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总体而言，降至清代，先前将书有“窃盗之家”字样的木牌立于盗贼门首的做法，已绝少见及，而此时的“充警迹”制度，更为强调“以盗捕盗”的一面，“警迹”一词的语义内涵也就此窄化。此外，有关“充警迹”制度的实践，已总体上较明朝为松弛，唯局部地区执行仍较严格。
清承明律而规定：
凡盗贼曾经刺字者，俱发原籍收充警迹。该徒者，役满充警。该流者，于流所充警。若有起除原刺字样者，杖六十，补刺。
此条顺治三年的律文与明律无异。不过，值得注意的是，顺治三年的律文后添入小注曰：“收充警迹，谓充巡警之役，以踪迹盗贼之徒。”显然，如前所揭，此则小注乃选择性地采用了明代律学家雷梦麟的律解，这对后世例文及相关司法实践侧重于“充警迹”制度中“以盗捕盗”一面，产生了一定的影响。
顺治年间，直隶省易州地方官朱裴，曾针对捕役缉贼，弊窦重重，但考虑“贼盗缉捕，亦须用人”，因而在上奏中，主张严格执行上述顺治三年的律文，即“‘凡犯窃盗者，留充警迹’。请亦下部议，凡有窃盗案内之人，准发本处捕盗，则蹊径易知，而捕盗之飞诬绝矣”
。准朱斐所论，何以用盗捕盗，端因以下两点：首先，窃盗本身熟悉地方盗情，所谓“蹊径易知”，此与雷梦麟前述“以盗捕盗，岀没无能遁其情者”之意相合。其次，能避免捕快出于拿贼任务或逐利而诬陷无辜，所谓“飞诬绝矣”。不过，如前所述，捕快可能诬良为贼，而以旧盗捕新盗，更可能出现旧盗为了起除刺字，而诬良为窃。
通过康熙年间沈之奇的相关律注可知，前述《大明令》的规定于清初似仍沿用，即如其所说：
定制初犯刺臂，二年无过，官司保勘，起除刺字。再犯者三年无过，依上保勘起除。有能捕获强盗三名、窃盗五名者，不拘年限，即予除籍、起字。……将刺字之人，开载一册，按月点卯，有失盗之事，责令缉捕。如果二年、三年无过及能捕获强窃如数者，即为起字。有实心即有实政，亦化导顽恶之术。
清代康熙年间对除“警迹”籍似更为慎重而要求更高，窃盗消极自新，二三年安静无过，但言“起字”，而不言“除籍”。唯有盗贼积极自新，如能捕获强盗三名、窃盗五名者，方才予以“除籍”和“起字”。康熙年间的律学家沈之奇，承沿明代律学家的看法，对“充警迹”制度“既收其察盗之用，复开其自新之路”的双重功效褒赞有加，认为：“人犯盗刺字之后，平人羞与为伍，故收入‘警迹册’，使为贱役，立功自赎，然后起除原刺字样，使为良民。既收其察盗之用，复开其自新之路，此律之深意也。”
不过，此时沈之奇似更为强调“充警迹”制度中“以盗捕盗”的一面，并将其与当时地方总甲
、巡役
、纲头
及军营夜不收
等一干“在官之役”相提并论，但已绝口不提明朝“充警迹”制度中“昭示劣迹”的做法。“于窃犯门首立有木牌，书写窃犯罪名”的做法，此时恐已不行。
康熙初年，鉴于“缉拿盗贼”和“化导顽恶”两方面作用，河北东光县知县黄六鸿对“以盗捕盗”之法力加推崇，具体做法是，将一乡之盗犯（以窃犯为主）编为土番，设置番总一人，又以居址相近之五人为一队，以才具出众之一人为伍长。番总、伍长于朔望定期率众盗赴县唱名点卯，并负有监管连带责任。基于此，充分发挥“以盗捕盗”的作用
。黄六鸿上述的举措效果颇佳，不仅使得“盗皆远迹”而民安，更使得旧贼以功折罪而获新生。为此，黄六鸿曾感叹：“为民牧者，能蓄盗以捕盗，亦犹畜猴以啮鼠。俾盗皆远迹而不为民害，则是盗之有罪而死，吾为易之有功而生，民以盗不害而安，盗亦以民安而见畜，即盗所以自安，又何患于盗之日甚而必皆死之哉？”
雍正年间，浙江宁波鄞县设立“土捕”，亦祖“以盗捕盗”之意，当时鄞县地方官认为，“以土捕通线，易于勾摄”
