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《溫疫論》兩卷，明代吳有性撰於崇禎十五年（1642），是中醫溫病學發展史上具有劃時代意義的標志性著作，是中醫學理論原創思維與臨證實用新法的傑出體現。此書問世，引起了很大的反響，和者甚衆，促使中醫溫病學派的發展與成熟。
作者吳有性，字又可，吳縣（今江蘇蘇州）人，生活於明代晚期，生卒年不詳。據史料記載，在《溫疫論》成書的崇禎末年期間，吳縣連年疫病流行。吳有性在《原序》中説：“崇禎辛巳，疫氣流行，感者甚多。於五六月益甚，或合門傳染。其於始發之時，每見時師
以正傷寒法治之，未有不殆者……醫者徬徨無措，病者日近危篤。病愈急，投醫愈亂。不死於病，乃死於醫；不死於醫，乃死於古册之遺忘也。”他在這樣的環境中，深感當時醫學的不足，發出“守古法則不合今病，舍今病而别搜古書，斯投劑不效……吁！千載以來，何生民之不幸如此”的感歎。因此，他在臨牀實踐中“靜心窮理，格其所感之氣、所入之門、所抵之處，與夫傳變之體”，於明崇禎十五年著成《溫疫論》二卷，從病因到治療對溫疫與傷寒作了明確區分。
《溫疫論》充分體現了吳有性對溫疫的新認識，從病因病機、感邪途徑、傳變規律、辨證體系、治法方藥，到診斷治療中必須注意的問題，可謂細緻周到，對後世溫病理論的發展及溫病的臨牀治療都有着很好的指導作用。
《溫疫論》分上下二卷，後有“溫疫正
”。上卷有“原病、溫疫初起、傳變不常”等五十個短篇，主要闡論溫疫病的症狀傳變與治則治法。下卷有“雜氣論、論氣盛衰、論氣所傷不同”等三十個短篇，主要論述溫疫相關的理論性問題，兼雜證及婦女、小兒、妊娠等特殊人群的溫疫證治。“溫疫正
”包括“正名、傷寒例正
、諸家溫疫正
”三篇，除“正名”外，後兩篇篇幅稍大，主要是逐條批駁前代醫家對於溫疫的錯
認識。
《溫疫論》的學術成就，則體現在對中醫溫病理論乃至中醫基礎理論的重要創新。他的原創性理論在中醫理論發展史上有着突破性的重要意義。“戾氣”病因説的提出，開創了中醫溫疫認識的一個新時代。
吳氏強調溫疫與傷寒完全不同。他明確指出：“夫溫疫之爲病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間别有一種異氣所感。”這種異氣，吳氏爲之命名爲“戾氣”。
一、侵入途徑
戾氣侵入人體的途徑是自口鼻而入。
二、傳播方式
傳播方式有兩種：天受——通過自然環境而感染，傳染——通過接觸患者而感染。此二者只是傳播方式的不同，只要感染的是同一種戾氣，那麽“所感雖殊，其病則一”。
三、戾氣的性質特點
其一，戾氣的物質性。他説：“夫物者氣之化也，氣者物之變也。氣卽是物，物卽是氣。”説明這種氣不是虚無飄渺的東西，而是一種物質。
其二，戾氣的多樣性。戾氣多種多樣，爲病亦多種多樣，各不相同。
其三，戾氣的特適性。戾氣具有某氣專入某臓腑或某經絡、專發爲某病的特性。若戾氣不同，則侵犯的臓腑經絡就不同，症狀表現也不同。
其四，戾氣的偏中性。其氣各異，所傷不同。在同一年内，可能人畜同病，也可能人病畜不病，或畜病人不病。
其五，戾氣的傳染性和流行性。這也是戾氣最爲重要的特性，正因爲這一特性，使得戾氣造成的危害極大。
