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努尔哈赤去世后，皇太极继承了后金汗位。与努尔哈赤不同，皇太极有着更为远大的抱负，他将目标设定为统一中国，改朝换代。为了实现这一目标，他知道需要缓和满汉之间的矛盾，大量招揽汉族人才来辅助自己。
皇太极继位后，很快就注意到了范文程。范文程在努尔哈赤时期就已崭露头角，他在战场上的谋略和文馆中的出色表现，都让皇太极对他产生了浓厚的兴趣。天聪三年（1629年）四月，皇太极下诏命，从各旗的生员中选拔人才，组建以“历代帝王得失为鉴，并以记功之得失”为主旨的文馆。范文程凭借着自己的才华和学识，在这次选拔中脱颖而出，被选入文馆成为骨干。
进入文馆后，范文程得到了皇太极的高度信任和重用。皇太极每次商议军国大事，都会特意听取范文程的意见。范文程也不负所望，总是能够提出独到且具有建设性的见解。无论是军事战略的制定，还是政治制度的改革，他都能从不同的角度进行分析和思考，为皇太极提供全面而深入的建议。
随着时间的推移，皇太极对范文程的依赖越来越深。他将许多重要的官职和任务交给范文程。皇太极改元崇德后，把以前的文馆改设为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，并任命范文程为内秘书院大学士。这一职位主要负责起草国家文书、皇帝敕令等重要工作，是皇太极身边极为重要的角色。
在处理政务时，皇太极对范文程言听计从。大臣们向皇太极汇报工作时，皇太极总会先问：“范章京知否？”如果大臣提出的建议不妥当，皇太极就会说：“何不与范章京议之？”要是大臣说范章京也是这么认为的，皇太极便会欣然同意。这充分体现了皇太极对范文程的信任和赏识。
在皇太极时期，范文程凭借其卓越的谋略，为后金的发展立下了赫赫战功，其中最为著名的当属用反间计除掉袁崇焕。
天聪三年（1629年），皇太极率领大军进攻北京，袁崇焕率领明军顽强迎战，双方陷入了僵持不下的局面。袁崇焕是明朝的一员猛将，他善于用兵，多次击败后金军队，是后金进军中原的一大障碍。范文程知道，若想打破僵局，必须先除掉袁崇焕。于是，他向皇太极献上了一条反间计。
范文程派人故意在被俘虏的明朝太监面前透露，说皇太极与袁崇焕之间有密约，袁崇焕将背叛明朝，与后金里应外合夺取北京。然后，又假装疏忽，让这名太监逃走。太监逃回北京后，将听到的消息报告给了崇祯皇帝。崇祯皇帝本就生性多疑，听到这个消息后，顿时勃然大怒，不分青红皂白就将袁崇焕下狱治罪。最终，袁崇焕被凌迟处死，家人被流放，家中财产也被全部抄没。这一冤案成为了晚明历史上的一大悲剧，但却为后金除去了一个强劲的对手。袁崇焕的死，让明朝失去了一位杰出的将领，也使得后金在与明朝的对抗中占据了更有利的地位。
除了反间计除掉袁崇焕，范文程在劝降明朝将领方面也展现出了非凡的谋略。天聪五年（1631年），皇太极领兵围攻大凌河城，明朝大将祖大寿被迫投降。然而，仍有一部分明军坚守关隘，不愿投降。皇太极知道强攻可能会造成巨大的伤亡，于是派范文程前去劝降。
范文程一人一骑，径直走进明军大帐。他没有丝毫的畏惧，而是以平和而坚定的语气，向明军将士晓以利害。他分析了明朝的现状，指出明朝政治腐败，国力衰退，已经无法挽回颓势；而后金则蒸蒸日上，势力不断壮大，是未来的发展趋势。他还承诺，只要明军将士投降，后金将给予他们优厚的待遇，保证他们的生命安全和财产不受侵犯。在范文程的劝说下，明军将士们开始动摇。他们看到了明朝的困境，也感受到了范文程的诚意，最终纷纷放下武器，选择了投降。这次劝降的成功，不仅减少了后金军队的伤亡，还为后金增添了一股强大的力量。
后来，明朝将领孔有德、耿仲明二人有意率领本部兵马投降后金。皇太极得知后，非常高兴，立即派范文程前往孔有德大营进行洽谈。范文程凭借着自己的智慧和口才，与孔有德、耿仲明谈妥了各种条件，最终成功地将他们带到沈阳拜见皇太极。孔有德和耿仲明的投降，为后金带来了先进的火炮技术和丰富的军事经验，大大增强了后金的军事实力。
随着后金势力的不断壮大，原有的制度已难以满足其发展需求。在这样的背景下，范文程凭借其卓越的政治智慧和远见卓识，积极参与到后金的制度建设中，为后金的稳定与发展奠定了坚实基础。
皇太极改元崇德后，范文程提出建立内三院的建议，得到了皇太极的认可与支持。内三院即内国史院、内秘书院、内弘文院。内国史院负责记录汗王的起居诏令，编纂史书，纂修实录，撰拟郊天告庙的祝文等；内秘书院主要负责撰写对外的书信、敕谕，以及记录各衙门的奏疏等；内弘文院则承担着注释历代政事得失、向汗王和皇子们进讲经史等职责。
范文程亲自参与内三院的组建工作，他精心挑选人员，制定各项规章制度。在选拔人员时，他不拘一格，唯才是举，将那些有学识、有能力的人吸纳进来。他还注重对人员的培训和管理，确保内三院的工作能够高效、有序地进行。内三院的建立，使得后金的政务处理更加规范、系统，提高了行政效率，也为后金培养和储备了大量的人才。
除了建立内三院，范文程还致力于完善后金的官制。后金初期，官制较为混乱，缺乏明确的职责分工和等级制度。范文程借鉴明朝的官制体系，结合后金的实际情况，对官制进行了全面的改革。他设立了吏、户、礼、兵、刑、工六部，明确了各部的职责和权限。吏部负责官员的选拔、考核和任免；户部掌管户籍、土地、赋税等事务；礼部主管礼仪、祭祀、科举等；兵部负责军事事务；刑部掌管司法审判；工部则负责工程建设和制造。
在完善官制的过程中，范文程注重加强中央集权。他规定六部直接对汗王负责，削弱了八旗旗主的权力，使得后金的统治更加集中和统一。同时，他还制定了严格的官员考核制度，对官员的政绩、品德等进行全面考核，奖优罚劣，激励官员们积极履行职责。