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指纹图谱与特征图谱是目前能够被国内外广泛接受的中药或天然药物质量评价模式。国家药品监督管理局于2000年8月颁发了《中药注射剂指纹图谱研究的技术要求（暂行）》，并以此为突破口开始逐步实现中药材、中药提取物、中药成方制剂的指纹图谱或特征图谱质量控制。为了加强苗药药材、饮片及苗药制剂等的质量监控，确保其质量稳定、可控，可参照中药指纹图谱研究技术要求进行苗药指纹图谱或特征图谱质量控制模式研究，目前，该项技术在苗药的应用也逐渐发展起来了。
指纹图谱是指某些苗药或其成方制剂经适当处理后，采用一定的分析手段，得到的能够标示该苗药特性的共有峰的图谱。苗药指纹图谱是一种综合的、可量化的鉴定手段，它是建立在苗药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价苗药药材、饮片、成方制剂及其半成品质量的真实性、稳定性和一致性，强调对图谱共有峰归属的辨识和图谱相似性的评价。因此，苗药指纹图谱的基本属性是“整体性”和“模糊性”。整体性强调多个成分（共有指纹峰）的相对稳定的比例、排列顺序及相互的牵制，反映的质量信息是综合的，利用指纹图谱的整体性，可以鉴别苗药材的真伪，评价原料药材与成方制剂之间的相关性，监控成品批间质量的稳定性。由于苗药来源的多样性（生长环境、采收加工等）、化学成分的复杂性与可变性（次生代谢产物化学成分不确定性）等特点，苗药指纹图谱还具有无法精密度量的模糊性。模糊性强调待测样品的指纹图谱与对照指纹图谱之间的相似性，而不是相同性。