由於吳有性認定戾氣是一種客觀存在的物質性病因，所以，他設想最爲理想的治療是特效治療：“能知以物制氣，一病只有一藥，藥到病已，不煩君臣佐使品味加減之勞。”在當時的條件下，雖然吳氏也同樣苦於此氣“無象可見，況無聲復無臭”，“其來無時，其著無方”，“何能得睹得聞？人惡得而知是氣？”但最難能可貴的是，他能想到每一種溫疫都可能是一種人類肉眼所看不見的特殊的物質在致病，因而可能尋找或發明一種能“藥到病除”的特效藥物去克制它。他的這種設想，是具有超前意識的科學設想。
這一辨證模式圍繞戾氣是一種侵犯人體的外來之物，因此治療就必須圍繞“驅邪外出”這樣一個中心展開。
一、初起邪伏膜原
溫疫之邪從口鼻而入，初起則邪伏膜原，在不表不裏之間。創制達原飲以疏利膜原，潰散邪氣。
二、中有表裏九傳
所謂表裏九傳，是指邪潰出膜原之後的出路：“有但表而不裏者，有但裏而不表者，有表而再表者，有裏而再裏者，有表裏分傳者，有表裏分傳而再分傳者，有表勝於裏者，有裏勝於表者，有先表而後裏者，有先裏而後表者。凡此九傳，其去病一也。”此所云九傳之“九”，可能是一個約數，因爲吳氏列舉的是十種情況。
根據傳變之不同，治療方法也各異。其總的原則是：邪出表者，越於三經，可汗而已；邪達裏者，内傳於胃，可下而解。
三、後期順逆兩端
順者：表裏氣相通，表邪或從戰汗而解，或從斑出而化；裏邪則下而去之。治療按常規，在表者汗之，在裏者下之。
逆者：則應根據邪正虚實的情況酌情論治。較爲常見的是陰傷津虧而邪氣留伏，治療分爲有邪無邪、在表在裏，可分别使用清燥養營湯、柴胡養營湯與承氣養營湯。最爲嚴重的是“四損”，卽“氣血兩虚，陰陽並竭”。當此之時，“不可以常法正治，當從其損而調之”。
值得注意的是，吳氏強調治療中的三大禁忌，與傳統熱病治療有較大的不同，卽不可妄投破氣藥、不可妄投補劑、不可妄投寒涼。
《溫疫論》中，吳氏重視的是表達自己的觀點，而編次安排並不是那麽條理森嚴。觀點創新，而條理略欠，這就給習讀者準確掌握中心内容帶來一定的難度，後世也有因此而對吳氏此書頗有微詞者。實際上，此書的解讀，關鍵點在於理解吳有性對溫疫病因病機的認識及與之相應的治療法則的建立。其中，有幾個特别的關鍵詞，把握好這幾個關鍵詞，其他問題就容易理解了。
疫”
無論是古今書目著錄此書，還是此書的各種版本，關於書名都有“溫疫論”與“
疫論”兩種寫法，到底應該是哪一種？
《溫疫論》最早的兩種版本——張以增本和石楷本在書末均有吳有性《正名》一篇，特地爲其書正名。文中云：“夫溫者，熱之始；熱者，溫之終。溫熱首尾一體，故又爲熱病，卽溫病也。又名疫者，以其延門合户，如徭役之役，衆人均等之謂也。”説明，“溫疫”二字，“溫”者言其症狀特點，“疫”者言其傳播流行特點。吳氏認爲“
”字只是後人省“溫”字之“氵”加“疒”而成，故“近世稱疫者衆，書以溫疫者，弗遺其古也”。毫無疑問，其書名亦當作“溫疫論”。
如上所述，此書的特點是創新性地提出“戾氣”病因説。雖説六淫之寒熱暑濕燥火各爲一氣，戾氣亦一種氣，然此氣非彼氣。六氣乃無形之氣，戾氣則爲“有形之邪”，只是因爲其小而不得睹而已。它與六氣過極之無形，有根本的不同。因此，六淫之氣可以化解，而戾氣之邪，必須要有去路——或汗，或斑，或下，必有形可見。所以，吳氏創立的治療原則及各種治法，時時處處圍繞著一個中心，那就是“驅邪外出”。
