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乡试结束后，阳明又去登了泰山，观了东海，忽而与天地交融、心骛八极，忽而突发悲音。
弘治十七年（1504年），九月，王阳明被转任为兵部武选清吏司主事，从六品。负责选拔武官的考试，回京师赴任。吏部管文官，兵部管武官。武官的总额又比文官大得多。武选司，是兵部第一司，掌管武官的选升、袭替、功赏之事，相当于兵部中的吏部。
当时的学者都沉溺于辞章记诵之学，而不知身心修行之学为何物。王阳明感到了培养学生的重要于是开始讲学，希望借此启迪大家的心智，使他们树立圣人之志。
弘治十八年（1505年），34岁的王阳明便开门授徒了。他教徒弟什么呢？身心之学！
他开门授徒不是因为自己多么高明，而是世风及士风已经变成这样了，再不讲究身心之学，圣学将大面积被遗弃。
寻找师友是为了建立起与之抗衡的“道场”，他本人的切身体会是，师友之道直接作用于知情意，能直接获得有血有肉的生命感动，能找到一种从书本中找不到的“感觉”。他从青年起就一直在遍访师友，寻觅知音，自感“受用”大于闭门读书。
阳明与甘泉的相遇无论如何是一个“事件”，对于明代的思想界来说是件了不起的事情，对于阳明本人的思想发展也是件了不起的事情。
王阳明34岁，湛甘泉40岁，两人一见定交。当时的湛甘泉和王阳明一样，也是痛感记诵辞章之学之弊，于是专心致力于“身心之学”。因此二人一见如故，意气相投，共同致力于复兴圣学。王阳明与湛甘泉的会面，再一次唤醒了阳明的“战斗力”。
王阳明和湛甘泉都求自得，但方法不同。湛主“体认天理”，王主“默坐澄心”。他们的共同目标是：从已成了口耳之学的八股化了的朱子理学中突围出来，另创一种究心性命的身心之学。
孔夫子办学的特点是造成一种“场”，让学生们去“如切如磋，如琢如磨”，他本人的启发点拨只是引路。阳明和湛甘泉都非常认可夫子之道。
弘治十八年（1505年）五月，明孝宗驾崩，太子朱厚照即位，庙号武宗。翌年，改年号为正德。
换了皇帝了，静养身心之学的大气候一去不复返了，阳明也有机会从边缘走向中心了——不是受重用的中心，而是受迫害的中心。
他以后的历程，内需要超越自己的英雄心性，外需要超越做奴才的命运，这两条汇集成一个现实的选择：就是最好退隐山林，躲开官场这个漩涡。还有一条更难也更有意义的路，就是完成精神飞跃，从英雄变成圣雄。
正德皇帝刚即位时，阳明得到了一方珍贵的五星砚，喜滋滋地感觉朝廷更化、五气顺布，写了《五星砚铭》：“化育纲纪，无不惟五。石蕴五星，上应天数。”他觉得在前朝庸碌，在新王更始的国运中会一展身手呢。
这一年，他大论书法、学画山水画、作题画诗，心情舒展。没有料到，正德只信用东宫陪着他一起玩鹰逗狗的太监，管文体活动的太监刘瑾成了“站着的皇帝”，不到一年，前朝大臣除了李东阳几乎都被罢免了。
极富有主人翁责任感的文官集团自然不肯善罢甘休，北京的言官冲锋在前，谋诛刘瑾等“八党”。
李梦阳是户部主事，王阳明是刑部主事。李梦阳半夜里激动地写了一个意见书，对朝政提出批评，要把宦官打下去，把老臣的威望加重。他把意见书放在袖筒里。那时候没有我们现在的公文袋什么的，东西都“袖着”。
王阳明问李梦阳：“那是啥东西？”
李梦阳说：“没有，没有东西。”
王阳明接着说：“既然写了就拿出来看看。”
然后李梦阳就拿出来了。王阳明和李梦阳他们都是哥们，所以很随便。
李梦阳就说：“你不是会算卦吗？你给我算算，看看我这个上得上不得？上了倒霉我就不上了，要是不倒霉我就上。”
