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中药治病的理论根据和基础是药性，药性主要包括性味、归经、升降浮沉、功能主治、用法用量、配伍应用、有毒与无毒、使用禁忌等。对石斛药性的认识是基于历代医家长期医疗实践经验概括和总结，历代本草医籍对此均有详细的记载，不少医家对石斛的药性提出了一些独特的见解。石斛是一种重要的药食同源中药材，临床应用广泛，为了更好地发挥其作用，本节介绍有关石斛的药性理论。
石斛性味的最早记载见于《神农本草经》，载其“味甘，平”。魏晋时期的《吴普本草》记载：“扁鹊：酸。李氏：寒。”唐代《新修本草》、宋代《开宝本草》均记载其“甘，平”。
明代石斛的应用记载较为广泛，其性味增加了“咸，或淡，苦”，如兰茂在《滇南本草》中增加了“淡”味，李时珍在“甘淡，气平”的基础上增加了“微咸”。明末李中梓的《本草通玄》上载“甘而微咸”。明末贾所学于《药品化义》中认为其“味苦，性凉”。张介宾在《景岳全书·本草正》中载：“圆细而肉实者，味微甘而淡，其力尤薄……惟是扁大而松，形如钗股者，颇有苦味。”认为石斛不仅甘、凉，还有苦味。
在清代，随着石斛分类明确，品种间的性味有了明显不同，如陈士铎在《本草新编》中记载“金钗石斛，味甘、微苦，性微寒”；黄宫绣在《本草求真》中载“石斛……色黄如金，旁枝如钗，甘淡微苦咸平”；张志聪在《本草崇原》记载“气平，味甘”；徐大椿的《神农本草经百种录》记载“出卢江六安者色青，长三二寸，如钗股，世谓之金钗石斛，折之有肉而实，咀之有腻涎黏齿，味甘淡，平”，在《药性切用》中载“性味甘淡，微咸微寒”；汪昂在《本草备要》载“甘，淡，咸，平”；吴仪洛在《本草从新》中曰“味甘、苦，性微寒”。这些著作多记载石斛有“苦，微寒”之性。赵学敏在《本草纲目拾遗》中首次用霍山石斛之名，载其“味甘、微咸”。张秉成在《本草便读》中载“石斛，味甘咸微寒，以其甘多寒少”。
近代本草中，陈存仁在《中国药学大辞典》中记载“甘，咸”；1922年吴克潜在《药性字典》中载曰“石斛……味甘，咸”。中华人民共和国成立后的著作如《全国中草药汇编》上记载其“甘，微寒”；《中药大辞典》中载其“甘淡微咸，寒”；《中华本草》载“甘；微寒”；《中国药典》（2020年版）载石斛、铁皮石斛的性味均“甘，微寒”，传承了石斛的“甘，微寒，归胃、肾经”的记载，但其“咸”未入《中国药典》，因咸味入肾，据其功效主治，应编入较妥。
从上述诸多本草著作的记载可以看出，石斛的味是甘、微咸、苦，性平或微寒，但因品种不同，性味有异。故在使用时应针对不同品种、不同性味、不同症状，斟酌应用。
归经表示药物作用的部位，药物的归经是药物作用部位所归属的脏腑经络，也就是药物对脏腑经络的选择性作用。诸多本草典籍认为石斛归肾、肺、胃经。
《本草通玄》载石斛“甘可悦脾，咸能益肾，故多功于水土二脏”，谓石斛入肾、脾经。《雷公炮制药性解》载：“入胃、肾二经。”《本草正》载：“诸家谓其厚肠胃、健阳道、暖水脏。”《本草求真》载：“石斛，入脾而除虚热，入肾而涩元气。但形瘦无汁，味淡难出，非经久熬，气味莫泄，故止可入平剂以治虚热。补性虽有，亦惟在人谅病轻重施用可耳。”《本草经疏》载：“入足阳明胃、足太阴脾、手少阴心……以其补益四经。”概因脾胃互为表里，入足阳明胃经，即入脾经，故言“补益四经”。《本草纲目》载：“乃足太阴脾、足少阴右肾之药。”以上本草经典均认为石斛归脾、胃、肾经。