吳氏認爲，戾氣自口鼻侵入人體之後，首先是“伏”於膜原。此時，其邪“内不在臓腑，外不在經絡”，吳氏稱之爲半表半裏，可能出現發熱、脉數等一般症狀。但因其邪旣不在裏，也不在表，此時驅邪没有去路，所以只能“衆人相同，宜達原飲疏之”，其目的是使邪氣“潰”離膜原。或出表，或入裏。在此一定要注意，與以往談論《傷寒論》中的槪念，病在半表半裏當用“和”法不同，張仲景“和”的是氣機，吳有性“潰”的是病邪。
在溫疫病程中，伏於膜原的疫邪有時不能一潰而出，存在“所發未盡，膜原尚有隱伏之邪”的可能，這就會在傳變過程中，出現“表而再表”“裏而再裏”“表裏分傳再分傳”，以及“先表後裏”與“先裏後表”的情況。所謂“再”與“先後”，槪括了溫疫病程中可能出現的反復情況。強調只要見證的確，就應該按常規治療，不必畏首畏尾。
吳氏論述溫疫傳變模式，很強調“表”與“裏”。但是，讀《溫疫論》一定首先要懂得，吳氏所言之表，是與胸腹臓腑之裏相對而言，以通體發熱而無胸腹悶滿之症，卽爲在表。在治療上，雖然也用“汗”法，但與以皮毛腠理爲表用麻黃湯、桂枝湯發汗不同，《溫疫論》中發汗基本不用現代中藥學分類中的解表藥，而認爲“白虎湯，辛涼發散之劑，清肅肌表氣分藥也”。吳氏提到的“汗之”，用的都是白虎湯，習讀者於此應多加留意。
吳氏關於“裏”的槪念與此前之傳統槪念大致没有區别，是指“在胃爲裏”，可出現“胸膈痞悶，心下脹滿，或腹中痛，或燥結便秘，或熱結旁流，或協熱下痢，或嘔吐惡心，譫語，舌黃，舌黑，胎刺等症”。此時當用之“下”法，也基本與傳統下法相同，所不同的是下法的目的。吳氏認爲，溫疫病用承氣湯，“承氣本爲逐邪而設，非專爲結糞而設”。所以，逐邪勿拘結糞，不必以便結爲使用大承氣湯的指標。吳氏專設“應下諸證”一篇，提出十九組症狀，都當用承氣湯。
理解了以上幾點，再來看《溫疫論》的治療特色就比較容易理解。正因爲吳氏強調的是驅邪外出，所以，對於“大黃”這個明顯可以引起瀉下去穢的藥物他是十分重視的。他在治療上的特點是“逐邪勿拘結糞”“下不厭早”“下不以數計”。而他的三個非同一般的治療禁忌——不可妄投破氣藥，不可妄投補劑，不可妄投寒涼——也是由重在“驅邪外出”而來。
習讀者尤其要注意的是，《溫疫論》中的用藥是很有自身特色的，要一方一藥地細看纔能體會到這些特色。比如吳氏下法用三承氣湯，治黃疸用茵陳湯，方名看來都是仲景方，而實際上與仲景原方並不相同。如大承氣湯，吳氏用大黃五錢，厚朴一錢，大黃五倍於厚朴；而仲景原方，大黃四兩，厚朴半斤（八兩），厚朴兩倍於大黃。再如茵陳湯，吳氏用大黃五錢，茵陳一錢，大黃五倍於茵陳；而仲景原方，茵陳六兩，大黃二兩，茵陳三倍於大黃。
《溫疫論》自問世以來，影響極大。據《中國中醫古籍總目》著錄，至新中國成立之前，各種現存版本多達八十餘種。尚有更多注釋、評點、增補、發揮之本不在此例。中華人民共和國成立以來，該書的校點本多達二十種以上。
各種版本互有優劣。爲了弄清其源流，本次校點，調查、比較該書傳世主要版本二十餘種。現將主要版本情況介紹如下：
