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元灭南宋以后，政治中心北迁大都（今北京）。在“去江南极远，而百司庶府之繁，卫士编民之众，无不仰给于江南”
的形势下，元王朝亟须建设一条自江南中经淮扬直通京城的运河。
从交通形势上看，在元世祖忽必烈建立元王朝以前，大一统的政治中心主要建在黄河流域，兴修运河及漕运主要为政治中心长安、洛阳、汴梁等服务，因此没有一条现成的自江南经江淮直通大都的运河。在这中间，如果元王朝绕道黄河流域及利用旧运河进行漕运的话，那么，将会提高运输成本。史称：“初，伯颜平江南时，尝命张瑄、朱清等，以宋库藏图籍，自崇明州从海道载入京师。而运粮则自浙西涉江入淮，由黄河逆水至中滦旱站，陆运至淇门，入御河，以达于京。”
在没有一条现成的经济的漕运通道的前提下，元王朝被迫采取漕转即水陆联运之策，即租米赋税自江南或江淮起运，经江淮运河即邗沟至清口，随后沿黄河夺泗后的水道北上，至黄河北岸的中滦（在今封丘南）改为陆运，陆运180里至淇门（今河南浚县西南）后转入御河，北行抵通州（今北京通州）后，再陆运至大都。
以中滦为中转站的漕转线路开通后，其运输成本依旧高昂，因此，元代统治者决定实施海运。史称：“至元十九年，伯颜追忆海道载宋图籍之事，以为海运可行，于是请于朝廷，命上海总管罗璧、朱清、张瑄等，造平底海船六十艘，运粮四万六千余石，从海道至京师。然创行海洋，沿山求岙，风信失时，明年始至直沽。”
然而，海漕带来的风险远超过内河漕运，具体地讲，一是海运受季风等制约，漕船不能随时起运；二是如果不熟悉洋流及水文的话，很容易发生船毁人亡的事件。除此之外，漕船自直沽（今天津）北上入京，有200多里的路程，如果统统采取陆运，付出的运输成本依旧是高昂的。
元王朝建都大都以后，因旧有的运河无法适应漕运方面的需要，故采取海运之策。当时的海运形势是，东南及江淮各路的赋税及钱粮至末口入淮，经云梯关（淮河入海口，在今江苏响水黄圩云梯村境内）入海北上。
海运虽可降低成本，但风险太大，因此有了兴修运河的构想。兴修运河的想法始于至元十二年（1275年），如有“先于至元十二年，蒙丞相伯颜访问自江淮达大都河道，之贞乃言，宋、金以来，汶、泗相通河道，郭都水按视，可以通漕”
之说，明确地表达了建立从江淮到大都的航线的意图。为打通自山东北上的航线，伯颜令郭守敬勘察了河北、山东境内的水文及通航情况。经勘察，郭守敬认为，通过建设“可以通漕”，并献航运图。史称：“丞相伯颜南征，议立水站，命守敬行视河北、山东可通舟者，为图奏之。”
伯颜“访问自江淮达大都河道”是运河建设中的大事。在马之贞和郭守敬的积极参与下，元代运河建设由此形成京畿和山东两个重点建设区域。如果没有这一前提的话，那么将很难出现郭守敬重修通惠河及马之贞等致力于山东境内运河建设的局面。如果不能重开通惠河及建成山东境内的运河即会通河的话，那么将很难开通京杭大运河。
根据这些情况，元王朝决定兴修适应新形势的运河。这一时期，元代兴修运河主要有三大工程，一是改造旧运道，实现唐宋运河的东移；二是开挖新运道，分段兴修，如重点兴修了直沽到京城的通惠河等，兴修了山东境内的济州漕渠等关键性工程；三是以黄河夺泗后的水道为运道，重点建设自山东连通至淮扬的运道。经过一番努力，元王朝开通了为大都漕运服务的新运河，由于这条运河以京城为起点，以杭州为终点，故以“京杭大运河”名之，或以“大运河”名之。
三大工程建成后，元王朝打通了自京城至杭州的航线。然而，利用黄河夺泗水道行运虽然可以消除兴修之苦，但同样面临巨大的挑战，如黄河泥沙淤积运道，带来的后果是，上流困于溃决，下流河床日益垫高，航道干浅后直接影响到漕运。此外，自山东至淮扬的运程长达500多里，徐州一带有百步洪（徐州洪）、吕梁洪等天险，因水流湍急，漕船行经二洪时稍不留意便会发生覆舟事件。如顾祖禹记载道：“水中若有限石，悬流迅急，乱石激涛，凡数里始静。一名徐州洪。或曰洪有乱石峭立，凡百余步，故曰百步洪。……有上下二洪，相距凡七里，巨石齿列，波流汹涌。《列子》称：‘孔子观于吕梁，悬水三十仞，流沫四十里。’《水经注》：‘泗水自彭城东南过吕县南，水上有石梁，谓之吕梁。’”
