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凉州会晤时，随萨班从西藏来凉州的还有萨班侄子八思巴（1235—1280年）。八思巴的本名叫罗哲坚赞，相传他自幼聪明过人，3岁能念咒语，8岁能背诵经文，9岁能为人讲经，所以被时人称为八思巴，意为“圣者”。公元1251年，萨班在凉州去世，临终前将衣钵法螺传给八思巴，八思巴成为萨迦派第五代法王。次年底，八思巴应元宪宗蒙哥汗胞弟忽必烈之邀，前往内蒙古多伦与忽必烈会晤。自此，八思巴被忽必烈尊为上师，曾三次为忽必烈本人、皇后、皇子及其臣属进行密法灌顶（与佛结缘的一种宗教仪式）。1260年，忽必烈称帝，他便是元世祖。元世祖封八思巴为国师（10年后追封帝师）。元至元元年（1264年）夏五月，八思巴与弟恰那多吉离开大都前往吐蕃，受命建立乌思藏地方行政体系。临行前，忽必烈赐给他一道《珍珠诏书》，特别授权他管理吐蕃政教事务。诏书中晓谕僧俗人等，对“寺庙所有的土地、水流、水磨等，无论如何不可夺占、收取，不可强逼其售卖”。这年七月，忽必烈在中央机构中设立总制院（后改为宣政院），掌管全国佛教及吐蕃地区的行政事务，由国师八思巴掌管总制院。
八思巴一行到达今玉树藏族自治州称多县称文乡的噶瓦隆巴地方时，受到盛大欢迎。当地僧俗群众一万多人聚会，举行法会，请八思巴升座讲经说法，传授灌顶。这次盛会影响巨大，此后，该地改称“称多”，意为万人集会处，并成为后来这一地区的总名和县名。
在噶瓦隆巴地方，八思巴还受到噶阿尼胆巴的欢迎。此人即是元代著名的藏传佛教高僧胆巴国师（法名贡噶扎巴）。胆巴幼年离开家乡到今西藏师从萨迦班智达学习佛教教义，曾受命去西印度学法，返回后，就在家乡称多居住，当八思巴路过时，即前来迎接。八思巴将他带到萨迦（今西藏萨迦县），不久又派他返回称多建立寺院。胆巴兄弟奉八思巴之命修建了一座萨迦派寺院，还在八思巴讲经说法的地方建了一个法座，名叫“白玛噶波”（白莲花）。三年后（1268年），八思巴回京时又路过称多，将胆巴所建寺院赐名为“尕藏班觉林”，意为善缘福乐洲寺，后通称尕藏寺。他还赐给该寺释迦牟尼佛卷轴画1幅（今仍存寺中），用金汁抄写在蓝纸上的藏文《大藏经》1套，1.5尺高的镀金佛塔1座，9股金刚法铃1个，法螺1枚（仍存寺内）。八思巴还颁给尕藏寺一道法旨，用藏、汉、蒙古3种文字书写在锦缎上，内容大意是要求当地居民向尕藏寺交纳酥油、青稞、黄金、牲畜等，并规定任何人不得侵扰寺院。此外，八思巴还赐给胆巴掌管当地政教事务的象牙图章和白檀木图章各1枚，授权他掌管称多地方佛事和民事。于是尕藏寺第一任寺主胆巴成为了玉树称多地区首任政教合一的大土官。
尕藏寺在八思巴的扶持关照下，发展很快，迅速成为元代玉树地区最大的寺院。据传，寺院建筑从现在称文乡的钟松庄一直延伸到峨来山下，寺僧最多时达到1900人。
继尕藏寺之后，胆巴又奉八思巴之命相继在今称多县建了邦夏寺，在玉树市建了隆庆寺。除此之外，尕藏寺下辖的子寺还有称多县的岗察寺、土登寺、赛浦寺和玉树市的达杰寺等。
尕藏寺首任寺主胆巴后来被八思巴收为弟子，约于元至元七年（1270年）随八思巴前往大都（今北京），此后多次参加或主持朝廷的各种佛事活动，一度驻锡山西五台山。至元三十年（1293年），忽必烈病重时，召他到皇宫建观音狮子吼道场，做法事7天。元成宗继位后，胆巴的地位更加尊崇。大德六年（1302年），元成宗出巡到柳州时患病，召胆巴赶到柳州做法事7昼夜，结果成宗病愈。于是，元成宗下令全国僧人普读藏经，并大赦天下。此后，成宗和皇后对胆巴更加恩宠有加。次年胆巴病逝，终年74岁，被朝廷追封为“大觉普慈广照无上帝师”。史书记载说胆巴聪慧异常，学识渊博，做法事很是灵验，朝野无论贵贱，都十分敬仰他。大德年间，德寿太子病重，不治而亡，不鲁罕皇后派人质问胆巴道：“我夫妇崇信佛法，把你当大师对待，我们只有这么一个儿子，为什么不使出法力叫他多活几年？”胆巴回答说：“佛法譬如灯笼，遇风雨来，可以遮避；但假如蜡烛已燃尽，灯笼也是无可奈何的。”胆巴的话相当于儒家常说的“死生有命”，但胆巴用另一种形式表达出来，说法新颖，比喻巧妙，被时人当作好口才的一个例证。