但《药品化义》认为：“石斛气味轻清，合肺之性，性凉而清，得肺之宜。肺为娇脏，独此最为相配。”《本草经解》记载：“石斛性平，秉天秋降之金气，入手太阴肺经；味甘无毒，得地中正之土味，入足太阴脾经；甘平为金土之气味，入足阳明胃经、手阳明大肠经。”《本草思辨录》载：“石斛借水石而生，若石挹水以溉斛，斛因石以吸水。石属金，内应乎肺，气平亦入肺；水则内应乎肾，其为引肾阴以供肺，肺得之而通调下降无惑矣。斛之生不资纤土，而味甘淡则得中土之正，色黄又主五金之贵，合乎胃为戊土而属阳明燥金，与肺皆职司下行，故其为用，每以肺胃相连而著。惟既禀土德，何能于脾无与？肺胃与大肠皆一气直下，又何能于大肠无与？此石斛入肾、入肺、入胃，而兼入脾、入大肠之所以然也。”
杭州名医徐究仁评价石斛：“石斛功能清胃生津，胃肾虚热者最宜。夫肺胃为温邪必犯之地，热郁灼津，胃液本易被劫。如欲清胃救津，自非用石斛之甘滋轻灵不为功。然有不可徒恃石斛为治者，若温邪延久，伤及下焦，劫灼真阴，则鞠通吴氏有三甲复脉、大小定风珠等法，原为挽救真阴而设，石斛未免嫌其轻浮耳。”这些本草著作均认为石斛不但归脾、胃、肾经，还入肺、大肠经。
当代中药专著《全国中草药汇编》上记载其“归胃、肾经”，《中华本草》《中药大辞典》中均载其“归胃、肺、肾经”，《中国药典》（2020年版）载石斛、铁皮石斛均“归胃、肾经”，与其功效相应。
由此可见，石斛归经应是主入脾、肺、肾经，但脾胃皆属土，肺与大肠相表里，故清代周岩在《本草思辨录》中称“此石斛入肾、入肺、入胃，而兼入脾、入大肠之所以然也”。
升降浮沉是表示药物作用趋向的一种性能，是药物作用的定向理论。一般而言，升，即上升提举，表示药物作用趋向于上；降，即下达降逆，表示药物作用趋向于下；浮，即向外发散，表示药物作用趋向于外；沉，即向内敛藏，表示药物作用趋向于内。
对于石斛的升降浮沉，不同的本草著作记载不同。《神农本草经》《证类本草》《本草崇原》《本草经集注》等均载其“下气”。《本草纲目》载：“阴中之阳，降也。”《本草新编》载：“且其性又下行，而不上行……得石斛则降而不升矣。”《本草纲目拾遗》载：“解暑，甘芳降气。”历代本草著作中，绝大部分的记载认为石斛是降的，然而，也有少数记载石斛有升，比如《滇南本草》中载：“升也，阴中之阳也。”也有认为石斛是能浮能沉的，比如《药品化义》中载：“石斛，属阳中之阴，体轻……能浮能沉。”“石斛且上焦之势，能令热气委曲下行。”“盖肺出气，肾纳气，子母相生，使肺金清则真气旺，顺气下行，以生肾水。”
因此，在实际的临床运用中，会选择不同的药物进行配伍使用，可转变石斛升降浮沉的不同作用趋向，以适应治疗需要，更好地为临床治疗服务。
石斛可益胃生津，滋阴清热，临床上多用于热病津伤，病后虚热不退，阴虚火旺，骨蒸劳热，目暗不明等症。这在古今本草著作中均有论述。
