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光谱法用于苗药制剂的鉴别，主要有荧光法（FS）、紫外-可见分光光度法（UV-Vis）、红外光谱法（IR）、X射线衍射法（XRD）等。
苗药或苗药制剂中的某些化学成分（通常具有共轭双键体系及芳香环分子，如黄酮、蒽醌、香豆素等）在可见光或紫外光照射下能产生一定颜色的荧光，具有这一特性的苗药或苗药制剂可用荧光法鉴别。荧光法最主要的优点是灵敏度高。鉴别时，可将样品用适当溶剂提取后，点在滤纸或试纸上，或直接置于紫外光灯（365nm或254nm）下检识。有的成分本身不具有荧光性，但加酸、碱处理后，或经过其他化学方法处理后产生荧光的，也可供鉴别用。
【例3-22】 宜肝乐颗粒的鉴别
组成：由鸡屎藤、虎杖、马鞭草、六月雪等9味药制成。
鉴别：取本品5g，加乙醇20mL，置60℃水浴中温浸2小时，滤过，取滤液1滴点于滤纸上，置紫外光灯（365nm）下观察，显亮蓝色荧光。
【例3-23】 花栀清肝颗粒的鉴别
组成：由小花清风藤、栀子制成。
鉴别：取本品10g，加甲醇40mL，加热回流20分钟，滤过，取滤液2mL，蒸干，残渣加饱和的硼酸丙酮溶液及10％的枸橼酸丙酮溶液各2mL，蒸干，置紫外光灯（365nm）下检视，显强烈的黄绿色荧光。
苗药或苗药制剂若含有芳香族或不饱和共轭结构的化学成分，在紫外-可见光区有选择性吸收，显示出特征吸收光谱，在一定条件下吸收光谱的特征差异可作为紫外-可见分光光度法鉴别依据。该法具有简便、快速、易普及等特点。但由于苗药制剂所含的化学成分比较复杂，多种成分的混合物由于各自的吸收光谱相互叠加会产生干扰，若对样品进行适当前处理，除去干扰成分，则可有效地提高该方法的专属性。常见的鉴别方法有以下几种。
（1）规定吸收波长法：样品经适当处理后，测定其吸收光谱，在一定波长处有最大吸收。
（2）对照品对比法：取对照品或对照药材及供试品，经处理后，制成对照品溶液及供试品溶液，分别测定吸收光谱，比较两者吸收光谱的一致性。
（3）规定吸收波长和吸光度法：取样品经处理后，测定吸收光谱，在规定波长下吸收光谱应有若干个吸收峰，并有相应的吸光度值。
（4）规定吸收波长和吸光度比值法：样品在一定波长下应产生相应的吸收峰，并且吸光度与对照峰的吸光度比值应在一定的范围之内，此法的条件是要有对照品或参照物。
（5）多溶剂光谱法（又称为紫外光谱组法）：选用不同极性的溶剂按一定次序提取样品，将样品分为若干个溶剂组，然后测定各组的吸收光谱，根据所得到的特征吸收光谱或导数光谱进行鉴别。应用这种方法时原料药品质量应恒定，并有对照物或对照图谱，否则难以说明问题。
【例3-24】 木香槟榔丸的鉴别
组成：木香、槟榔、枳壳、陈皮、青皮（醋炒）、香附（醋制）、三棱（醋制）、莪术（醋制）。
鉴别：取本品粉末4g，加水10mL，水蒸气蒸馏，收集馏液约100mL，照紫外-可见分光光度法测定，在253nm波长处有最大吸收。（检出挥发性成分）
苗药制剂是多组分的混合物，一般认为其红外光谱是组分中各基团吸收峰的叠加（分子间发生作用除外），混合物组成的变化将导致红外光谱的变化，因此也具有一定的特征性，可用于苗药的真伪鉴别。
【例3-25】 石膏的鉴别
取本品粉末适量，溴化钾压片法制备供试品，照红外分光光度法（2020年版《中华人民共和国药典》四部通则0402）试验，供试品的红外光吸收图谱应与二水硫酸钙对照品（CaSO 4 ·2H 2 O）具有相同的特征吸收峰。
红外光谱法具有取样量小、操作简便迅速等特点，但由于苗药制剂所含化学成分的复杂性，组分吸收峰相互干扰，往往表现出较高的相似度而难以区分，使得单纯的红外光谱法鉴别苗药制剂存在一定的局限性。
近红外光谱（NIR）是应用化学计量学方法将近红外光谱反映的样品结构或性质信息与标准方法测得的信息建立校正模型，从而快速预测样品组成或性质的一种分析方法。NIR技术可从未经处理的苗药样本中直接获取分析信息，有效地避免因预处理所造成的微量组分的损失及组分形态的变化，最大限度地保留同种类药材不同产地间的微小差异，提高苗药生产过程的可控性和苗药制剂的均一性。
X射线衍射法作为物质结构和成分分析的一种现代科学分析方法，已逐步在各学科研究和生产中广泛应用。当对某物质（晶体或非晶体）进行衍射分析时，该物质被X射线照射产生不同程度的衍射现象，物质组成、晶型、分子内成键方式、分子的构型、构象等决定该物质产生特有的衍射图谱。如果物质是混合物则所得衍射图是各组分衍射效应的叠加，只要混合物组成恒定，该衍射图谱就可作为该混合物的特征图谱。由于所含成分不同，其衍射图谱亦各不相同，以此达到对苗药及苗药制剂鉴别的目的。如利用X射线Fourier指纹图谱法对三黄片进行分析。