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到了四年级作毕业论文时，钱三强所在的物理八级，已经由入学时的28人，减少到10人。男生有钱三强、王大珩、郁钟正（后改名于光远）、杨龙生、杨振邦、陈亚伦、谢毓章，女生有何泽慧、黄葳、许孝慰。
人少自有人少的好处，老师基本上是一对一指导学生作毕业论文。在老师指定题目后，学生需要走完查阅资料、设计实验、制造设备、开展实验、写作论文的全流程，每一步都必须一丝不苟。
钱三强的毕业论文，由吴有训指导，内容是制作一个真空系统，试验金属钠的表面对改善真空度的作用。老师要求他独立完成设计与制作，并给了他一个扩散真空泵和一些玻璃管材作为实验材料。
他通过查阅资料，设计出了管道图，并到金加工车间用角钢焊接了一个支架，用扩散真空泵和玻璃管材制作了一台真空系统装置。
实验进程还算顺利，他也充满了自信。但是，一个真空系统刚刚吹成，他一抽真空，就听到“呯”的一声，不仅玻璃设备全部炸碎，水银也流了一地。他当时吓了一跳，赶忙跑去向吴有训报告。吴有训让他把实验室的门窗全部打开，然后立刻跑出来，以防吸入水银蒸气中毒。
时隔两天，吴有训把钱三强叫到面前，一起分析实验失败的原因，认定是玻璃结构机械应力不均匀，导致整个玻璃设备炸碎，而要避免这一现象，需要在吹制玻璃设备时注意退火并严格执行退火的操作程序。“（吴有训）鼓励我再干，一点批评责备也没有。”
在导师指导和鼓励下，钱三强重新实验，并获得了成功，他的毕业论文最终取得了90分的高分，与何泽慧并列第一。
对于智者来说，教训从来就不是包袱，而是财富。发生在1936年春天的这次实验事故，使他更为重视动手能力，并终身受益。后来，他在法国做原子核物理研究时，由于在清华期间学过吹玻璃技术并选修过“金工实习”课，所以对简单的实验设备和放射化学用的玻璃仪器，一般都能亲自动手制作，令欧洲同行刮目相看。
随后，清华组织学生“毕业参观”。当时，清华有一个人性化的设置，就是每生每年收取20块大洋的学费，毕业时再由校方如数返还学生，让他们用这80块大洋，作为到各地进行毕业参观的费用，目的是扩大学生的视野，并借此谋取就业岗位。接下来，根据校方的安排，他们由年方30岁的任之恭教授带队，先后参观了北平的协和医学院、北平研究院物理研究所，南京的资源委员会、国防部兵工署、中央大学，上海的南洋大学等。
紧接着，就是选择就业方向了。
全班10名同学，钱三强等9人学实验物理，方向自然是实验类研究机构。其中王大珩留在清华研究院，一边当助教一边深造，随后考取留英公费生，专攻光学玻璃研究，成为“中国光学之父”；谢毓章在清华读完硕士后前往美国留学，回国后长期从事液晶物理研究；杨龙生受聘担任厦门大学数理系助教，后来到英国伯明翰大学进修，回国后成为电子学家；杨镇邦、陈亚伦则前往国防部兵工署弹道研究所，投身军工研究；黄葳、许孝慰在清华参加了工作；何泽慧决定去德国留学。而唯一学理论物理的于光远，先任广州岭南大学助教，后来奔赴延安从事边区经济研究，成了一名经济学家、哲学家。
钱三强将如何选择呢？