按考證古籍版本源流的一般程式，首先尋找該書最早的刊本。但考察結果卻未發現該書有最早的刊本存世。據吳有性崇禎十五年（1642）自序，《溫疫論》當撰成於此年。清張以增序（1694）稱：“崇禎壬午刊刻行世，其版尋爲兵火所焚。卽有遺書數帙，復爲人庋而不觀，深可痛惜。”
是知該書雖在明末刊行，但原版已焚毁。考書目中唯孫殿起《販書偶記》（1936）載有“溫疫論二卷。明延陵吳有性撰，崇禎壬午刊”
。孫氏老於古籍鑒定，其説不容輕視。
查當今各圖書館書目，記載現存《溫疫論》明末版有二：一爲浙江中醫藥大學圖書館藏訂爲崇禎壬午版的《溫疫論》，一爲國家圖書館所藏崇禎恩仁堂本。考察此二版原書，卷首均署爲劉敞校梓，卷上“發黃”條均有小字注：“此條必重刻者駁正之論。”又浙江藏本卷下數處“眩”字因避康熙名諱而缺末筆。據其他版本所存劉敞序，其刻書當在康熙四十八年（1709）。故僅憑卷首署名，就可判斷這兩種所謂明版均非真正的明版，而是刻成於康熙後期的劉敞校梓本。
《全國中醫圖書聯合目錄》（以下稱《聯目》）還載有兩種清初刊本，分别藏國家圖書館和中國中醫科學院圖書館。然經核查，中國中醫科學院圖書館並無清初之本。國家圖書館將所藏書業堂本訂爲清初刊，但考察其卷首署名、原書版式、細微筆畫及斷版處，發現該本與前云恩仁堂本係同一版木所印，均爲康熙後期劉敞校梓本。
據此，雖然近代書目著錄有明刻本與清初刻本，但據考查均屬於
訂，應予糾正。《溫疫論》最早的刻本，無論是明末本還是清初本如今均已不存。
明末及清初本旣已不存，該書的多種康熙間刻本應該是現存的早期刊本。
《聯目》著錄的《溫疫論》康熙刻本至少有五種。經考察原書，這些所謂康熙本的扉頁都没有注明刊刻年代。著錄者認定它們屬康熙刻本，乃據校梓者的序言。因此，這些康熙本嚴格説只是康熙序刊本。目前被用作《溫疫論》校點底本的康熙序刊本主要有四種：石楷（臨初）校梓本、張以增（容旃）評點本、劉敞（方舟）校梓本、《醒醫六書》本（以下分别簡稱“石本”“張本”“劉本”“醒本”）。
在逐一考察並比較諸本異同之後，我們發現不僅不能單憑校梓者的序言，也不能單憑《溫疫論》扉頁所題文字確認刊刻年。因爲書商隨意更換扉頁以謀利的事是常有的，使得扉頁與卷首所題校梓者出現矛盾。爲了取得確實的考察結論，本文確定各版本的依據，是通過考察序言、卷首題署與正文特異性的内容，綜合判斷。
1 石本（1691）
天津中醫藥大學圖書館藏金陵長慶堂本可作爲該系統版本的代表。該本二卷，首爲康熙辛未（1691）徐文駒（子文）序，次爲崇禎壬午吳有性淡淡齋“自敘”。目錄題書名爲《溫疫方論》。卷首題書名爲《溫疫論》，作者“延陵吳有性又可甫著”，參校者有槜李石楷臨初、甬江徐文炳天章、魏塘唐之柱石公（上卷）、武原徐扆臣澹菴（下卷）。徐文駒序中提到其父徐遂生曾致力於刻印明代張景岳諸書事，並指出此書乃石楷出其所藏付梓。該本不避康熙名諱。卷上“發黃”條後載：
愚按：舊論發黃，有從濕熱，有從陰寒者。陰陽（病）發黃確有其證，何得云妄？濕熱發黃尤爲最多，大約如合麯相似。飲入於胃，胃氣薰蒸則成濕熱，濕熱外蒸，透入肌腠，遂成黃病。燥火焉有發黃之理？此言爲吳君白圭之玷！
