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苗药制剂的显微鉴别比单味药材的复杂，可能存在几种药味具有相似的显微特征，或者由于制备方法、辅料的影响，有些原本在药材中易于检出的显微特征会消失或变得难以检出。因此，在选取处方各药味显微特征时，要考虑到所选特征在方中的专一性，药材鉴别的主要特征有时不一定能作为制剂中药味的鉴别依据，而某些较为次要的特征有时却能起到重要的鉴别作用。
苗药制剂显微鉴别原则上应对处方中所有以粉末投料的药味逐一进行，选择容易观察（制片5张，可检出规定特征的应不少于3张，镜检出现概率达到60％）、与处方中其他药味无交叉干扰的显微特征作为鉴别依据。对于苗药提取物制成的苗药制剂，由于显微特征缺失而不适宜采用显微鉴别方法。