石斛最早记载于《神农本草经》，言其：“主伤中，除痹，下气，补五脏虚劳，羸瘦。久服厚肠胃，轻身延年，强阴。”南北朝时期的陶弘景在《名医别录》中记载：“平胃气，长肌肉，益精，补内绝不足，久服定志除惊，逐皮肤邪热痱气。”同时期的《僧深集方》记载石斛可用于“囊湿精少，小便余沥者”。唐代甄权的《药性论》载：“石斛主治腰脚软弱，健阳，骨中久冷，虚损，补肾积精，养肾气，益力。”五代时期的《日华子本草》载：“治虚损劣弱，壮筋骨，暖水脏，轻身益智。”
明《药品化义》载：“无苦寒沉下之弊，并善长肌肉，厚益肠胃，诚仙品也。色如黄金，象肺之体，气味轻清，合肺之性，性凉而清，得肺之宜。主治肺气久虚，咳嗽不止，邪热痱子，肌表虚热。其清理之功，不特于此……强阴益精。更治囊湿精少，小便余沥。”《本草纲目》载：“却惊悸，定心志，治发热自汗。”《本草蒙筌》载其“皮外邪热堪逐，胃中虚火能除，定志除惊”。《本草经疏》载其“可定志除惊”。
清代《本草备要》载：“疗梦遗滑精。”《药性切用》载：“益肾阴而安神志。”《本草纲目拾遗》载：“石斛，清胃除虚热，能镇涎痰，解暑，甘芳降气。”《本草再新》载：“理胃气，清胃火，安神定惊。”徐究仁认为：“石斛功能清胃生津，胃肾虚热者最宜……如欲清胃救津，自非用石斛之甘滋清灵不为功。”《本草衍义》载：“真石斛治胃中虚热有功。”《得配本草》载：“清肾中浮火，而摄元气。除胃中虚热，而止烦渴。”《本草求真》称“入脾除虚热”。《本草分经》载：“甘、淡，微咸，微寒。清胃中虚热，逐皮肤邪热。虚而有火者宜之。”
现代中药著作基本上是沿袭历代本草所载，《全国中草药汇编》记载：“益胃生津，滋阴清热。用于阴伤津亏，口干烦渴，食少干呕，病后虚热，目暗不明。”《中药大辞典》：“生津益胃，清热养阴。治热病伤津，口干烦渴，病后虚热，阴伤目暗。”均认为石斛可以“益胃生津，清虚热，阴虚所致目暗”。但《中华本草》则记其“生津益胃，滋阴清热，润肺益肾，明目强腰，主热病伤津；口干烦渴；胃阴不足；胃痛干呕；肺燥干咳；虚热不退；阴伤目暗；腰膝软弱”，增加了“益肾，强腰”功效。《中国药典》（2020年版）中记载石斛、铁皮石斛：“益胃生津，滋阴清热。用于热病津伤，口干烦渴，胃阴不足，食少干呕，病后虚热不退，阴虚火旺，骨蒸劳热，目暗不明，筋骨痿软。”这与当前石斛的应用较一致，更好地归纳了古代本草记载的功能主治。
由此可看出石斛味甘微寒质润，可升可降，上能润肺胃，下能滋肝肾，故可药食同源，食用以煲汤、代茶饮等，药用如石斛夜光丸滋阴补肾，清肝明目治阴伤目暗之证。
石斛的配伍千变万化，功效各异，在实际运用中十分灵活。
（1）单独应用 古今单独应用石斛的记载较多，赵学敏在《本草纲目拾遗》中记载：“彼土人以代茶茗，云极解暑醒脾，止渴利水，益人气力。或取熬膏饷客，初未有行之者，近年江南北盛行之，有不给。”
（2）配伍应用 《本草经集注》载：“陆英为之使。”《得配本草》载：“配菟丝，除冷痹，精气足也。佐生地，厚肠胃，湿热去也。虚寒者用之，泄泻不止。佐以川芎嗅鼻，治睫毛倒入；使以生姜煎服，治阴湿余沥。”
配清热凉血药：如生地黄、玄参，滋阴生津，清热凉血。同气相求，相须为用，共奏滋阴生津、清热凉血之功。对于热病伤阴、口干烦渴或久病阴虚、虚热内灼诸证，均可选用。对胃热炽盛、胃阴不足之胃脘作痛、干呕口糜、牙龈肿痛等，亦有佳效。如《备急千金要方》石斛地黄煎，《时病论》清热保津法方治温热有汗。