，是以力倡。
乾隆五年刑部议准定例：
窃盗刺字发落之后，责令充当巡警。如实能改悔，历二三年无过，又经缉获强盗二名以上或窃盗五名以上者，准其起除刺字，复为良民，该地方官编入保甲，听其各谋生理。若不系盗犯，不准滥行缉拿。
这则例文既未规定盗贼刺字后收充“警迹册”，亦未言及盗贼自新后“除籍”，可见此时“警迹”册的管理制度业已弱化。此外，该例已全然不见《大明令》中窃犯消极自新之法，即二三年安静无过，官司保勘，为之起除刺字。尤有进者，盗贼积极自新之法的门槛，也有所提高，突出表现在增加了“历二三年无过”的时间限制，因此前《大明令》中规定窃犯若能如数获捕强窃等犯，即可随时起除刺字，不拘年月。不过，该例对缉获强窃数量的要求，则较《大明令》为轻，因其规定“获强盗二名以上或窃盗五名以上者”即可，而《大明令》中则要求“捕获强盗三名以及窃盗五名者”。乾隆年间的定例较《大明令》有此变化，主要原因在于：被赋予捕盗之“微权”的盗贼，为求早日“起除刺字”，不惮诬良为窃，滥行缉拿，故弊端重重
。也正因如此，乾隆五年的定例，一方面将盗贼“历二三年无过”，设为“准其起除刺字，复为良民”的必要条件；另一方面则规定，“若不系盗犯，不准滥行缉拿”。
从目前所掌握的资料来看，清朝闽浙等极少数地区较好地执行了“以盗捕盗”制度。清代《福建省例》即十分推崇此一制度，称“以刺字之人责令巡警盗贼，即古人以盗察盗之法”
。清代《治浙成规》中，较详细地记载了乾隆十年浙江“充警迹”的做法，其称：
查盗贼纠伙行窃，原系声气相通，去迹来踪，亦唯若辈独能侦探，惟有立法稍严，使其不敢轻犯。以盗捕盗，即可搜其伙党。嗣后除窃赃犯该军、流、死罪毋庸钉带铃枷外，其窃贼、窝主，罪止杖刺者，发落之后，遵照前例，挂铃、小枷钉带三年。罪应拟徒者限满回籍，亦带铃枷三年。各发该犯原住处所，派拨某都某图或某街某村，令其充警巡缉，民间失物即向彼要……如能获惯贼积窝四名、初犯新贼六名，审问得实，亦准开释，仍令该地保管束，毋致走脱。
上述“盗贼纠伙行窃，原系声气相通，去迹来踪，亦唯若辈独能侦探”一语，与前述明人雷梦麟言及之“以盗捕盗，出没无能遁其情”、陆柬所称之“巡警迹盗，以其智相及而易获”等看法互为发明，凡此皆谓“以盗捕盗”具有先天之优势。先前明代于窃犯门首书写“窃盗之家”的做法，现已停废，而取之以“钉带铃枷”，用意仍在惩罚、羞辱及便于管控诸端。而“民间失物即向彼要”的规定则反映出，窃盗捕贼虽有“微权”，但仍有务须追逃赃物的责任。此时予以窃犯自新的门槛，较前揭乾隆年间“历二三年无过，又经缉获强盗二名以上或窃盗五名以上者”的规定，显然又有所抬高，因其规定，无论杖徒等窃犯，皆须先经“铃枷三年”，然后“能获惯贼积窝四名、初犯新贼六名”，方准开释，并且仍由地保管束。
清代“充警迹”制度，除闽浙外，全国其他地方有效推行者甚少，尤其是到了晚清，各地基本是虚应故事，故晚清律学家薛允升对此制度虽赞誉有加，而对良法不行于时却深有遗憾，其认为：“此系以盗攻盗之意，且使此辈不致终身不齿，盖良法也。……前人每定一法，必有立法之意，起除刺字之律，即以盗攻盗之意也。有法而不行，其奈之何？”
晚清律学大家沈家本亦遗憾地指出：“充警之法，本于元制，开自新之路，乃法之最善者，惜后来废弛而不行也。”
待至晚清，刺字作为非人道的苛刑而遭废止，起除刺字之律也告终结，随之“充警迹”制度也失去了法律上的凭依。此外，“充警迹”制度虽属昔日良法，但久已视为具文，名存实亡，而况“巡警”事务，也设有专司，隶归民政部，日益强调专业化的“侦缉诸务”，“并非此等贼犯所能应役”
。由此，“充警迹”制度于清季渐趋消亡。