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一、凡底本不
而校本
者，不出校記；凡底本
而校本不
者，改正出校記；不能確認或難以判定，則一律不改，出校記；底本、校本文字有差異而兩通，不改底本，出校記。底本引文雖有化裁，但文理通順，意義無實質性改變者，不改不注。唯底本有
或引文改變原意時，方據情酌改，或仍存其舊，但均出校記。
二、對底本古今字、異體字、通假字、俗字等按2021年10月11日發佈的《古籍印刷通用字規範字形表》斟酌改爲正字。若異體字此“字形表”均收者（如并、併、並），則各按原字，不予改動。若此“字形表”未載的字，則按一般文字規則改正。第一次出現時出注，後徑改。一般虚詞的異文改正不出校。
三、若原書有重大訛
，如專名之人名、地名、書名、篇名，或史實之年月、次序、張冠李戴等問題，非有版本等確證，一般不改底本而出校記説明。
四、凡屬明顯的版刻
字，憑常識可以確定者，如“己”“已”“巳”、“戍”“戌”混用之類，無論有無版本依據，均徑改而不出校記。
五、遇到底本中原缺或模糊不可辨識的文字，如有堅實依據可補正者，則據以補正，出校記説明；如無材料可據以補正者，則用虚缺號“□”標明；原爲墨丁者，仍以墨丁“■”標明。
六、遇缺筆避諱字則補正之，於首次出現時出校説明，以後徑改；其他避諱字一般不改，如可能引起
讀則於首次出現時出校説明；傳刻古書避當朝名諱而改，或遇引用古書而避當朝名諱者，如“桓玄”作“桓元”、“玄怪錄”作“元怪錄”、“弘治”作“宏治”之類，應據古本及原書回改，並於首見處出校説明，餘皆徑改，不再加注。
七、底本目錄與正文有出入時，一般依據其實際内容予以調整，力求目錄與正文標題一致，一般不出注。如原書目錄分卷排列，則全部移至書前，在“目錄”二字處出校記説明。
八、原書中頂格大字正文，按現代出版要求，以宋體大字首行低兩格排。原書中低一格大字之吳氏自注文及按語，現以楷體大字排。原書中的雙行小字，今統一改爲單行小字。爲區别見，原書張以增的評點小字文（張本特有，他本無），以仿宋體小字排；原書自注小字文，以宋體小字排。
九、爲了保持原書舊貌，書中的觀點及理論不作任何删改，藥物劑量亦采用舊制，個别當今已禁用或改用替代品的藥物也未作改動，請讀者自鑒。
十、此校點本凡四序，選自石本與張本，本非來自一本，故無法論其前後之序，今姑以作序之時先後爲序。