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财政资源是政府存在的基础，政府的任何活动都需要财政支出。在古代社会，行政成本、官员俸禄、皇家宗室的赏赐、农业和水利建设、驿站运营等是必要支出，救灾和军事镇压等是随时需要应付的或有支出。为了稳定政权，王朝必须准备充足的资金来应对这类项目。支出是刚性的，但王朝诞生之后随着时间的推进，政府行政效率会不断下降，同时政府规模和财政支出却呈现不断扩大的趋势。建立一个稳定且富有韧性的财政金融体系是维系王朝长久存在的基本条件。危机当前，判断一个政权能否渡过危机的最重要指标就是财政资源。如果资源充足，政治和军事危机大多可以克服。反之，一起微不足道的事件就可能葬送一个恢宏的王朝。
蒙古帝国初期的军事成功不是偶然的，其背后离不开金融、财政以及组织制度的创新。金融方面的助力不再赘述。从作战能力上看，蒙古人在草原上过着游牧生活，马、牛、山羊、绵羊以及骆驼是他们生活中最重要的五种动物。游牧生活需要在不同季节组织动物转场，不同动物的行走速度和需要的食物不同。同时，他们要防止狼等肉食动物的侵袭。这需要很强的组织协调能力、野外生存能力，以及快速机动能力。这些都是军事作战的基础。蒙古本来存在很多部落，部落之间存在各种冲突，导致了长期不统一。成吉思汗建立了十进制的军事单位：十户、百户、千户，以及万户。一个部落一般不允许编排在同一个千户内，这样就用军事组织打破了部落制度，使得分散的传统蒙古部落成了强大的战争机器。
统一全国后，蒙古的对外扩张达到了地理的极限，同时也从南方获得了稳定的税收来源。元朝财政制度的大框架是由契丹人耶律楚材建立的，而后在色目人阿合马的帮助下，元世祖忽必烈建立了相对完备的税收体系。但是由于蒙古人不善于理财，而且没有完备的法律体系，元朝的税收制度经常变动。在蒙古占据中原后的1230年年底，窝阔台接受耶律楚材的建议，在中原的十路任命了征收课税使，负责各地税收。这种税收体制仿照了中原传统的租庸调税制，以征收谷物、布匹、马匹或者为政府服役为主。征收方法主要有两种：一种是政府派人直接征收；另一种是政府把税收承包给商人，让商人代替政府征税，即前文所说的“买扑”。对政府来说，这种税收体制确实减少了征收成本，但商人为了利益而提高税额，加重了百姓的税负。
如前文提过，窝阔台曾将中国北方的税收权力全部交给奥都剌合蛮。《元史·耶律楚材传》中说：“自庚寅定课税格，至甲午平河南，岁有增羡，至戊戌，课银增至一百一十万两。译史安天合者，谄事镇海，首引奥都剌合蛮扑买课税，又增至二百二十万两。”百姓无钱交税，被迫借斡脱的高利贷，导致利滚利，苦不堪言。虽然耶律楚材大力反对这种包税制，认为“此贪利之徒，罔上虐下，危害甚大”，但未能阻止买扑制度的推行。
中国传统上的税收体制是官府直接征税，相比于这种包税制，孰优孰劣很难定夺，具体要看百姓和收税人员之间讨价还价的能力。即使是官收体制，如果官员贪赃枉法，百姓的税负也会一样非常沉重；而且政府需要雇用大量的收税员，人员俸禄和行政开支同样不会很小，这就是税收的成本。从现代经济学的角度来说，元朝税收体制的这种民营化尝试不能算失败，它实际维持了元朝政府的长期运转。
由于蒙古帝国和斡脱商长期合作的历史渊源，穆斯林和畏兀尔人后来主导了蒙古帝国（乃至元朝）的金融财政体系，担任元朝财政税收体系的高层官员，而汉人等其他民族则主要充当中下层官员。
