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本書現存最早又是祖本的古本爲道藏本，單行本中最早本是呂顒本（略有殘缺），最早的全本爲“李栻—劉自化本”。我們選取時代較早、流傳最廣、品質最好的“李栻—劉自化本”爲本次校注的底本，具體工作本爲日本オリエント出版公司《東洋醫學善本叢書》中該本之影印本。
李栻—劉自化本與之前的道藏本、呂顒本以及之後的四庫本、六醴齋本都有一些小的差異。爲了更好地整理本書，我們對四本都作了通校，卽四本都選作主校本。
本書被歷代方書引用較多。爲了提高整理質量，本次整理中較多地使用了他校。主要使用了《外臺秘要方》《醫心方》，其次有《備急千金要方》《普濟方》《醫方類聚》等。全書校勘參考了日本沼晉校本和日本學者藍川慎《讀肘後方》一書。
《肘後方》散見於後世書的條文很多。此前已有數家輯校本或包含輯校工作在内的整理本，各本互有優缺。本書的輯校工作有自己的考慮和設計。
存有《肘後備急方》佚文的書較多，其中收載較多、且能確認是直接採自《肘後備急方》原書的引錄書，主要有《備急千金要方》《外臺秘要方》《醫心方》《證類本草》《醫方類聚》（其中《千金要方》爲最早收載書，但其書不標示引文出處，所以只是以宋臣對比校語來確定），本次輯佚以此數種爲採集源，另外還少量收載了《幼幼新書》《婦人大全良方》《永樂大典醫藥編》《太平御覽》中所存的佚文。
輯源各書以較爲常見的人民衛生出版社影印本爲主，有時核對了更早的古本。具體所用底本爲：
《備急千金要方》，用人民衛生出版社影印日本江户醫學館校勘影摹宋本；
《外臺秘要方》，用人民衛生出版社影印明程敬通刻本，必要時用日本靜嘉堂宋本核校；
《醫心方》，用人民衛生出版社影印日本安政本，必要時用日本半井卷子本核校；
《證類本草》，用人民衛生出版社影印《重修政和經史證類備用本草》；
《醫方類聚》，用日本江户時期仿朝鮮原本活字鉛印本（參用人民衛生出版社1981年出版之點校本）；
《幼幼新書》，用日本宮内廳藏明人影宋抄本（參用人民衛生出版社1987年出版之點校本）；
《婦人大全良方》，用人民衛生出版社1992年版余灜鰲等校注本，並用四庫本核對；
《永樂大典》以人民衛生出版社排印本《永樂大典醫藥集》爲搜檢綫索，並以中華書局影印本《永樂大典》及其他來源的原書圖册核校，另補入《永樂大典》第十一册中的佚文；
《太平御覽》用中華書局1962年用上海涵芬樓影印宋本複製重印本，參用四庫本。
此外，唐歐陽詢等編纂的《藝文類聚》引有《肘後方》一方，爲他書所無，亦輯補入本書，用上海古籍出版社1982年出版之汪紹楹校本爲底本；朝鮮許浚原著，成書於我國明萬曆四十一年（1613）的《東醫寶鑑》，收《肘後方》二條、《百一方》一條，亦爲他書所無，併輯補入本書，用1991年韓國南山堂影印清嘉慶十九年（1814）甲戌（朝鮮純祖十四年）完營重刊本爲底本。
保存《肘後方》佚文的上述幾種輯源中，《醫心方》保存的是宋校以前的舊抄本，《備急千金要方》《外臺秘要方》引載的亦是舊本但經宋臣校改（《備急千金要方》保存的主要是宋臣作的異同校文），《證類本草》引用底本難以確定（經對比，主體上似與今傳本一致），《醫方類聚》《永樂大典》則確定採集自楊用道“附廣”以後的本子，理論上與現存本爲同源傳本或是直接以傳世本爲源本，因而與現存本更爲接近。
