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我国历代对“药食同源”及药食界线的认识是一个从模糊到清晰的过程。从药食同源可以看到古人对食物的认识过程：起初是安全食用，提供基本营养；然后，发现了食物保健和治疗功能；最后通过实践形成药食两用之“理”，认为食物和药物一样具有性味、归经、升降浮沉、气味厚薄、有毒无毒等性质。
《黄帝内经》不但奠定了中医基础理论，还提出了中国传统饮食相关理论，形成了药食理论体系，如《灵枢·五味》云：“愿闻谷气有五味，其入五脏。”《素问·五常政大论》提到“药以祛之，食以随之”等观点，说明食物可作为药物治病的辅助。首次按食物的性味将其归纳于五行中，如《灵枢·五味》云：“五味各走其所喜，谷味酸，先走肝；谷味苦，先走心；谷味甘，先走脾；谷味辛，先走肺；谷味咸，先走肾。”还提出了五味禁忌思想，如《素问·宣明五气论》谓：“五味所禁，辛走气，气病无多食辛；咸走血，血病无多食咸；苦走骨，骨病无多食苦；甘走肉，肉病无多食甘；酸走筋，筋病无多食酸，是谓五禁，无令多食。”
唐·孙思邈在《备急千金要方·食治》中总结并发展了唐以前有关饮食的理论，如“食有偏性”“饮食有节”“五味不可偏盛”等饮食原则，在每种食物下列出性味、损益、服食禁忌及主治疾病，有的还记述了食用方法。唐·孟诜《食疗本草》所涉及的方面更加广泛，每种食物名下大多按照药性、功效、禁忌、单方、应用部位等记载，对使用时间、用量、食法、产地等多方面进行了详述，还说明妊产妇、小儿、疾患食用方法，能否多食、久食等，把饮食疗法向前推动了一大步。南唐时代的《食性本草》记载食医诸方、四时调养脏腑之术，对食疗有一定贡献。元代《饮膳正要》卷二分条介绍“四时所宜”“五味偏走”“服药食忌”“食物利害”“食物相反”“食物中毒”等，强调了食物的偏性和禁忌。在单味食品下主要记载性味、功效、良毒、宜忌等。尤其重视食性，将其分为平、大寒、寒、微寒、小寒、大暖、温、微温、大热、热、冷、凉等12个等级，特别重视食物偏性对人体的影响。偏食某种性味食物易致病，故条文中明确记有不可多食和不可久食的食物就有42种。
明代官修《本草品汇精要》首次在体例“24则”之一“治”项下分列“疗”（药用）和“补”（食用），说明最少在明中叶已经形成了药食同源的官方范式。
因此，历代医家在探索药物与食物理论过程中认识到药食同源、药食同功、药食同理。药食同源不仅体现在保健和治疗等方面，而且还体现在饮食禁忌及用法方面。药食同源物质不同于普通食品，安全性尤为重要。“神农尝百草，一日而遇七十毒”反映了古人判断食物的一个标准，即毒性。《神农本草经》中毒性的有无和大小是三品分类的重要标准，其云：“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人，欲轻身益气，不老延年者本上经。”说明上品药物（包含食物）无毒且具有补益作用，可久服、多服。中品和下品药物则包含着毒（偏性）的内容，以“毒”作为药食的界线，说明了古人认为食物必须安全无毒。