忽必烈统一中国后，大规模军事行动比较少，同时出于他的强势以及赫赫武功所积累的威望，贵族封赏和财政支出规模受到严格控制。在两次远征日本失败后，忽必烈放弃了正在筹备的第三次远征，专心处理内部事务。他对元朝税收制度进行了改革，采取了典型的分税制，中央政府的税收主要来自盐引和酒等商品，农业税收则归地方，负担地方的行政支出。对忽必烈来说，农业税“取之于地方、用之于地方”是一个基本原则。因为农业税归地方，所以地方必须取消对商品的过路税。这种制度使得商品可以在元朝境内自由流动，降低了交易成本，形成了统一大市场，使得元朝的商业经济空前发达，这反过来增加了中央政府的收入。
尽管如此，由于起义不断、农业水利支出增加，以及伴随政局不稳定而来的赏赐扩张，元朝的财政还是基本一直处于赤字状态。元朝中央政府依靠商业税收为主要财政收入的结构也为后来元朝的灭亡埋下了巨大隐患，一旦贸易中断，或者盐产地被占领，元朝政府马上就会出现财政危机。
1292年，《元史·世祖本纪》记载丞相完泽等言：“凡赐诸人物，有二十万锭者，为数既多，先赐者尽得之，及后将赐，或无可给，不均为甚。今计怯薛带、怯怜口、昔博赤、哈剌赤，凡近侍人，上等以二百户为率，次等半之，下等又半之，于下等择尤贫者岁加赏赐，则无不均之失矣。一岁天下所入，凡二百九十七万八千三百五锭，今岁已办者才一百八十九万三千九百九十三锭，其中有未至京师而在道者，有就给军旅及织造物料馆传俸禄者，自春至今，凡出三百六十三万八千五百四十三锭，出数已逾入数六十六万二百三十八锭矣。怀孟竹课，岁办千九十三锭，尚书省分赋于民，人实苦之，宜停其税。”也就是说，当时一年的财政收入才2 978 305锭，而前十个月已经支出3 638 543锭，赤字660 238锭。
《元史·成宗本纪》记载，元成宗即位后曾问宰相完泽：“每岁天下金银钞币所入几何？诸王、驸马赐与及一切营建所出几何？”完泽回答说：“岁入之数，金一万九千两，银六万两，钞三百六十万锭，然犹不足于用，又于至元钞本中借二十万锭。自今敢以节用为请。”从这个数目来看，元朝当时的财政规模还不算太大，财政赤字还算可控。
政府推出的改革措施通常会导致官员的数量相应增加，元成宗年间就出现了这种情况：京官本定额2 600人，居然有超过1万人领取俸禄，地方行省的冗员可能更多。官员的俸禄是一笔很大的开销。在忽必烈时期，“给内外官吏俸钞”，即以纸币来支付官员俸禄，并且当月支付。随着纸币发行增加，物价上涨，到了1299年，为了保障官员有稳定收入，维护政权安全，除了增加用纸币支付的俸禄，政府开始“增小吏俸米”，给基层官员支付大米，以抵消通货膨胀对其收入的影响，避免政权动荡。
元朝定都北方，大都和上都需要从长江地区通过河海联运调入大量粮食，供养都城及周边人口，甚至包括居住在草原上的蒙古人。俸米仍主要从江南地区运来，走海运和京杭大运河，在交通运输不便的元朝，“南米北运”无疑是一笔巨大的开销。
《元史·食货志》记载从忽必烈时代的1283年开始，元朝统一全国后，就把从江南运粮北上定为一项基本国策。输入数量不断增加，从最初的4万石增加到了1330—1333年（至顺年间）的300万石以上。之后，由于河南等北方地区粮食产量增加，黄河和淮河发生河患，以及农民起义等多种原因，京杭大运河运输路线受阻，从江南地区调入的粮食开始减少。1341年江南三省运到北方的粮食近280万石，而次年降为260万石。之后由于张士诚起义，到了1360年，南方向北方运的粮食只有11万石，接下来的三年分别为11万石、13万石和13万石。到了1364年，江南彻底中断了向都城运送粮食。