配补肝肾明目药：如菊花、枸杞子，滋阴清热明目。菊花清芳疏泄，入肝经，有平肝明目之效；石斛咸寒质润，入肾经，具补肾之能。二药配伍，相须相使，能滋阴清热明目，对肝肾不足、阴虚内热所致的目暗不明、眼目昏花等症适宜。如《原机启微》石斛夜光丸、《圣济总录》石斛散。
配补气药：如人参、黄芪、沙参，可治疗气阴亏虚、口干、乏力等症状。如《备急千金要方》茯神煮散、肾气丸，《医醇賸义》祛烦养胃汤治中消。
关于石斛的用量，历代本草医籍记载均不一致。《本草再新》载，2～4钱（鲜者0.5～1两）。《中华本草》载，6～15g，鲜品加倍。《中国药典》（2020年版）规定石斛用量为6～12g；鲜品15～30g，与《全国中草药汇编》一致。石斛的临床用量，建议干品6～12g，鲜品15～30g为宜。其实际用量应根据病情的严重程度、治疗阶段、病程长短、患者体质、年龄、季节等因素确定，长期使用可以减少到平时的1/3。
《本草再新》载：“煎汤（须久煎），熬膏或入丸、散。”《本草备要》载：“细锉水浸，熬膏更良。”《得配本草》载：“盐水拌炒，补肾兼清肾火、清胃火，酒浸亦可，熬膏更好。”
《全国中草药汇编》记载石斛入复方宜先煎，单用可久煎。《中华本草》载，煎汤；或入丸、散；或熬膏。鲜石斛清热生津力强，热津伤者宜之；干石斛用于胃虚夹热伤阴者为宜。
如果只是单纯食用干品石斛，可以加水煎熬2h左右。《中药大辞典》指出，“用文火炖煮”是一种较好的使用方法，即吃、煲汤、炒制、榨汁、泡茶等。如果是在处方中与其他中药同用，需先煎30min或更长时间，然后与其他中药同煎，才能使其功效得以充分发挥。
《神农本草经》载：“石斛，气味甘、平，无毒。”其后的《名医别录》，明代的《本草纲目》《本草蒙筌》，清代的《本草崇原》《本草经解》等均明确记载石斛无毒。如叶天士曰：“石斛气平入肺，味甘无毒入脾。甘平为金土之气味，入足阳明胃、手阳明大肠。阴者中之守。”另外一些本草著作如《本草衍义》《日华子本草》《本草图经》等未记载石斛的毒性，这种情况一般认为石斛是无毒的。因此，古代基本认为石斛是“无毒”的。
王雨等人研究了铁皮石斛的亚慢性毒性，研究开始前对小鼠进行经口急性毒性试验 LD 50 ＞15g/（kg·bw），未观察到实验小鼠出现中毒体征和死亡，故高剂量组按最大给予量（受试物掺入饲料比例10%）设计，组间距为2倍，对照组喂饲基础饲料，各剂量组按动物进食量为体重的8%计算添加样品。经测定铁皮石斛蛋白含量为5.6%，在剂量组饲料中添加酪蛋白以调整蛋白水平与对照组基础饲料（蛋白含量20%）保持一致。称取14kg鲜铁皮石斛粉和2016g酪蛋白，采用逐渐扩大、充分混匀、反复过筛的方法掺入基础饲料至140kg，即为8g/（kg·bw）高剂量组；称取高剂量组饲料27.5kg，用基础饲料2倍稀释至55kg，即4g/（kg·bw）中剂量组；称取高剂量组饲料13.75kg，用基础饲料4倍稀释至55kg，即2g/（kg·bw）低剂量组。对照组和低、中、高剂量组实验剂量分别为0、2、4和8g/（kg·bw），相当于样品人体推荐摄入量的0、80、160和320倍。对照组和高剂量组增加卫星组，用于试验中期（45d）和恢复期（118d）观察。恢复期高剂量卫星组在90d后停止给予受试物，喂饲基础饲料。结果表明，实验期间实验大鼠未出现明显拒食现象，未观察到与受试物相关的中毒反应；尿液、血常规、血生化检测值均在正常生理波动范围内，高剂量组病理组织学检查未见与受试物有关的不良改变，卫星组各指标检测结果未观察到铁皮石斛毒性的可逆性、持续性和迟发效应；雌、雄大鼠实际摄入的未观察到有害作用剂量分别为8.53和8.16g/（kg·bw），分别相当于人体推荐量的341和326倍。
