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苗药制剂分析最初检验是感官检查和理化鉴别，缺乏客观准确的指标。20世纪50年代开始将中药及其制剂的质量管理纳入法制化、规范化的轨道。1963年版《中华人民共和国药典》分两部，其中第一部收载中药材和中药制剂。至1995年版已收载药材522种，中药制剂398种，增加44％。剂型有注射液。检验方法用植物形态学方法和物理化学方法代替了传统的感官检查方法，如显微鉴定技术、化学鉴别方法、色谱法，尤其是薄层色谱分析法（TLC）对制剂中所含药材的鉴别，对不同制剂的制剂规格进行检查，检查有害杂质如杂物、砷盐、重金属等，并对部分药物中成分已明确的有效成分进行含量测定，水平有很大提高。曾经苗药制剂分析主要按照地方药品标准执行，2001年根据修订的《药品管理法》有关取消自治区、直辖市药品标准的规定，2002年由地方标准上升为国家标准。目前苗药制剂涉及两类标准，一是收载入国家药品监督管理局编写的《国家中成药标准汇编》；二是《中华人民共和国药典》，如贵州省的银丹心脑通软胶囊、热淋清颗粒等苗药制剂由原局颁标准进入国家标准。
苗药药材执行标准主要分为两类：一是国家标准，执行《中华人民共和国药典》；二是地方标准，执行《贵州省中药材民族药材质量标准》《湖南省中药材标准》等。
药物分析学从20世纪初的一种专门药物分析技术，逐步发展成为一门日臻成熟的学科，成为药学学科中的二级学科。近年来，中药分析学科也逐渐形成，并不断完善，20世纪末，随着现代仪器分析方法的引入，中药分析的整体水平达到了一个全新的高度，苗药作为中华民族医药之一，充分借鉴了中药分析的经验和成果，逐步从经验分析、化学分析、仪器分析，形成如下发展趋势。
苗药制剂质量标准应该能够说明质量与疗效，即物质基础与疗效之间的关系。研究苗药制剂的有效物质并对其进行质量控制，才可保证苗药制剂的有效性和稳定性。所以，现行的质量控制模式和方法仍需不断改进和提高。近年来，苗药制剂分析技术呈现如下发展趋势。
由于苗药的化学成分复杂，有效成分尚不十分清楚，而苗药传统的质量分析检测方法很难客观准确地反映苗药的质量。现代分析技术方法以其自动化程度高、快速和微量的特点，与传统的化学分析方法相比更适合苗药中多组分的化学成分分离分析，并可以提供丰富而准确的定性定量信息，以辨析苗药的真伪，评价药品质量的优劣。目前，气相色谱-质谱联用、液相色谱-质谱联用、高效毛细管电泳、超临界流体色谱等方法用于苗药分析的文献报道越来越多，毋庸置疑，现代仪器分析技术将在今后的苗药分析中发挥越来越重要的作用。
专属性又称选择性，是指在其他组分可能存在的情况下，分析方法能准确地测出待测组分的特性。从现行标准来看，专属性差的化学鉴别、沉淀反应和光谱鉴别方法正在逐步被专属性较强的显微粉末鉴别、薄层色谱、质谱及DNA分子鉴定等现代分析技术所取代。例如，苗药材和饮片及含生药粉的苗药制剂均需增加专属性较强的显微鉴别法或薄层色谱鉴别法。这些分析技术的应用，使苗药制剂分析的专属性得到很大提高，解决了常规分析方法无法解决的问题。
传统的质量控制方法借鉴天然药物及化学药分析的方法和思路，目前，多数苗药制剂仅测定1～2种有效成分（或指标成分）。由于缺乏相关的理论指导及研究基础，所测定的有效成分（或指标成分）的特征性、系统性和有效性无法保证，很难对药材或制剂的特性有一个全面的描述，从而难以很好地控制产品质量。基于现代分离分析技术并且符合苗医药理论的多靶点作用特性的多指标成分的定性定量分析方法成了苗药复杂体系分析未来的发展方向。如枣仁安神胶囊测定斯皮诺素、五味子醇甲、丹参酮Ⅱ A 含量等。
苗药指纹图谱是参照中药指纹图谱/特征图谱技术要求进行研究，指纹图谱借用DNA指纹图谱的概念发展而来，可以用来进行药材的种属鉴定、植物分类研究和品质研究，是苗药信息表达的一种模式。最先出现的是苗药化学成分色谱指纹图谱，特别是高效液相色谱技术的运用，使得指纹图谱成为目前应用最为广泛的信息表达模式之一，并应用到药品标准中，保证药品质量的稳定均一。苗药指纹图谱包括活性成分群的整体特征，既符合苗医药整体性特点，又能反映苗药成分类群特征，是实现多种成分整体相关质量评价的关键技术。与测定“单一成分”控制苗药质量的模式相比较，苗药指纹图谱能提供更丰富的信息，能更客观、更有效地控制苗药的内在质量，保证苗药产品质量的一致性和稳定性。目前，国际上普遍采用指纹图谱对植物药进行质量控制。随着苗药指纹图谱技术在苗药的质量评价和质量控制中有诸多的研究、运用和进展，其方法已经日趋成熟。随着研究的深入和分析技术的不断进展，指纹图谱技术得到飞速的发展，多维多息指纹图谱、多波长指纹图谱、指纹图谱融合技术、2D指纹图谱、在线指纹图谱等技术方法在苗药的质量评价方面发挥更大作用。如枣仁安神胶囊以丹参对照药材、五味子对照药材为参照物，供试品色谱中应呈现8个与对照特征图谱相对应的色谱峰，其中1、7号峰保留时间应该与五味子醇甲、丹参酮Ⅱ A 对照品色谱峰保留时间相对应。
