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到目前为止，我们讨论的重点都是美国高等教育体系在19世纪末和20世纪的独特结构，以及这种结构与其他工业国家体系结构之间的对比。在本节，我们将讨论在20世纪中叶的不到十年的时间里，【21】美国学术研究经费发生的巨大变化。美国学术研究经费来源的转变为美国高等教育带来了规模庞大的研究基础设施，其规模和特征也与其他工业经济体形成了鲜明对比。
美国战争准备和在1941年12月加入二战改变了联邦研发计划和优先研发领域。联邦研发总支出从1940年的7.849亿美元飙升至1945年的最高124亿美元（按1996年美元价值计），国防部研发支出从2.792亿美元增加到40亿美元（按1996年美元价值计）。大规模战时联邦研发计划的成功及其组织结构留下了若干重要遗产。“曼哈顿计划”在1944年和1945年高峰期的研究预算大大超过了国防部的预算，它成功建立起了一个研究和武器生产综合体，为美国迎来了真正的“大科学”时代。讽刺的是，“曼哈顿计划”在制造具有空前破坏力武器方面的成功，却促成战后人们对大规模科学极大促进社会福利的可能性的乐观看法。 11
科学研究及发展办公室（OSRD）是由范内瓦·布什负责的一个民事机构，主要依靠与私人公司和大学签订的研究合同来运作。它的财务规模很小，但作为一种机构创新，具有非常重要的意义。在战争时期，OSRD经费与合同的最大受益者是麻省理工学院（也是机构管理费的发明者），其从OSRD获得了75份合同，总金额超过8.86亿美元（按1996年美元价值计）。而OSRD经费最大的公司受益者是西屋电气，获得的研究经费总计1.3亿美元整（按1996年美元价值计）（Pursell，1979，p.364）。OSRD在二战时期签署的合同使其能够利用在两次世界大战间隔期间发展起来的各种学术和工业研发能力。该办公室号召科学界成员为可带来军事回报的科学研究提供建议和指导，并积极参与此类研究。
该办公室与其他战时计划一同改变了美国学术研究的规模和经费来源。事实上，在二战后，联邦政府学术研究经费的管理与20世纪美国科学政策中最著名、最有影响力的人物之一——范内瓦·布什的设想截然不同。为了响应时任美国总统富兰克林·罗斯福的请求，范内瓦·布什在1945年起草了关于二战后联邦科学政策的著名报告《科学：无尽的前沿》（ Science: The Endless Frontier ）。他预见到了经济学家后来的分析结论，认为基础研究是经济增长的最终源泉，【22】并主张建立一个联邦机构，负责资助所有国防和非国防领域，包括卫生领域的基础研究。二战后美国国内政治的复杂性，以及布什反对国会对他所提出的机构进行监督，导致该项提议最终未获得通过。与他设想的由一个单一民事机构负责监督联邦的所有科学政策和资金划拨不同，包括军队和国家卫生研究院（NIH）在内的多个职能机构承担起了支持基础和应用研究的主要职能。到1953年，86%以上的联邦研发支出（其中5%用于支持学术研究）均由国防部和原子能委员会负责管理。