吴月国等研究了齿瓣石斛低、中、高剂量组（4.5、9.0、18.0g/kg）在90d期间对大鼠的亚慢性毒性，其间观察大鼠一般情况（饮水、进食、毛色、行为、粪便、尿液），记录体质量和进食量，计算食物利用率；实验中期（第7周）和末期检测血常规（血红蛋白、红细胞计数、白细胞计数及分类）、血液生化指标（谷丙转氨酶、谷草转氨酶、总蛋白、白蛋白、胆固醇、甘油三酯、血糖、尿素氮、肌酐）；实验末期取主要脏器计算脏体比，进行组织病理学检查。结果表明，齿瓣石斛对大鼠一般情况、体质量、进食量、食物利用率、血常规、血液生化指标、脏体比无明显影响，主要脏器色泽、大小、形态结构无明显异常，显微镜下未发现明显组织病理学变化；齿瓣石斛在90d内对大鼠无明显亚慢性毒性，安全剂量为18.0g/kg。
陈建国等研究了金钗石斛安全性，进行了急性毒性试验、小鼠微核试验、小鼠精子畸形试验、Ames试验和大鼠30d喂养试验。结果表明，金钗石斛对雌、雄小鼠和雌、雄大鼠经口 LD 50 均大于20.0g/kg体重，属无毒级；三种致突变试验均未见致突变作用，对大鼠30d喂养试验各项指标均未见明显毒性反应。得出其无作用剂量为5.00g/kg体重，提示金钗石斛对大鼠进食量有一定的影响，但不影响体重增长，且有一定的提高食物利用率的作用，还具有一定的降低大鼠血清谷丙转氨酶、降低雄性大鼠血清胆固醇、提高雌性大鼠血清总蛋白的作用。这说明金钗石斛两个阶段的毒性试验结果未见毒性反应，其在受试剂量范围内是安全的。
但《中华本草》记载“石斛碱有抑制呼吸的作用，大剂量可致惊厥；对离体豚鼠子宫可使之收缩”，应引起重视。
许多中药，无论有毒、无毒，它的治疗效能与毒副作用是相对的也是密切相关的，在一定的条件下又可以相互转化。有些无毒的中药，因过量不合理应用也可毒害人体，转化为有毒之物。在实际应用石斛时，要重视和关注“毒性”对人体的安全性，避免过量或长期使用。
（1）配伍禁忌 《本草经集注》载：“恶凝水石、巴豆。畏僵蚕、雷丸。”
（2）使用禁忌 《百草镜》载：“虚而无火者忌用。”《得配本草》载：“虚寒者用之，泄泻不止。”民国时期杭州名中医徐究仁认为：“抑有不可滥用石斛者，如湿温尚未化燥，每见口燥欲漱，苔腻皮干，理宜辛淡之法，若误用石斛，则舌苔立转黑燥，湿遏热蒸，渐入昏谵者有之，是又不可不谛审者也。”《中华本草》载：“温热病早期阴未伤者、湿温病未化燥者、脾胃虚寒者均禁服。”
现代多认为，大便溏薄，舌苔厚腻者忌服；虚而不热，实热，舌苔厚，腹胀者忌用。石斛不适用于体质虚寒无火气者、脾虚久泄者、实热证（中医所谓实热证，指的是人体阳气亢盛而导致的阴阳失衡，表现为壮热烦渴、目赤肿痛、舌红苔黄、痰黄等症状，治疗上以清热泻火为主）；感冒期间不能服用石斛，否则会导致邪气无法排出。
但《中国药典》（2020年版）中对石斛、铁皮石斛均无使用禁忌、毒副作用的记载，说明使用石斛是比较安全的。