各條佚文在存有佚文的源書中出現的情況不一樣：有的是直接引，條文開頭就注明引自某書（以下按本書情況，直接用“肘後”爲例），格式是“《肘後》+條文”，少數情況下標明爲轉引，格式是“引肘後書名+肘後+條文”，這兩種情況表明源書是直接引用了《肘後方》，因而原則上應與《肘後方》原有條文一致；另一種情況是源書中引載相關佚文並未標明引自《肘後》，而是標明引自他書，但在條文末記有《肘後》等其他書所載同條或類似條文與被引條文的對比，卽記述爲“肘後同”“肘後少某藥”“肘後多某藥”“肘後治某種病”等附注。在後種情況下，往往只是根據一些重要點的對比説事，“同”未必全同，“不同”也未必是全部列出，因而條文的存真程度有所不同。有的輯佚書將直接引和間接引都不加區分地提取成《肘後方》條文，本書則忠實地抄錄輯佚條文在源書中的存在情況，以反映其歷史真貌。
本書輯佚條文按源書原有樣貌忠實抄錄。源書中同篇條文輯佚中有時有未連續抄錄（主要原因，一是當中有些條文因重複而删除，二是同篇中有直接引與間接引條文原本未連續出現）時，在續後的條文前加圈號“○”，表示與前條不連續。
各輯入條文統一格式爲：在所輯入的條文前標明原書書名、卷次、篇名，然後錄入原書條文，在輯入條文末尾用括號注明條文在源書的頁碼（連續出現的條文注在最末條之後），以便復查。《醫方類聚》雖然工作本爲日本古排印本，但該書古本一般讀者不易見到，故引載條文後的頁碼兼取人民衛生出版社出版、浙江省中醫研究所與湖州中醫院點校本中所在册數、頁數（同一題下後部引文與前部引文所出卷數不同者，後部引文再加注卷數）；《永樂大典》輯自相關圖册，標示了人民衛生出版社《永樂大典醫藥集》和中華書局《永樂大典》第十一册（該册後出，内容超出前書範圍）兩書頁碼。
分以下三種情況：
一是從他書輯得之傳世本所佚條文，據内容判斷當從屬於傳世本現有篇下的，則在篇下設“輯佚”小題，補在當篇原文之下。傳世本各篇下多有“附方”，内容雖然大部分不是《肘後方》原書内容，但歷來附隨原書並行，所以在當篇有“附方”時，“輯佚”條文附置於“附方”之後，而不打亂原書原篇結構；有些原篇題指向的内容有多門，則當篇“輯佚”酌情再分數個小題，標示爲“輯佚［××］（方括號中爲病證名）”。
在第一種條文輯佚中，有些條文較難判别歸屬篇次。如《醫心方》卷廿《治服石口乾燥方第八》中，引有“《葛氏方》治口中熱，乾燥”之方，以原書篇題看，因服石而得之疾，似可歸於傳世本《肘後方》“治服散卒發動困篤方第二十”“治卒服藥過劑煩悶方第六十七”之下；但具體到其方，重點是解決口渴，所以，現置於新輯之《治患消渴小便利數方·類聚佚篇》下的“輯佚”中。類似的不易判定歸屬的輯文有不少，需要綜合酌定。
二是從《醫方類聚》輯得之傳世本所佚之篇，其特徵是大多保留着《肘後方》原書標題，篇下内容雖可能有删移，但總體尚屬完整，故直接引錄原篇；他書輯得的佚文合於《醫方類聚》佚篇的，仍如上述第一種情況分屬於各篇下的“輯佚”小題。
三是部分輯得的條文，旣不能歸入原篇題，又不能歸入《醫方類聚》所存佚篇，内容屬於兩類篇題之外者，按佚文主旨、源書歸屬酌情另立“新輯佚篇”，酌擬新篇題。
第二、第三種單立之新篇，篇題前加“※”號；第二種在標題後加注“·類聚佚篇”，第三種在標題後加注“·新輯佚篇”，均不加篇序。
“類聚佚篇”和“新輯佚篇”的編排方面，儘量將各篇插附於内容相近或同系列現存某篇之後，由此新增兩類佚篇及其載入位置爲：