這一段文字直接批評了吳有性燥火發黃的觀點，但此前卻未見吳有性論燥火發黃的任何文字，顯然此處有脱文。又卷上末節“乘除”之文，止於“愈補愈危，死者多矣”。而在其他版本中，此下還有一段文字。這兩處文字可以説是該系統版本的特異之處。此外，長慶堂本書末有《愈風僊丹》數葉，末署“康熙二十五年歲在丙寅（1686）仲冬月西蜀臨邛庠生王前驅謹書”。這段文字與吳有性《溫疫論》無關，當係刊刻者附刻之文。
與長慶堂本同屬“石本”的刊本有中國中醫科學院圖書館藏書業堂本。扉頁題“徐遂生先生鑒定”“槜李石臨初”“甬江徐天章兩先生參較”“吳又可先生溫疫方論”“吳郡書業堂梓”。該本卷數、卷首題署、版式及正文内容同長慶堂本，唯缺康熙辛未徐文駒序。此本不避康熙名諱，當亦屬康熙間刻本。無附刻内容。
又國家圖書館藏大興堂本，扉頁所記除堂號之外均同書業堂本，卷首、正文内容亦同。但卷下“諸家溫疫正
”所引“汪云”
作“注云”。刻工較差，避諱不嚴格。無附刻。
又中醫科學院圖書館藏同善堂本，扉頁題“乾隆乙卯（1795）冬新鎸”“吳又可先生
疫全書”“同善堂藏板”。有無名氏序，無吳氏原序。同館藏道光十一年（1831）述古堂本。此二本目錄所題書名及卷首所署參校人名、正文内容等亦同長慶堂本，且不避康熙名諱。
綜上所述，石楷校梓本的共同特點是：二卷，卷首署石楷、徐文炳、唐之柱、徐扆臣同參。目錄題書名爲“溫疫方論”。吳有性的籍貫寫作“延陵”。有脱漏條文（見“乘除”條等）及補注按語（見“發黃”條）。
2 張本（1694）
該系統版本有張以增（容旃）“敘言”。據《聯目》所載，此類刻本有天津中醫藥大學藏葆真堂本、成都中醫藥大學藏張以增本。今考察天津中醫藥大學藏葆真堂本，該本二卷，後附“溫疫正
”三則。扉頁“延陵吳又可先生著”。目錄題書名爲“溫疫論”。卷首署爲“具區吳有性又可甫著”“嘉善張以增容旃較閲”。書前有康熙三十三年（1694）張以增“敘言”，次爲“參訂同人”十人姓氏。參訂者中有清初頗有名氣的醫學家蔣示吉（仲芳）、尤乘（生洲），可見此本參訂班子的實力。
張以增敘言稱：“一日偶過朱震谷表侄，案頭獲睹是本，授而讀之……但余於醫書，亦無師授，間從讀禮之暇，翻閲此論。其中稍稍有得者，不揣鄙陋，妄加點抹。”
張氏在書中有很多小字評點文字，是其特異之處。
該本所收“溫疫論原序”，署爲“崇禎壬午吳趨吳有性又可撰”，“吳趨”卽今蘇州。此序與“石本”署爲吳有性澹澹齋序學術觀點相同而文字多異。今《溫疫論》各版唯此本存有此序，與其他刊本的吳有性自序相比，最明顯的差别是没有開頭的一句：
夫溫疫之爲病，非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間别有一種異氣所感。其傳有九，此治疫緊要關節。奈何自古迄今，從未有發明者。
從文字内容來看，該本卷上“發黃”條後無“石本”所加的“愚按”，但卻有“石本”遺漏的吳有性論燥火發黃的文字：
舊論發黃，有從濕熱，有從陰寒者，是亦妄生枝節，學者未免有多歧之惑矣。夫傷寒時疫，旣以傳裏，皆熱病也。熯萬物者，莫過於火。是知大熱之際，燥必隨之，又何暇生寒生濕？譬若冰炭，豈容並處耶？旣無其證，焉有其方？不爲智者信。古方有三承氣證，便於三承湯加茵陳、山梔，當隨證施治，方爲盡善。