明代有一个特点，文官的一封意见书如果能够得手的话，一下就升上去了。宰相李东阳就是一封意见书，在二十几岁的时候，凭借一封意见书写得龙颜大悦，一下子就提成了阁，入了总理班子。李梦阳骨子里其实是想窜上去的，但他不想倒霉，就叫王阳明给他算一卦。王阳明给他算了一卦，结果其实是不该上的，上了要倒霉。但王阳明说：“没事，上！”从这个事情就可看出王阳明这个人的滑稽来。
于是李梦阳上了书。一开始势头很好，户部尚书签了字。户部尚书领衔，领了这帮不满现状的人开始抗议，往下打刘瑾他们。一看这么多人反对，皇上也答应了说：“好吧，把刘瑾放到南京去。”斗争要讲究艺术，但这帮文人有些过激，不知道见好就收。不同意皇帝的处理，说：“不行，他们罪大恶极必须杀。”这就成了拼死相搏的时候，刘瑾他们就马上开始运作。后来刘瑾就抱住正德的腿哭说：“我整天哄着你玩，给你买鹰驾狗。王越也干过这事，为什么现在只批评我，不批王越。而且王越这是想干什么？他就想用这帮老臣来打压你这个年轻的皇帝，觉得你年轻好欺负，而不是我。我们就是残疾人，不是完整人，是不能入祖坟的。我们有什么好打压的，他们这是针对你的。”宫斗剧就是这样，一帮老臣仗着资格老，仗着治理国家有经验，觉得皇帝年轻好欺负。正德15岁登基，这个时候应该是一个十六七岁左右的年轻人。皇帝听完心想：“也是。这针对我不行，我是皇帝。”于是正德传旨把他们圈起来。然后刘瑾领了人把大城门一关，低头认罪的就放走，不低头认罪就关进大牢，连这个叫王阳明算卦的李梦阳都被逮进去了。
在这种情况下，不用心学、仅凭常识也知道，冲上去是灯蛾扑火。王阳明在兵部，不在言官系统，他可以发声也可以不发声，但是在这种大是大非面前不发声内心不安，发声必倒霉，前车之鉴已豁然在目。但是为了心安不计身累，不违背自己的初心，他上了封《乞宥言官去权奸以彰圣德疏》。
王阳明上的书标得很清楚，就是要“乞宥言官”。后来他的徒弟发觉这个不够革命，给他打了个“去权奸”“乞宥言官去权奸”。但正文里头没有一句去权奸的，没有一句打倒刘瑾的。王阳明滑得很，根本不去碰那个枪口。他只是说，这个言官拿着国家的俸禄，他就得干提意见的活。你要接受他的意见，就显得你像个明君圣主似的。他如果说得不对，为了鼓励他们谏言的积极性，你也别把他们抓起来。
这个时候别人其实也劝王阳明，说他“灯蛾扑火”。这个时候王阳明就要做选择。明知道是“灯蛾扑火”，也要如愿以偿地去“灯蛾扑火”。有一种爱就叫“灯蛾扑火”，明知道是火也还要去扑。王阳明这个时候的考量是义而非利。要从利上说肯定是百弊无一利。但他就是为了义。在这种大是大非的面前，要没有态度，就不是个人了，所以他就接着上书。当然，也如愿以偿地挨了大板子，在朝堂上当众被脱了裤子打屁股，羞辱更甚于痛苦，他一度昏厥，有的记载说把大腿打折了，有的记载说屁股被打烂了，他那英雄心性使他绝不诉说这方面的痛苦。
对王阳明的处罚算是轻的，因为他没有直接骂权奸。在他前面处理的官员，有好多开除公职的，永不续用的。能保留公职的这个处罚算轻的，但他一个堂堂的刑部主事也被发配到了三千里以外的一个驿站当驿丞。这样的发配属于流放。王阳明在等待处理时还坐了锦衣卫的大狱，最后被上了奸党的名字。这是把王阳明他们这些反革命的刻成碑，叫全世界都看见他们是奸党。真正的奸党把忠臣说成是奸党，还给他们立上碑，让他们永世不得翻身。这种事在中国历史上的历朝历代都有。为皇帝开脱不说皇帝昏庸，就说奸臣当道，忠臣被害。这样庸人执政，精英淘汰，是个逆淘汰的原理。
当刘瑾还是东宫一个只管文体活动的普通太监时就听说过王华的大名。刘瑾在严酷打击文官的同时，也急需树立“投诚”的标兵以分化文官集团。当时也有这种“巧人”，任何时候都有奔走权门的无骨奴才。当时刘瑾几次暗示王华，只要王华去刘的私宅一趟，不但阳明可以平安无事，他父子俩都可以得到升迁。但王华就是不去，而且很高兴地说：“吾子得为忠臣，垂名青史，吾愿足矣！”