在卷一《救卒客忤死方第三》後，增“新輯佚篇”五篇：
救自縊死方
救溺死方
救入井塚悶死方
救熱暍死方
救凍死方
在卷四《治卒絶糧失食飢憊欲死方第三十五》後，增“類聚佚篇”八篇、“新輯佚篇”一篇（以下第四篇）：
治卒吐血唾血大小便血方
治患消渴小便利數方
治卒患諸淋不得小便方
治下痢赤白病方
治大便秘澀不通方
治卒關格大小便並不通方
治夢交接泄精及溺白濁方
治患寸白蚘蟲諸九蟲病方
治患五痔及脱肛諸病方
在卷五《治卒陰腫痛頽卵方第四十二》後，新增“新輯佚篇”（前篇）、“類聚佚篇”（後篇）各一篇：
治外傷諸病方
治手足諸病方
在卷六《治目赤痛暗昧刺諸病方第四十三》後，新增“新輯佚篇”五篇：
治鼻諸病方
治唇吻諸病方
治口舌諸病方
治齒諸病方
治咽喉諸病方
在第六卷後，新增《婦人病卷》一卷，其卷下補篇，前三篇爲“新輯佚篇”，後三篇爲“類聚佚篇”：
治婦人月水不通帶下崩漏方
治婦人陰脱陰癢陰瘡等病方
婦人求子法
治妊娠胎動下血等病方
治産難橫生逆生胎死胞不出
治産後諸色諸患方
此六篇中，前三篇爲新輯佚篇，五、六兩篇爲《醫方類聚》原題原篇，中間第四篇《醫方類聚》有内容較爲完整的原篇但無題，整理者新擬題名，但也計入“類聚佚篇”。
在《婦人病卷》之後，新增《小兒病卷》，内含“新輯佚篇”十二篇：
小兒初生將護臍瘡口瘡吐乳方
小兒變蒸方
治小兒驚癇夜啼客忤病方
治小兒疳癖羸瘦霍亂發黃病方
治小兒解顱齒不生惛塞盜汗方
治小兒目赤痛鼻衄重舌方
治小兒寒熱瘧疾中風諸病方
治小兒心腹脹痛吐血咳嗽病方
治小兒大小便病淋病赤白痢方
治小兒諸蟲
疝脱肛病方
治小兒頭面身體諸瘡方
治小兒墮落刺傷湯火瘡方
小兒病，《醫方類聚》引用《肘後方》三十餘處，但都散見而不成篇，也没有篇題。本卷主要參考《醫方類聚》收載條文的内容與原書編入位置重行分篇並擬篇題。
以上，共二十七篇“新輯佚篇”，十二篇“類聚佚篇”。
與前引《經籍訪古志補遺》所説十四篇相比，“治婦人漏下月水不通”篇，《醫方類聚》没有以此爲題的完整篇章，以新輯佚篇三篇代替；“治小兒諸病諸方”，《醫方類聚》中全無完整篇章，因而重新組合釐分爲十二篇：故小兒卷現爲十二篇“類聚佚篇”。
本書輯入佚文有兩種情況：
其一，在零散條文輯入時，原則上按源書的形成先後亦卽上述説明第一點諸書排序爲序。
其二，《醫方類聚》整篇輯入者，視同傳世《肘後方》原文，獨立成篇，由他書輯補的相關内容仍按上一點卽源書形成先後原則補輯於後。
其三，多書輯得條文組合成篇時，條文一般亦按源書形成的時代先後排列。
另外，内容單一的門類一般將各别源書内容整體輯入；同一篇内容涉及多門者，不都按輯源文獻原文前後排布，適當調整編排順序，使同一主旨的條文排在一起。
輯佚旨在補現存本所缺，因而輯得的條文與傳世本條文重複或不同來源的輯得條文相互重複者，原則上會甄别剔除。但有些内容相近條文文本不盡相同，經對比存在著有意義的差别時（通常是用藥相同，主治不同），也酌情收載。此外，不排除未發現的重複引錄。
《醫心方》中的佚文反映的是唐以前《肘後方》舊貌，原則上盡予保存；《醫方類聚》中的佚文視同傳世本《肘後方》文獻，成篇保存以及據以新輯成篇者盡予保存，散見條文則避免重複出現。
鑒於《醫心方》一書的《肘後方》條文最接近該書的歷史原貌，爲了更好存真，從該書輯得的佚文，采取了一些不同的處理方式：
其一，條文基本全收，不甄别重複情況。當然事實上完全重複的條文不多；