爲敘述方便，今將上引文字稱作“舊論”。這一段文字當是吳有性原著所有，很能體現吳氏對黃疸病因的獨特觀點。張以增對吳氏此論也有不同看法：
濕熱相蒸，方有黃病。豈有乾熱生黃之理乎？湯水入胃，真濕也。論中生濕之言欠妥。
但此評論完全不同於“石本”的“愚按”。
此本在卷上末句“愈補愈危，死者多矣”之後，另出一段大字文：
要之，真怯證世間從來罕有，令患怯證者，皆是人參造成。近代參價若金，服者不便，是以此證不生於貧家，多生於富室也！
與其他版本相對照，可知這也是一段“石本”脱漏的文字。據此，“張本”確實保留了《溫疫論》的某些原始内容。但對照“石本”“醒本”“四庫本”，可知該書又另有闕文。如下卷“勞復、食復”條中缺安神養血湯，“小兒時疫”條缺“小兒太極丸”。
值得注意的是，“張本”在正文二卷之後，有附錄“溫疫正
”三則。這三則正
在“石本”是作爲卷下的組成部分，而非附錄。考察清代書目，多數著錄的通行本是正文二卷，補遺一卷。符合這一特徵的版本主要有“醒本”。
3 劉本（1709）
該系統刻本亦爲二卷，最重要的特點是卷首署有“儀真劉敞方舟校梓”。屬於“劉本”系統的刻本甚多，現存劉本系統的傳本大致有國家圖書館藏康熙四十八年（1709）劉敞序刊本（如書業堂本、恩仁堂本）、中國中醫科學院圖書館藏劉敞校梓本、浙江中醫研究所藏重刻劉敞本（書品極佳）、日本明和己丑（1769）本、新聚堂本等。此本脱漏或撤去校梓者序言之後，經常被
訂作明末或清初刻本。
據日本明和刊本所載，該系統最早的刻本除吳有性序之外，當有劉敞、蜀人先著、吳炤吉三序，均撰於康熙四十八年己丑
。今國内所見該系統本或僅存蜀人先著“重刻溫疫論序”與劉敞序，或僅留吳有性原序。其中劉敞序稱：
今吳氏殘編復出於斯時，意將有可救正之機歟……向有顛倒原文，竄以臆見，另立書名，擬爲己有，則大失作者之用心矣。今歲時疫流行，而此書近鮮傳板，予因重爲校梓。
據此看來，劉氏所得乃《溫疫論》之殘編，且劉本經劉氏整理重校。
又蜀人先著序稱：
溫疫爲病至重也，昔鮮成書，方治闕如。明末有吳又可者，獨能有見於此，著論二篇，反復推明……惜其流布未廣，知之者甚少。儀真劉子方舟，業醫早成，心虚而好學。旣獲是編，向之有疑於中者，渙如冰釋。因思重爲鋟板，以公諸同輩。
故此系統的版本都署名爲劉敞校梓。
4 醒本（1715年以前）
這是一種翻刻甚多的《溫疫論》版本。二卷，卷下附有“補遺”。其特點之一是吳有性的序言被稱爲“醒醫六書
疫論引”，卷首書名作“
疫論”。作者署爲“具區吳有性又可甫著”。校訂者則隨版本的不同而不同，主要有：“嘉善張以增容旃評點/金溪周斕宣佐校訂”（令德堂本）、“新城黃文炳淮川/孔毓禮以立/張枸梓岸重訂”（文華堂本）、“松陵許永康爾寧校閲”（年希堯本等）。其中又以署爲許永康（爾寧）校閲者最多。
以上諸本均含有一共同的序言，卽康熙五十四年（1715）補敬堂主人所撰的序言。這也是該刊本最早的序言。據此序，該系統刊本最早應是“補敬堂主人”出其藏書予以刊行。而“補敬堂主人”其人其事，唯有天津中醫藥大學藏康熙間醒本書前題識略加介紹，云先生雖非醫者，但卻能醫，“人竟以神僊稱之”。蒙其德者欲爲先生壽，先生卻將所藏《
