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鉴别是指鉴别苗药真伪的方法，包括性状鉴别、显微鉴别、理化鉴别。由于药品真伪是保证药品安全、有效的前提条件，所以鉴别是苗药质量分析的首项工作。
性状鉴别主要用感官对苗药的形状、形态、颜色、气味、质地等外观性状进行鉴别，还包括对苗药的某些物理常数测定指标的鉴别。
显微鉴别是指用显微镜对苗药的切片、粉末、解离组织或表面制片的显微特征进行鉴别的一种方法。显微鉴别中的横切面、表面观及粉末鉴别，均指经过一定方法制备后在显微镜下观察的特征。
理化鉴别包括物理、化学、光谱、色谱等鉴别方法，根据苗药中所含化学成分而规定。苗药因成分复杂，干扰物质多，一般理化鉴别、光谱鉴别方法很难符合专属性的要求，因此，除矿物药材及个别品种外，目前应用不多。
目前，薄层色谱法在苗药鉴别中应用最为广泛，具有专属性强、操作简便等优点，并具有分离和鉴别的双重作用，只要一些特征斑点（甚至是未知成分）具重现性、专属性就可以作为确认依据。薄层色谱法可用对照品或对照药材做对照，根据供试品与对照品或对照药材色谱特征的相似性判断鉴别结果，以确认苗药的真伪。
指纹图谱、特征图谱也可作为鉴别的依据，通过测试供试品的色谱或光谱指纹图谱、特征图谱，与被检测样品的标准指纹图谱或参数进行对比，确定苗药的真伪或质量优劣，以达到鉴别的目的。