只要阳明提笔给刘太监写一封悔过书、效忠信，就会立即被车马迎还，他绝不可能去走那敞开着的狗窦。王阳明入狱后不久，父亲王华即被借故弄到南京去了。貌似平调，其实是贬官。
正德元年（1506年），王阳明35岁，大年夜，他在狱中过年，家人牵挂着狱中的亲人，他也因知道家人的牵挂而“忽惊岁暮还思乡”。打断他乡愁的只有忽然窜上床的狡猾的老鼠。在会稽山下散步，在余姚江中放舟，这普通的家常生活，现在成了他高不可攀的梦想——成了他“做人”的全部代价。要用一句话概括王阳明此时此地的心境，就是后悔。不是后悔上疏营救戴铣他们，而是根本就不该重返仕途！这个世界是他们的，我就不该来参与，现在倒好，想回家当个农夫，也找不到自己的地头了。他奶奶、父亲，还有妻子，都与他人间、地狱般地隔开来。
他要光。但是，光只能从自家身心上找了。
尽管阳明自称自己一生百死千难，但这一难算是落到了底，此前此后的苦难毕竟是在大墙外头。身陷囹圄，当对命运毫无把握充满恐惧感时，谁都想“明白”自己往后的路会走向何方。所以，他此时读了《周易》：“暝坐玩羲《易》，洗心见微奥。”他是个乐观分子，不肯自小，他把自己想象成“拘而演《易》”的周文王，自己也占卦。他的祖上曾以算卦为业，他自幼当习此道。
他记录下来的卦有“《遁》四获我心，《盅》上需自保”。
《遁》，这个卦象是艮下乾上，象征退避。卦中二阴自下而生，阴渐长而阳渐消，小人渐盛，若山之侵天；而君子退避，若天之远山，故名遁。不打皇家工了，想“重返阳明洞”了。他来自遗传的、自幼热心的、一直没放弃的求仙养生情绪，此时大大地释放出来。
狱中有儒门“战友”，他们在大墙之内依然讲学论道，在高明远大的圣道之中，体验到了俗人难以理解的精神愉悦。
学自性出，他后来创造出一个能将“万物皆备于我”，能化一切不利因素为有利因素的心学，这得益于他这种君子友我、小人资我、艰难困苦成我的机智心性。他晚年依然主张：“凡遇患难，须要坚忍。譬如烹饪硬物，火到方熟，虽圣人遇事亦如此。”
在监狱中，给王阳明带来了“临界状态”的体验，他体验到了“孤独个体”那种无所依傍的深渊感。于深悲大戚之中，在天地之间，除了自己这颗心，除了靠“心之力”，还有什么力量能伸进大墙来支撑自己？他深切地感受到：“道器不可离，二之即非性。”道器不离也好，道术一体也好，思辨起来并不难，难的是身体力行、知行合一，任何“纸上谈兵”都无济于事。须得把心力炼成本能，才能“随机应变”又无往不合大道。
无欲见真体，是佛门路数；忘助皆非功，是孟子的方法。忘，是故意去寻找无念头状态；助，是人为地来“拔苗助长”。阳明区别于其后徒的一个标志性的特点是，王始终坚持“事上练”，必须从现状出发，必须有能力处理具体问题。在事上练，是不二法门，追求的是事理圆融，在做事中体悟其形而上的大道至理，既不能在做事中遗忘了意义，也不能体悟玄虚反对做事、不会做事。
阳明现在面临的问题是：怎样既反对流行的那一套又要与它们并不“我死你活”地矛盾下去？如何在险象环生的逆境中“重新开局”？儒家那固有的“智慧”经过长时间无智慧的解释，已经退化为专供口说的现成“道理”。他暂时还没有最后悟透，但已种下了“觉悟”的种子，这种子就是他后来常说的“虚灵不昧”。等他到荒无人烟的龙场继续坐宇宙监狱时，“种子”终于开花结果。
任何艰难困苦对于志在成圣成雄的人来说都只是培训进修，这次培训使阳明看清了绞肉机的本质，血的教训使他明白必须“道术一体”才能有效地“行道”。
行道有两大方式：一是通过国家，即得君行道；一是通过社会，即觉世行道。王阳明得君行道的路暂时堵死了。