其二，該書俗字、誤字、脱字等情況較爲多見，爲了儘量保留原書用字面貌，又不繁冗出注，本書對該書輯入條文中這類文字情況多採用文中括注的方式，基本做法是，在某字後加注“A［B］”，表示前字“A”爲俗字、誤字，括號中的“B”爲規範正字，“A”應按“B”讀解；在某字後加注“A【B】C”，表示在AC二字間有脱文，以方頭括號補入，“ABC”當連讀。主要出現第一種情況，後者出現很少。
此外，《醫心方》一書原附日本江户時代所作“札記”，主要是對比當時所存他本（仁和寺本、舊鈔零本）做的校勘記錄。這些記錄有一定的參考價值，本書輯佚時將涉及輯入條的相關札記附收在本書校注中。
《醫方類聚》引用的《肘後方》與傳世本《肘後方》同出一本，因而可以視同傳世本《肘後方》。但《醫方類聚》所載《肘後方》，有很多内容爲今本所無。有連篇題整篇引用者，本書照原樣整篇輯入；有未出篇題但内容已經相對完整者，參考内容另擬標題整篇輯入；另有散在條文可以整合成篇（如《醫方類聚》引《肘後方》兒科内容散見於三十多處，將其整合爲十二篇）者，另擬標題收載。
本書輯佚時將由《醫方類聚》輯得的各篇視同傳世本各篇，他書所輯相近内容，仍以“輯佚”的附目歸於各輯佚篇之下。
《醫方類聚》卷帙浩繁，引用《肘後方》條數衆多，除了直接引達一百多處，還有不少間接引（包括他書轉引及他書條文後附注異同）。直接引可以循標題查出，而間接引分布廣泛，難於索求，由於時間、精力有限，本次輯校主要輯入了直接引條文（十二篇以外，與傳世本共有條文用其校勘，自不待言），但也在隨機發現的情況下收載了少量間接引條文。
《醫方類聚》收錄《肘後方》時，連同“附方”一起收入，但各篇内容不分原方與附方，一槪算成《肘後方》内容。本書輯入時，按傳世本慣例，在原方與附方間酌加“附方”二字，如果是整篇輯入，則“附方”二字單佔一行，且列爲三級標題；如果是少量條文輯入，“附方”二字亦佔一行，並另加方頭括號“【】”，只是不列爲標題。需要説明的是，由於《醫方類聚》原篇正文與附方内容混一，條文屬於正篇還是附方的判斷主要靠整理者主觀判斷，部分篇次加入“附方”題記的位置有可能不一定正確。
此外，《醫方類聚》所收《肘後方》少數方中出現了圈號再後接條文，據該書《凡例》，圈後條文係該書編纂時所附比較條文，故本書輯補時不予引錄。
《醫方類聚》輯入條文部分地方也採用了上述加注“A［B］”以説明字際關係的做法。
本次整理使用規範繁體字。對原書文字使用不規範、不統一等情況，參考《異體字整理表》《2021—古籍印刷通用字規範字形表》等文件，兼顧中醫古籍的用字狀況，作了一定調整。
其一，有些出現較多而字際關係相對單一的俗字、異體字，一般統一爲傳統正體字，包括有些舊字形改用新字形。如：
栢—柏，痺—痹，徧—遍，愽—博，蘗—檗，
—釵，產—産，舩—船，甆—瓷，
、刾—刺，蔥、
—葱，噉—啖，擣—搗，蔕—蒂，妬—妒，
、悪—惡，児—兒，
—蜂，干（乾燥）—乾，皷—鼓，苽—瓜，
—互，褁—裹，姜（生薑）—薑，觧—解，経—經，頚—頸，韮—韭，殻—殼，渇—渴，欵—款，
—藜，
—癧，錬—鍊，録—錄，緑—綠，莾—莽，脈—脉，覔—覓，祕—秘，靣—面，麫—麵，妳—奶，
—腦，
—能，煖—暖，衂—衄，竒—奇，軽—輕，
—熱，澁—澀，煞—殺，蒒—篩，虵、
—蛇，
、踈—疏，
—爽，
—所，台、
—臺，
—桃，温—溫，為—爲，卧—臥，无—無，癎、
—癇，効—效，蠍—蝎，洩—泄，湏—須，塩—鹽，痒（瘙癢）—癢，