尕藏寺是元代玉树地区最大的萨迦派寺院，其寺主曾是该地区最有权势的土官。首任寺主是胆巴，胆巴之后共传14世。第二世土官叫桑巴次成巴松，第三世土官叫桑巴更尕扎巴。第四世至第十世缺载，第十一世寺主叫洛根，十二世是称多百户之子，夭折；第十三世叫白玛才文，十四世叫桑巴生格，生于1936年。大约第一至第三世是权力鼎盛时期。后来随着藏传佛教格鲁派的兴起和兴盛，萨迦派势力日益衰落，尕藏寺寺主的权势也逐渐变小。
蒙元统治者除授权国师八思巴在往返西藏途中封授僧职土官外，还在湟水流域封授过土官，宗喀万户即是其中一例。
据藏文史料记载，元代受封世袭宗喀万户职衔的是今青海湟中西纳川的吐蕃人西纳家族。西纳家族在宋代汉文文献中记作斯纳。北宋时，河湟地区兴起青唐（今西宁）吐蕃政权（又称唃厮啰政权），西纳族（部落）曾隶属于青唐政权。又据《安多政教史》记载，青海西纳家族的先祖原居康区的包波岗地方，即今四川省甘孜藏族自治州一带。其先祖中有个名叫西纳多吉坚赞的，武艺高强，曾带领部民将当地人多势众的穆氏部落征服，从而使西纳部落强盛起来。多吉坚赞派儿子西纳南巴和西纳格西去卫藏学本领。哥哥西纳南巴后定居今西藏，其后裔中出了几个知名人物。弟弟西纳格西到了萨迦，修习佛法，成为萨迦派高僧。西纳格西学经完成后，一次在修行入定时，隐约听见度母对他说：“你应去北方蒙古之地弘扬佛法。”他认定这是佛祖给予他的指引。于是约了三名好友，他们是来自后藏、觉麻隆、拉萨贡塘三地佛学功底最好的格西（佛教学位名），作为随从，离开萨迦投奔蒙古。大约在公元1211—1215年间，西纳格西一行来到蒙古国上都（今内蒙古多伦县西北），见到了成吉思汗。《安多政教史》中说，当时成吉思汗问：“你们四人从何处来，是何民族，懂何种知识？”
西纳格西回答：“我四人从后藏萨迦来，是吐蕃族，懂佛法。”
成吉思汗说：“佛法我知道。我是大地之主，世上再没有比我大的主宰。汝等既有知识，可否为我降一场雨？”
西纳格西等4人点头说：“可以。”于是紧闭双眼，口中念念有词，弹指作起法来，不一会儿，大雨降临，水满山谷。汗王忙说：“停雨停雨！”西纳格西等收法，立时雨停。
成吉思汗对左右说：“真神奇，他们竟能管天！”蒙古国君臣大为惊异，对西纳格西等4人十分敬重，奉若神明。这年冬天，他4人提出要去五台山和普陀山朝拜菩萨，汗王不允，要求他们留在蒙古国中服务。4人坚持要行，成吉思汗只好点名将西纳格西留下，其余3人放行。
以上关于作法降雨的记载，无疑是后世佛教徒的附会之说，但西纳格西有高深的佛学造诣并懂得“法术”，得到成吉思汗的赏识和挽留是可信的。此后，西纳家族与蒙古王室建立了密切的关系。据《安多政教史》记载，西纳家族成员西纳则觉从小被成吉思汗第四子托雷宗王收养为义子，长大后封了大官；西纳堪布（藏传佛教中主持受戒者的称号）喜饶益希贝桑布在忽必烈手下供职。忽必烈早在阔端与萨班凉州会晤后不久就想把萨班请到他那里，但阔端不放。转而请八思巴，然而八思巴当时年幼，还没有受比丘戒，忽必烈便派西纳堪布护送八思巴回藏受戒，然后再送到他那儿。由于西纳堪布在服事八思巴、促成八思巴与忽必烈会晤中尽了力、立了功，故而受到八思巴和忽必烈双方的器重，得到很多荣誉和赏赐。除被委任为宣政院院使外，还得到封赐土地的诏书。忽必烈在给西纳堪布赐封土地之前，先问他想要哪里。西纳堪布实地踏勘了一下，将想要的地方和寺院名称开列到文书上，忽必烈便下诏书让他管领该文书所列的地方。这些地方中有宗哥（今青海乐都）、兔尔干（今湟中区境内）、赤喀（在今贵德县）等地。
就在元至元年间的某一年，八思巴和元世祖忽必烈共同赐给西纳家族首领西纳贝本虎符印章，封西纳贝本为宗喀世袭万户。除万户外，西纳家族成员中被委任为地方官员、参与行使对河湟地区管辖权者还有不少。蒙古王室的后代还和西纳家族的后代互相通婚。在元朝皇室的扶持下，西纳家族成为元代青海藏族地区权势显赫的家族。
