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三藩之乱让清朝廷拼上了老本，动员了全国一半以上的兵力，糜饷巨万、耗时八年，才终于平定。其最精锐的八旗兵团“效死疆场，丁口稀少”，以至于康熙不得不从吉林、黑龙江征调大量男丁进入八旗，以填补缺额。但对于康熙来说，这个代价值得。他通过平定三藩彻底坐稳了龙椅，掌握了九五之尊的大权。至此，再也没有谁能阻挡他迈向成为千古一帝的目标了。
战争结束之后，摆在康熙面前的有两个选择：一是人民休养生息，二是完成国家统一。康熙选择了后者：“台湾一日不收回，朕一日不得安寝。”
台湾岛位于中国大陆东南海域，东临太平洋，西隔台湾海峡与福建省相望。葡萄牙人称台湾为“福尔摩沙”，意为“美丽之岛”。
明万历三十二年（1604年），荷兰东印度公司为了建立在中国的贸易据点，派遣舰队占领了澎湖。当时荷兰刚刚独立不久，和西班牙打了八十年仗才算革命成功，穷得叮当响，不出来做点生意，根本没法养家糊口。
明天启二年（1622年）四月，荷兰派遣雷尔生作为舰队司令，率领大小战船十五艘，包括两只英国战船，组成联合舰队攻陷澎湖。同时还加派三艘战船封锁漳州海面，企图以武力威胁中国同荷兰通商。明朝福建巡抚商周祚得到这一消息后，立即发出照会，要求荷兰撤军。荷兰人却耍起了无赖，死活不走，坚决要和中国通商。
商周祚回复：“要通商先撤军，否则免开尊口。”
荷兰的指挥官表示自己官卑职小，没有撤军的权力，只有经过荷兰东印度公司总督的同意才可以撤退……总之是来了就没打算走！并且他还提了三个让人匪夷所思的条件：
第一，明朝要允许荷兰在中国沿海互市。
第二，割让澎湖予荷兰人。
第三，禁止中国与葡萄牙、西班牙二国进行贸易。
最后还要挟明朝：“若不允市，必动干戈！”
这简直完全没把明朝放在眼里！这已经不属于蹬鼻子上脸了，这是要把明朝的脸按在地上摩擦。
明朝廷眼见谈判解决不了问题，改派南居益为福建巡抚，专门处理澎湖问题。天启皇帝专门下旨给南居益：“赶紧让洋人离开！”
那就只有武力解决了。
至此，澎湖之战箭在弦上。
但有意思的是，南居益上任之后并没有马上出兵，而是主动邀请荷兰人到福州来谈判。荷兰人也觉得如果能和平解决，当然是最好的，于是欣然前往。由此可见，荷兰人玩心眼儿的水平和南巡抚完全不在一个水平线上。
谈判的过程非常有戏剧性，简直超过了鸿门宴。
开始时还是很正常，大家见面说些你好我好的客套话，南巡抚大手一挥，摆上宴席。在席上，南居益笑容可掬，首先端起酒杯祝荷兰代表团的各位身体健康、家庭幸福。紧接着来一句：“大家干了！”一杯酒下肚，荷兰代表就觉得头重脚轻眼发黑，最后看见的景象是巡抚大人把杯子摔了——估计荷兰人是不懂什么叫摔杯为号的。
荷兰代表团就这样被一网打尽，停在海上的几艘战船也被南居益连夜派人放火烧毁。唯一遗憾的是，停在港口位置的一艘荷兰小型快船脱逃，跑回了澎湖风柜尾城堡报信。荷军群情激奋，觉得中国人办事太不地道。既然已经撕破脸了，那就打吧！
明天启四年（1624年）正月，南居益下令明军渡海收复澎湖。
此次出征，明朝派遣战船两百艘、兵士万余人。福建总兵俞咨皋领兵登陆白沙岛，首先与荷军接火。荷军在澎湖也做了充足的准备，修筑了坚固的防御工事，炮楼坚固如铁，致使明军久攻澎湖不下。海战情况更不乐观，明朝水师那些中小型战船完全不是荷兰巨舰的对手。
一边是坚船利炮、高大堡垒，一边是有着绝对优势的兵力后勤，双方谁也不服谁。这一仗，一打就打了半年。最后南居益亲自跑到前线督战，几乎天天发动攻击，但荷军龟缩坚城，又有海上炮火支援，攻城部队毫无进展。
有一点要说明：并不是明军的战斗力比荷兰人差，而是在古代作战中，攻城本来就非常困难，围着打几个月打不下来，也是常有的事儿。中国历史上最长的守城纪录是蒙古国与南宋之间的钓鱼城之战。当时蒙古铁骑挟横扫世界之威，前后几十万人围着钓鱼城打了三十多年都没打下来，连蒙古大汗蒙哥也阵亡在城下。最后，直到南宋灭亡，大势已去，在忽必烈答应绝不伤害城中百姓，并签了协议的前提下，守将才弃城投降。
南居益明显没有蒙古人的耐心，他调派火枪队支援攻城，而且对各位领兵将官下了死命令：“再打不下澎湖，提头来见！”
天启四年（1624年）七月初三，明军集结力量发起最后的总攻。明军士兵在后方炮火掩护下，扛着铁锹冲到风柜尾城下开始拆墙，一人搬一块砖就算完成任务。就这么蚂蚁搬家似的搬，搬到七月十一日，终于把城墙搬塌了，明军蜂拥而入。
荷兰人确实也顶不住了，在人家的地盘上被人围着打了大半年，虽然说不上弹尽粮绝，但精神已经到了崩溃的边缘。现在被明军破墙而入，荷兰人稍做抵抗就全军崩溃了。明军一举收复澎湖，生擒荷兰守将高文律。
南居益吊着的心到这时才算放下，将高文律与捷报一起押送进京。明熹宗不管三七二十一一道圣旨把俘虏全砍了脑袋，还传首九边昭告天下：“跟我明朝作对是没有好下场的。这不，把脑袋混丢了。”
澎湖之战结束了，虽然打的时间比较长，但是两边伤亡都不大。荷兰人这边，据明军统计伤亡加被俘一共才一百多人，主要是明军一攻上城头，荷兰人就投降了，没有发生很激烈的肉搏战。从规模上来说，至多算个小型战役，但它的意义非常深远。
此战让明朝政府充分认识到了武器的重要性，正如《东西洋考》所言：“或谓和兰长技，惟舟与铳耳。”就是说荷兰人没什么了不起，唯一厉害的就是战船和火枪。当时荷兰人使用的火铳威力确实远超明朝军队，甚至已经具备自动退镗的功能，大大提高了射速。你这边打一枪，人家那边两枪都打完了。此战之后，明朝开始有计划地购买和仿制所谓红夷大炮。
结局看起来还是圆满的，但荷兰人就像围着羊群的狼，在殖民贸易的巨大利益面前，澎湖的失败只是小小的挫折，他们转而将目光放到了台湾本岛。明天启四年（1624年）底，荷兰人在台湾本岛登陆，从此开始了对台湾长达三十八年的殖民统治。