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在《资本论》第一卷德文第二版跋中，马克思明确谈到《资本论》的研究方法，即“研究必须充分地占有材料，分析它的各种发展形式，探寻这些形式的内在联系。只有这项工作完成以后，现实的运动才能适当地叙述出来。”
这引起了理论界对经济学方法论的讨论。
张建君认为，马克思《资本论》的研究方法是整体主义方法论与层次性方法论的结合。马克思经济学整体主义方法论建立在唯物主义的世界观基础之上，要求对经济活动进行本质性的认识，在不同的认识中进行比较，从而得出正确的结论；要求从社会制度的整体状态来认识社会的经济现象，而不是孤立的局部的经济现象描述。马克思在《资本论》中的层次性研究方法，包括演绎主义的分析法、数理实证及建模分析的方法、引证法、经验主义的实验研究法、归纳和演绎结合的方法以及历史主义的研究方法。
余永定认为，方法论，英文是methodology，跟方法不太一样，概念要广泛一些。哲学意义上的方法论是指人是有思维有意识的，是在以某种方式认知他之外的客体，是对人的认知过程进行再认知、对思维进行再思维。“不识庐山真面目，只缘身在此山中”。我们研究方法论就要跳出这个“庐山”，来认识人的认知过程。在经济学上，也有经济哲学，或者经济学的方法论。它一般有两个主要内容，一个是以经济研究过程作为实际范例来解释哲学方法论的问题，另一方面经济学中有许多程式化的研究方法、固定的模式。这种模式的发展使得经济学变得比较容易了，能帮助提高思维效率，少做无用功。理论的最基本部分是那些数目上尽可能少、不能在逻辑上进一步简化的概念和基本假设。任何一个完整的经济理论体系也是这样，在研究经济学或者在构造经济学体系时，要遵循这样一系列的规则。政治经济学，特别是马克思的《资本论》，它的体系和构造跟西方经济学是很不一样的。如果研究数量关系、现实的许多技术问题，那么西方经济学比较有效。但若想了解社会发展、描述社会关系的变化等，马克思的体系还是非常有价值的。《资本论》就有一个非常明确的理论框架，形式上就是正题反题，构成一个思想，然后构成思想群，思想群的变动、运动又构成一个系列，系列就构成体系。假设演绎法是经济学研究中最重要的方法，基本内容是从观察或经验材料出发进行归纳，得出作为假设的某个或某些全称肯定判断，然后把提出的假说翻译成数学语言，并通过数学的各种变化把包含在其中的各种含义表达出来。假设演绎法包括四个步骤：提出假说、翻译成数学语言、进行数学推导、对结论进行检验。马克思在《资本论》第二卷中通过一系列数理，阐明了资本主义社会中社会总产品价值随时间推演而变化的规律，回答了一定时期内社会总产品价值是由哪些因素决定的，以及这些因素与社会总产品价值的数量关系，并且回答了当决定社会总产品价值的诸因素随时间推演而发生变化之后，社会总产品价值在接续期将发生何种变化。这是马克思的再生产理论的数学模型的文字表述。他还给了一个表。那张表和两大部类平衡条件都是马克思已经给出来的。马克思的数理都是差分方程，凡是差分方程都可以把它变成微分方程。马克思是最早弄出经济增长的动态模型的人，比后来的哈罗德-多马经济增长模型要复杂得多。我们研究经济问题，要会正确提出问题，并且把问题变化成为数学语言，然后进行纯粹的数学推导，由此就可以得出非常明确的正确结论。
另有人认为，在经济学中，除了仍然用演绎方法和归纳方法外，经济学的方法还可以分为宏观经济分析方法、微观经济分析方法、制度结构分析方法。宏观经济分析方法以整个国民经济活动作为考察对象，研究各个有关的总量及其变动，特别是研究国民生产总值和国民收入的变动及其与社会就业、经济周期波动、通货膨胀、经济增长等之间的关系。微观经济分析方法以单个市场、单个企业的经济活动、单个消费者的行为作为考察对象，研究各个有关的个量及其变化，特别是研究生产成本、价格、利润和其他生产要素收入及其与市场类型（完全垄断、完全竞争、垄断竞争、寡头垄断）之间的关系。制度结构分析方法以制度的变化、社会各利益集团地位的变化，以及这些利益集团之间的冲突作为考察对象。它强调经验材料的归纳，重视非经济因素的作用，并把社会心理、意识形态、历史事件等对经济的影响摆在较突出的地位。经济学的研究还可以区分为实证研究和规范研究，相应地经济学的方法可以区分为实证方法和规范方法。实证方法是在既定的评价标准的前提下，考察经济活动中的一定的因果关系。它所解决的，是“这是什么”或“这不是什么”之类的问题。规范方法所考察的是经济活动的评价问题，也就是“这应该是什么”或“这不应该是什么”之类的问题。规范研究带有浓厚的伦理学色彩，它把“是非善恶”的讨论纳入经济学研究的轨道，因而其命题不具有客观性。宏观、微观、总量分解等分析方法主要是实证分析，但它们并不排除规范分析。静态分析与动态分析、封闭系统分析与开放系统分析、均衡分析与非均衡分析，是对经济学方法从另外角度作的区分。
马克·布劳格的经济学著作《经济学方法论》，对将近半个世纪西方经济学方法论的诸多成果作了系统而深层次的总结，并且就一系列方法论阐发了独到见解。布劳格认为，经济学家的错误，在于没有实行自己所鼓吹的方法论。他分析了“公认的观点”到波普尔的证伪主义，围绕关于证伪主义的争论，评述了库恩的范式、拉卡托斯的科学研究纲领、费耶拉本德的无政府主义以及方法论一元论等学说，主张经济学是一门把真实的正确的前提或假说作为基础的科学，即西尼尔—穆勒—凯恩斯传统。他还论述了操作主义、工具主义、描述主义、制度主义等方法论的特征及其与证伪主义方法论的关系，同时分析了先验主义、实在论一类老的方法论观点。他认为，经济学的进步，必须绝对优先考虑那些可证伪的经济理论的产生和检验工作。他还讨论了消费者行为理论、厂商理论、希克斯的相对份额理论、以萨缪尔森为代表的新古典经济学、现代国际贸易理论中的赫克谢尔—奥林—萨缪尔森定理、凯恩斯主义与货币主义、人力资本理论和新家庭经济学。布劳格认为，经济学的中心是预测而不只是解释。经济学方法论能做的是提供接受或反对某种研究纲领的准则，以便帮助人们分清良莠。