西纳格西之后，西纳家族仿萨迦派体例，各辈家族成员都有出家当喇嘛的，称作“西纳喇嘛”，其宗教地位的继承采用萨迦派侄子继承叔伯地位的办法。后世将曾护送八思巴赴藏受戒的西纳堪布喜饶益希尊为第一代西纳喇嘛。西纳贝本被元朝封为青海宗喀地方的万户后，西纳喇嘛主要在湟水流域活动，主要传播藏传佛教萨迦派。
宗喀万户之职并不是僧职土官，但它可以说因僧职而得，同时与僧职有密不可分的关系。
据藏文史籍《囊谦王世系谱》记载，约在公元12世纪中叶，西康（今四川西北与西藏北部）地区珠氏家族吉乎·枯隆荣布的后代直哇阿鲁从今四川甘孜藏族自治州康定的折多山一带，携其妻智藏尕毛及7个儿子，并带领愿意随迁的部分属民一起迁入玉树南部，形成一个新的部落。因其先祖吉乎·枯隆荣布曾当过内地朝廷的内务大臣，内务大臣在吐蕃时期通称内大相，藏语称为“囊伦谦波”，简称“囊谦”，于是就以囊谦作为部落名。后来囊谦部落逐步发展，成为玉树地区最大的藏族部落，其直接统辖之地跨据杂曲、吉曲两河，势力强盛，能左右这一地区的局势。直哇阿鲁是囊谦部落的第一代首领，他于南宋淳熙二年（1175年）与藏传佛教噶举派名僧勒巴尕布一道前往黎州（今四川汉源），归附南宋。南宋朝廷颁给文册，承认他为囊谦部落首领，有权统辖今青海囊谦和四川邓柯、西藏昌都一带的6个部落1万户百姓。并敕建寺院一座，就是根蚌寺。此后，人们尊称囊谦部落首领为囊谦王。
蒙古国时，驻凉州的蒙古宗王阔端派其部将多达那波领兵进藏，途经囊谦，第二代囊谦王阿由路哇亲率部民欢迎，并表示归附。忽必烈即位后，以萨迦派法王八思巴为国师，派他到乌斯藏（今西藏地区）建立行政体系。八思巴路过囊谦地区时，曾亲临根蚌寺，为该寺赐赠法螺一对（现存囊谦采久寺）。八思巴在这里选任勒巴尕布的再传弟子日美多杰为根蚌寺住持。八思巴到今西藏地区后，代表中央加委乌思藏十三万户时，囊谦王阿由路哇急派其弟根蚌寺住持曲吉将才入藏晋见八思巴，请求给囊谦王颁发领地执照。八思巴以国师、领总制院事的身份加封阿由路哇，承认囊谦所属6部落为囊谦王的领地和属民。八思巴在颁给囊谦王的文册中称：“根据宋代皇帝颁赐之文册中所列囊谦辖区，一一予以承认。囊谦部落所属六部落、一寺院、四千户僧众、六千户俗民，继续由囊谦王管理。唯根蚌寺周围，只准僧侣居住，不准世俗滞留，以维护佛寺之尊严、佛门之清静。违者由根蚌寺住持和囊谦部落头人严加办理。上述内容，仰照囊谦部落、拉（拉多宗部落）、卡（卡饶部落）、瓦（瓦饶部落）寺院、僧众、俗民一体周知。”从此，囊谦王的地位更加稳固。
循化撒拉族自治县县城西南17公里处有个文都藏族乡，这里是第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞大师的家乡。文都乡西南5公里拉代村的东北隅山坳里，坐落着一处古老的寺院叫文都寺，寺周群山环抱，农田连片，对面山上松林苍翠，风景秀丽。该寺始建于元代，据《文都史志》记载，文都寺创建者和文都千户始祖都来自西藏萨迦的昆氏家族，藏历第五饶迥之水马年即元至元十九年（1282年），今西藏地区萨迦派喇嘛噶希巴和阿什旦、扎西兄弟三人率部迁到今青海循化地区。喇嘛噶希巴后来创建了文都寺并当了寺主；阿什旦占据文都地区，成为后来第一代文都千户；扎西占据中库地区，也是文都寺的主要经济支持者。第一代文都千户阿什旦定居文都后，共生7子。他的7个儿子长大后，分别成为文都千户所辖7个小部落的首领，并且各有各的领地。这7个部落历代延续，直到20世纪末还能指出各个部落的分布情况。它们都分布在今文都藏族乡的中库、毛玉、相玉三条山沟。“文都”为藏语，“文”是牛犊，“都”是三岔口，“文都”之意为“牛犊山下三岔口地方”。文都在旧时又称作边都、边都沟。文都寺在元代始建时信奉萨迦派，明建文四年（1402年）成为格鲁派寺院。文都千户始封于元代，明清时延袭不绝。十世班禅大师额尔德尼·却吉坚赞即是文都千户的后裔。文都千户与文都寺关系密切，共同对属民进行政教合一的统治。