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显微化学鉴别法是将苗药粉末、切片或浸出液少量置于载玻片上，滴加适宜的化学试液，在显微镜下观察化学反应结果，以鉴别苗药的真伪。大致有三种实验方法：一是将粉末或切片置于载玻片上，滴加某些试液，使所含的成分结晶析出，或成为盐类析出，观察其晶形或产生的特殊颜色反应。二是利用微量升华试验，观察升华物结晶形状，或滴加试液后化学反应的现象。三是采用溶剂提取，将提取液滴于载玻片上，滴加试液并观察产生的现象。此法简单、迅速，需要用到的样品和试剂量少。当苗药供试品数量很少且某些化学反应较灵敏时，可选择使用显微化学鉴别法。
【例3-21】 大黄流浸膏的鉴别
取本品1mL，置瓷坩埚中，在水浴上蒸干后，坩埚上覆以载玻片，置石棉网上直火徐徐加热，至载玻片上呈现升华物后，取下载玻片，放冷，置显微镜下观察，有菱形针状、羽状和不规则晶体，滴加氢氧化钠试液，结晶溶解，溶液显紫红色。
本方法是先利用游离蒽醌可升华的性质，使其与其他共存组分分离，然后利用升华物结晶形状及在碱性溶液中显红色来鉴别大黄。
（1）细胞壁性质的鉴别
①木质化细胞壁：加间苯三酚试液1～2滴，稍放置，加盐酸1滴，因木化程度不同，显红色或紫红色。
②木栓化或角质化细胞壁：加苏丹Ⅲ试液，稍放置或微热，显橘红色至红色。
③纤维素细胞壁：加氯化锌碘试液，或先加碘试液润湿后，稍放置，再加硫酸溶液（33→50），显蓝色或紫色。
④硅质化细胞壁：加硫酸无变化。
（2）细胞内含物性质的鉴别
①淀粉粒：加碘试液，显蓝色或紫色。加甘油醋酸试液，置偏光显微镜下观察，未糊化的淀粉粒显偏光现象；已糊化的无偏光现象。
②糊粉粒：加碘试液，显棕色或黄棕色。加硝酸汞试液，显砖红色。
③脂肪油、挥发油或树脂：加苏丹Ⅲ试液，显橘红色、红色或紫红色。加90％乙醇，脂肪油不溶解（蓖麻油及巴豆油例外），挥发油则溶解。
④菊糖：加10％α-萘酚乙醇溶液，再加硫酸，显紫红色并很快溶解。
⑤黏液：加钌红试液，显红色。
⑥草酸钙结晶：加稀醋酸不溶解，加稀盐酸溶解而无气泡发生。加硫酸溶液（1→2），逐渐溶解，片刻后析出针状硫酸钙结晶。
⑦碳酸钙结晶：加稀盐酸溶解，同时有气泡发生。
⑧硅质：加硫酸不溶解。