兵郑鸿逵、副使杨文骢率军去阻拦。郑、杨两人都是马士英的党羽，只会阿谀奉承，哪懂得兵法，他们隔江乱放炮弹，而且谎传捷报。清兵故意避开锋芒，等到炮弹声落下去后，乘着黑夜渡江。等明军反应过来，清兵已经杀入营中，郑、杨二人不知所措，只得率兵逃走。清兵接着攻陷镇江。
弘光皇帝整天饮酒作乐，听说清军已经攻陷镇江，吓得收拾行装，带了爱妃，悄悄溜走。南京城内，人心惶惶，总督束手无策，只好向清军投降。多铎受降后入城，安抚民众。一天之后，多铎派贝勒尼堪、贝子屯齐进兵芜湖，捉拿弘光帝。清军由降将刘良佐引路，刚到芜湖江口，就射杀了前来御敌的黄得功。明朝总兵田雄见状，竟将弘光帝以及他的爱妃绑送到清军营中。尼堪让人将弘光帝及其爱妃推入囚车，押到南京。等到了南京，多铎立即派使者将囚犯押往燕京。可怜这位风流天子只享了一年的艳福，就与爱妃一同毙命。
江南安定后，捷报不断，先是英亲王阿济格称已经消灭李闯及其残军；豫亲王多铎称安庆、宁国、常州、苏州、松江各府都已归降。看到捷报频传，皇太后吉特氏和摄政王多尔衮都高兴得不得了。两人私下商议，南征西讨的各位将帅在外劳累多时，应将他们召回来休养，再做打算，便令英、豫两亲王班师回朝。
有人来报：明朝兵部尚书张国维等人推举鲁王朱以海在绍兴称帝；明朝礼部尚书黄道周等人推举唐王朱聿键在福建称帝。多尔衮皱了一下眉，招来范文程、洪承畴商议，问道：“明朝的子孙怎么这么多呢？刚除掉一个弘光，怎么又来了两个？”话还没说完，又有警报传到。多尔衮看过警报后，气愤地说：“这些起兵的人，东边几支，南边几支。看来，东南一带还不容易到手。”范文程建议朝廷派兵去荡平东南。于是，多尔衮派洪承畴带兵去攻打东南，又令贝勒博洛驻守杭州，贝勒勒克德浑、都统叶臣驻守江南。
过了一晚，朝廷降下一道谕旨，命令百姓剃去头发，改穿满人的衣服，违令者斩。
勒克德浑率兵南下，苏州巡抚王国宝、松江提督吴兆胜、吴淞总兵李成栋都派人送来投降信。勒克德浑用以汉攻汉的计策，令降臣做前锋，出兵作战，攻下常州、昆山、崇明，来到嘉定城下。在嘉定，清军久攻不下，后来李成栋运来几尊大炮，轰破城墙，引着清兵，一拥入城。击败城中的明朝将士后，李成栋又下令屠杀城中的士兵和百姓，接连三天，共杀死了几万人。
勒克德浑派刘良佐进攻江阴，江阴原来的典史阎应元，深谙兵法，在城上设置了三种防守武器：一是毒箭，一是火砖，一是木铳。毒箭射人即死，火砖着人即燃，木铳中装着火药，威力无比。刘良佐的部队围攻几天，大多被烧得体无完肤。刘良佐便想到一个攻城方法，用牛皮帐遮着兵士，让他们在城墙上挖洞，没想到城上掷下巨石，将牛皮帐砸穿。良佐又将牛皮帐做成三层，用梁柱撑起来，挡住巨石。这时城上又将烧得滚烫的桐油泼下去，帐篷又破了。
正在刘良佐无计可施的时候，李成栋率军赶到，一阵猛攻，也被守兵击退。李成栋、刘良佐在城下喊话，劝阎应元投降，结果阎应元说：“大明养兵三百年，没想到竟出了你们这种败类，贪生怕死、毫无廉耻。我宁愿为义而死，也不为利苟活。”
李成栋从江宁运来几十尊大炮，猛攻江阴城，城上守兵死伤无数，仍然拼死守城。无奈老天连日降雨，把城墙冲坏几处，守兵防不胜防，被清兵攻入后门。阎应元血战一场，身中数箭，被赶来的清兵捉住，绑到刘良佐、李成栋面前。阎应元骂不绝口，最后被杀死了。满城男女，没有一个投降的人。李成栋又提议屠城，将城内外居民全部杀掉，尸积如山，城内杀了九万七千多人，城外死了七万五千多人。后来江阴遗民只剩下五十三人，躲到寺观塔上，才得以保全性命。清兵南下以来，杀戮最惨的地方，除扬州、嘉定外，就数江阴了。