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晋惠公背信弃义，在秦国饥荒时不仅不施以援手，反而出兵攻打，引发韩原之战并最终被俘。后来虽被释放，但他的儿子圉在秦国为质子期间，听闻晋惠公病重，担心君位旁落，竟偷偷逃回晋国。晋惠公死后，圉继位，是为晋怀公。晋怀公生性多疑且刻薄寡恩，他害怕流亡在外的公子重耳会威胁到自己的君位，于是下令国内跟随重耳流亡的大臣们限期回国，否则将诛灭其家族。
秦穆公得知晋怀公的所作所为后，意识到这是一个再次介入晋国事务、扶持一位亲秦君主的绝佳机会。而流亡在外多年的重耳，此时已历经磨难，积累了丰富的政治经验和人脉资源，在各诸侯国中也颇具声誉。秦穆公认为重耳是一位有雄才大略的君主，于是决定帮助重耳回国夺取君位。
秦穆公派人前往楚国，将重耳接到秦国，并以礼相待。为了进一步巩固与重耳的关系，秦穆公还将自己的女儿怀嬴等五位女子嫁给重耳。起初，重耳对迎娶怀嬴有所顾虑，因为怀嬴曾是晋怀公的妻子，而晋怀公是重耳的侄子。但在谋士的劝说下，重耳最终接受了这门亲事，与秦国结成了更加紧密的联盟。
公元前636年，秦穆公认为时机成熟，便亲自率领秦军护送重耳回国。秦军一路势如破竹，顺利抵达晋国边境。重耳在秦国军队的支持下，迅速集结了国内支持他的势力。晋怀公的军队在得知重耳回国的消息后，军心涣散，纷纷倒戈相向。重耳不费吹灰之力便进入了晋国都城绛城，杀死了晋怀公，登上了晋国的君位，是为晋文公。
晋文公继位后，秦晋两国的关系进入了一个新的阶段。在初期，两国保持着紧密的合作关系。两国相互支持，共同应对周边诸侯国的威胁。晋文公在秦穆公的帮助下，迅速稳定了国内局势，推行了一系列改革措施，使晋国的国力得到了进一步提升。而秦国也通过与晋国的合作，扩大了自己在中原地区的影响力。
公元前632年，楚国攻打宋国，宋国向晋国求救。晋文公为了报答宋国的恩情，同时也为了争夺中原霸权，决定出兵救援宋国。秦穆公也派出军队，与晋军一起组成联军，共同对抗楚军。在城濮之战中，晋秦联军采用巧妙的战术，大败楚军，取得了决定性的胜利。这场战役不仅确立了晋国在中原地区的霸主地位，也彰显了秦晋两国的强大实力。
随着晋国国力的不断增强，晋文公的野心也逐渐膨胀。他不再满足于与秦国的平等合作关系，开始试图在中原地区独霸一方。这使得秦晋两国之间的矛盾逐渐显现出来。
公元前630年，秦晋两国联合攻打郑国。郑国为了避免灭亡，派大臣烛之武前往秦营，劝说秦穆公退兵。烛之武向秦穆公分析了局势，指出秦国帮助晋国攻打郑国，只会让晋国的实力更加强大，而秦国却得不到任何实际的好处。相反，如果秦国与郑国结盟，郑国可以作为秦国在东方的一个据点，为秦国提供便利。秦穆公听后，觉得烛之武说得有理，于是决定与郑国结盟，命杞子领部分军队驻扎郑国，帮助郑国抵御晋国，自己则率主力军队撤回秦国。
晋文公得知秦穆公退兵的消息后，十分愤怒，但考虑到与秦国的关系，他并没有立即采取军事行动。而是选择与郑国修好，并与其结为同盟，后撤回大军。秦晋两国之间的这次冲突，标志着两国关系开始出现裂痕。
此后，秦晋两国虽然表面上还维持着一定的关系，但彼此之间的猜忌和矛盾却日益加深。在晋文公统治后期，秦晋两国之间的关系逐渐从合作走向了对抗，为后来的崤之战等一系列冲突埋下了伏笔。