疫論》刊行，並在該書增附若干“附按”（醫案）。“衆請留銜，先生曰：吾刊此帙，寧欲作驥尾蠅哉？況吾學醫未久，術欠精純。夫行未成而名遂播，聲聞過情，君子耻之。因並不著姓氏，自謂補敬堂主人云。”
因此該書與他本不同的是，在補敬堂主人序之後，有“釋序”“附按”的内容，爲該本的特異性内容。此後乾隆五十六年（1791）彭教謙重鎸本猜測補敬堂主人就是“戚學士”戚麟祥，但目前尚無佐證。
所謂“醒醫六書”，顧名思義應該是由六種書組成的叢書。但迄今未發現還有題爲“醒醫六書”的其他刊本。從内容上來看，該本保留吳有性原著的某些重要内容，但也增補了一些内容。例如該本“補遺”的安神養血湯、疫痢兼證、小兒太極丸三則，其中兩個方劑可以補“張本”之所缺。又如卷上之末一句，該本作：“近代參價若金，服者不便，是以此證不死於貧家，多死於富室也！”其中兩個“死”字，在“張本”作“生”字。據此句上文有“愈補愈危，死者多矣”一句，當以“死”字爲正。
《溫疫論》在康熙後期開始見於書目記載。清代陸漻《佳趣堂書目》（1717）已經著錄爲《
疫論》。然乾隆間及其以後，《溫疫論》見載於十餘家書目，又以正文二卷、補遺一卷的版本最爲通行
。《四庫全書總目提要》（1782）載：“《
疫論》二卷，《補遺》一卷，通行本。”四庫館臣解釋《補遺》一卷内容爲：
其書不甚詮次，似隨筆劄錄而成，今姑存其舊。其下卷勞復、食復條中載安神養血湯，小兒時疫條中載太極丸，並有方而無藥。又疫痢兼證一條亦有錄而無書。故别爲補遺於末。又正名一篇，傷寒例正
一篇，諸家
疫正
一篇，原目不載，蓋成書以後所續入。今亦併錄爲一卷，成完書焉。
核對該書的内容，書中有吳氏論燥熱發黃，上卷末句亦同於“醒本”，故當屬於“張本”系統。從該書的目錄卷次來看，反映了四庫館臣的校勘工作。本文前述諸多康熙間刻本中，只有“醒本”書後有“補遺”。該書將“張本”在卷下之末用“溫疫正
”爲題記錄的正名、傷寒例正
、諸家
疫正
三則（“石本”歸入二卷正文中），以及“醒本”之“補遺”卷中的安神養血湯、太極丸、疫痢兼證三條一併收入其書後的“補遺”。
然而，該書所收吳氏之書，無論書名還是正文，“溫疫”全改爲“
疫”。據吳氏“正名”一論，此改顯然不符合吳氏本意。另外，該本缺少吳有性及後來校閲諸家的序言，也不利於對考察諸版源流。
通過對吳有性《溫疫論》現存各主要版本的系統考察，證實現有所謂崇禎原本及清初本均屬
訂。
康熙間刊行的版本中，以“石本”“張本”爲早。“劉本”源於“石本”，“醒本”則與“張本”多同。《四庫全書》依據的通行本與“張本”“醒本”更爲接近。但以上各本都不是吳有性《溫疫論》初刊本，互有缺漏。因此，爲了最大可能接近吳有性原著，此次校點以金陵長慶堂刊“石本”及葆真堂刊“張本”的最早版本作爲整理的雙底本，其卷次結構以“張本”爲主，吳氏原著文字内容原則上在雙底本之間擇善而從。若文字小異，而文義無明顯差别，則其文以“張本”爲主，一般不注。若張、石二本文字差異較大，則無論取何者爲正，均加校注。“張本”補注文字較多，今直接采入正文（用楷體表示），並在每卷之前照“張本”著錄“嘉善張明增容旃評點”，以使讀者瞭解這些文字的來源。其餘早期刻本之補注，有必要者，采入校注，不入正文。另選擇康熙間“劉本”、補敬堂主人“醒本”作爲主校本，“四庫本”作爲旁校本。