在过去相当长的时间内，人们对于药物的认识往往仅注重其外在的质量，即通过鉴别、检查和含量测定等检验项目来控制药品质量。而对于药物进入体内后的情况，一直很少被关注。自20世纪70年代以来，随着临床药理学、生物药剂学等新学科的兴起，人们为了实现安全、有效、合理的用药，越来越迫切需要更多地了解药物在人体内的信息。为此，就需要对药物在体内的作用过程、作用机制及药物效应等进行深入研究。体内药物分析研究通过现代分析手段来了解药物在生物体内数量与质量的变化，以获得药物代谢动力学的各种参数、代谢方式、代谢途径及代谢产物等信息，从而促进药物的研制生产、药物临床试验、药物作用机制的探讨、药物质量的评价及药物的改进与发展。
苗药产品质量易受生产原料、生产过程、包装、运输、贮藏等各个环节的影响，因此实施生产过程的规范化管理及实时在线监控对保证苗药产品的质量，实现苗药生产的自动化具有重要意义。目前，苗药质量控制主要集中在苗药材、苗药饮片和最终产品的质量控制上，忽略了其生产过程的质量控制，因此，需要加强过程质量控制技术的研究，建立从药材到产品整个过程的质量控制标准。随着苗药加工过程自动化程度的提高，过程的连续化和管道化将是苗药生产现代化的一个发展方向，在苗药生产过程中，对包括工艺参数、理化指标、指标成分在内的中间体及成品的稳定性、均一性进行实时的在线控制，保证生产过程中工艺的可控性、产品的稳定性，建立生产线上的中间体及成品的快速质量评价方法，是提高苗药质量标准科学性的关键，也是苗药生产亟待解决的问题。如将近红外光谱的在线检测技术应用于苗药制剂生产过程控制、检测苗药材质量的一致性、苗药粉末的含水量、颗粒大小、混合过程苗药物分布均匀度及检测苗药片剂、颗粒剂等剂型的均匀性、硬度、湿度等。
苗药安全性检查主要是指对被检产品进行有毒有害物质的高灵敏度检测。随着人类崇尚“自然、健康、无污染”意识的逐步加强，进行苗药有毒有害元素（铅、汞、砷、铜、镉等）及农药残留量等的监控势在必行。这既符合苗医药理论“天人合一”的思想，也是苗药现代化、国际化的要求。世界卫生组织（WHO）对药品的基本要求是“安全、有效和质量可控”，其中“安全”被放在首位。《中华人民共和国药典》（2000年版一部）附录首次收载了有机氯农药残留量检查方法，《中华人民共和国药典》（2005年版一部）附录又增加了有机磷类和拟除虫菊酯类农药的测定方法，新增了原子吸收或电感耦合等离子体质谱法测定重金属和有害元素的方法。《中华人民共和国药典》（2010年版）加强了中药中有害元素、有毒成分、有害物质的检测，提高标准的安全性控制水平；加强高风险中药注射液安全性控制，针对中药注射剂增加了异常毒性、降压物质、过敏反应、溶血与凝聚检查法及渗透压摩尔浓度测定法等；明确药物中有毒成分、毒效成分的含量限度和范围，保证药物和制剂的临床使用安全；制剂通则中对部分外用制剂的质量也加强了控制，提升了中药制剂生产管理水平。《中华人民共和国药典》（2015年版）制定了中药材及饮片中二氧化硫残留量限度标准，制定了人参、西洋参标准中有机氯等16种农药残留的检查，对柏子仁等14味易受黄曲霉毒素感染的药材及饮片增加了“黄曲霉毒素”检查项目和限度标准等。《中华人民共和国药典》（2020年版）更进一步提升安全性控制水平，提出药材及饮片（植物类）“重金属及有害元素”限量指导值：铅不得过5mg/kg，镉不得过1mg/kg，砷不得过2mg/kg，汞不得过0.2mg/kg，铜不得过20mg/kg，如白芷、当归、葛根、黄精、三七、栀子、桃仁、酸枣仁等标准项下新增了相关限量标准。增加药材及饮片（植物类）中禁用农药多残留测定法，建立药材及饮片（植物类）禁用农药的限量要求；修订重金属最大限量理论值相关内容、最大限量制定的一般步骤，建立药材及饮片（植物类）重金属及有害元素限量指导值。增加真菌毒素的限量要求，如蜂房、土鳖虫等5个增加了黄曲霉毒素的限量要求，薏苡仁增加玉米赤霉烯酮的限量要求。建立有效控制内源性有毒成分限量标准，如马兜铃酸Ⅰ的限量检查方法（高效液相色谱-质谱法）等。