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如先前所说的，标准美式饮食，或称西方饮食，是造成如今自体免疫疾病流行的最大因素之一。加工食品、精制糖、麸质、谷物、传统方式成长及工业化养殖的动物产品，以及不健康的脂肪，如氢化油（以化学方式改变）和大多数植物油，都是启动和延续自体免疫失调的主要发炎祸首。以下就是发生的过程：
大约75%的免疫系统位于你的肠道中，准确地说，是在小肠的黏膜中；而自体免疫性则是免疫系统的问题。我们会在肠道篇章更仔细地讨论炎症问题，但现在最重要的是，要知道任何会造成肠道炎症或伤害的东西，就会伤害你的免疫系统。具有致炎性的标准美式饮食，会导致肠道细菌的失衡，如微生物菌丛不良（microbiome dysbiosis）
或肠道失衡、营养不足及肠道的高渗透性（又称肠漏），这是通往自体免疫疾病的大门。