—飴，
—胰，隂—陰，逰—遊，
—蛹，
—臾，茰—萸，扵—於，皁—皂，輙—輒，
—診，
—蒸，猪—豬，緫—總等。
此外，“剉”在中醫古籍中義爲切段，不同於“銼”，所以未按《異體字整理表》統作“銼”。還有，《醫方類聚》藥量、水量等計量數字常用大寫，如“壹”“貳”“叄”等，悉按常規改從簡。
其二，通假字、古字、訛誤字一般都不改動原文，而在校注中説明（但有少數筆劃小訛的字亦徑改爲通行規範正字。如巳改作已）。全書中有幾個通假字、古字出現較多，不便一一出注，兹列出相關字與其主要用法：薄、勃，多用同“傅”，卽後世“敷”；差，多用同“瘥”；赤，多用同“尺”；内，多用同“納”；人，多用同“仁”（種仁義）；矢，多用同“屎”；搜，多用同“溲”（拌和）；已，有時用同“以”（已上、已下、已來。反之，亦有“以”通“已”者）；咽，多用同“嚥”（在繁體系統中，“咽”爲名詞，“嚥”爲動詞，原書多有“咽”作動詞的亂例用法，但“嚥”没有出現名詞用法）；支，一是“肢”的古字，二是“梔”（藥名梔子）的俗字。這幾個字在全書中出現較多，不能逐一出注，需要特别留意。此外，表附着義，原書及各輯源多作“著”，少數幾處作“着”，悉遵原貌，未作統一。
其三，《醫心方》輯入的條文因俗字、訛字較多，因而採用了“括注”卽字後括號中識讀的做法，《醫方類聚》少數字也有這樣做的。
由於全書文獻多源，用字情況複雜，本書編纂時雖立有以上規則，但操作時或不免有違例情況，敬請諒解。
本書爲方書，中醫的“方”，本質上指治療方法。一首方可由三個要素構成：其一，用於什麽（治什麽病）；其二，用什麽治（藥物組成或咒語、手法之類）；其三，怎麽使用（藥物炮製、服法、調養、預後與調整以及手法等特定要求等）。簡稱爲主治、用藥、節度
。傳世本《肘後方》以及引用《肘後方》的他書排版格式大不一致，往往是三要素同行連寫。本書根據條文的具體情況區别處理：對一部分内容完整且結構清晰的方子，按三要素各成一小節編排；對於内容緊湊、語句前後交織，因而不便、不可分拆的方子（特别是“又方”），錄爲兩層或一層。
字體選用方面，在各篇正文中（包括原書原篇和輯佚各篇），主治與方名用黑體，方名下的用藥與節度（包括非藥物的治法内容）用宋體。原書《附方》以下内容統一用宋體。
散見條文輯佚内容統一用宋體，條文所出各書書名、卷次與篇名加粗。
按古文獻排印的通行做法，爲本書加上規範的標點符號。各方主治内容一律以冒號結尾，引起下文；同方中平行的各藥名之間空開一格（相當於一個頓號），藥物下附劑量與炮製記載，一般按方書慣例排成小號宋體（但有些方子所用藥物未按三要素格式單立，則不區分内容，皆用大字）；原書正文中有些内容判斷屬後人批語，亦改成小號宋體。
古代以人名（或姓氏等稱呼）指代書的情況很多，本質上這些名稱就是借稱書名的，所以，當這些稱名是代指書時，本次整理也給加上了書名號。
除上面説到的文字統一的基本情況外，本次整理中一般不改底本。
對校本正確、底本錯誤的情況，據校本提出校改意見。
對校本和底本互異、難定是非優劣者，兩存，或提出傾向性看法。
懷疑底本有誤，但無版本依據者，據理提出揣測性見解。
對全書中的疑難字詞作注解，有時旁及歷史典故等相關説明。冷僻字用漢語拼音注音；疑難字詞簡明注釋其含義，一般不用書證。
校、注置於當頁頁脚，混合編排，校注語用小號宋體字。
爲尊重古書原貌，原書禁咒等涉及迷信的内容，未予删減。