百步洪及吕梁洪一向是漕运瓶颈，这一情况早在北宋以前已经发生。如苏轼曾描述道：“长洪斗落生跳波，轻舟南下如投梭。水师绝叫凫雁起，乱石一线争磋磨。有如兔走鹰隼落，骏马下注千丈坡。断弦离柱箭脱手，飞电过隙珠翻荷。四山眩转风掠耳，但见流沫生千涡。险中得乐虽一快，何异水伯夸秋河。我生乘化日夜逝，坐觉一念逾新罗。纷纷争夺醉梦里，岂信荆棘埋铜驼。觉来俯仰失千劫，回视此水殊委蛇。君看岸边苍石上，古来篙眼如蜂窠。”
作为漕运通道上的拦路虎，百步洪、吕梁洪等增加了漕运难度。进而言之，开通大运河只是建立了通往京城的航线，但漕运能力有限。由此提出的问题是，要想彻底解决漕运中的难题，只能留给后世，如入明以后，为避开二洪之险，在徐州一带采取了开凿泇河之策，形成了“运道之资河者二百六十里”
的航程，在这中间，这一航段的漕运条件虽得到改善，但借黄行运的格局没有发生根本性的变化。
元代的淮扬运河有“扬州运河”“盐河”等称，元代的扬州运河除了包括邗沟及江淮运盐河外，还包括从清口到徐州的黄河水道。史称：“扬州运河，亦名盐河，北至三汊口，达于会通河。至元二十七年，江淮行省奏加疏浚。”
元代的扬州运河以扬州为起点，至三汊口（三汊口闸，在江苏徐州境内），与山东境内的会通河相接。这一运河主要由两个部分构成，一是宋代的扬州运河，以邗沟为主航道联系各盐场的江淮运河；二是元代利用泗水旧道即黄河侵占的水道兴修的运河，这一水道主要利用了从徐州到淮阴清口（在今江苏淮阴码头镇）的泗水水道。
元代疏浚扬州运河即“浚扬州漕河”
始于元世祖至元二十一年（1284年）二月，是从整治宋代扬州运河开始的，也就是说，是从征榷淮盐开始的。史称：“运河在扬州之北，宋时尝设军疏涤，世祖取宋之后，河渐壅塞。至元末年，江淮行省尝以为言，虽有旨浚治，有司奉行，未见实效。”
至元十三年（1276年），元世祖灭宋，江淮间的扬州运河已出现“河渐壅塞”的情况，后来虽进行多次治理，但没能收到预期效果。如尹继善等在前代文献的基础上重修《江南通志》时记载道：“元至元二十一年二月辛巳，浚扬州漕河。……大德四年春正月癸卯，浚淮东漕渠。十年，浚吴淞江等处漕河，又浚真扬等州漕河，令盐商每引输钞二贯，以为佣工之费。延祐元年，遣官浚扬州、淮安等处漕河。四年，复浚扬州运河。……泰定元年，真州珠金沙河、松江府吴江、州诸河淤塞，诏所在有司佣民丁浚之。”
这一记载大体上道出了元代统治者治理扬州运河的情况，从“延祐元年，遣官浚扬州、淮安等处漕河”等语中不难发现，如何恢复淮扬之间的航线一直是元代统治者关注的重点。
元王朝整治扬州运河，采取了局部整治和全程整治相结合的措施。所谓局部整治，是指根据不同航段的通航情况进行有针对性的疏浚，其中，邗沟为重点整治的航道。如元成宗大德十一年（1307年）“两淮漕河淤涩，官议疏浚”
，这里所说的“两淮漕河”是指邗沟，即从淮阴到扬州之间的运道。
所谓全程整治，是指以三汊口为起点对扬州运河进行全面整治。具体地讲，继至元二十一年（1284年）二月以后，元仁宗延祐年间，拉开了全面整治扬州运河的序幕。如有“延祐元年遣官浚扬州、淮安等处漕河，四年复浚扬州运河”
之说，又有延祐四年（1317）十一月“复浚扬州运河”
之说，所谓“复浚”是指再次疏浚。在整治扬州运河的过程中，邗沟即从淮安到扬州及到两淮各大盐场的运道，依旧是重点整治对象。
扬州运河全程疏浚工程是以局部疏浚为前提的。史称：“仁宗延祐四年十一月，两淮运司言：‘盐课甚重，运河浅涩无源，止仰天雨，请加修治。’明年二月，中书移文河南省，选官洎运司有司官相视，会计工程费用。于是河南行省委都事张奉政及淮东道宣慰司官、运司官，会州县仓场官，遍历巡视集议：河长二千三百五十里，有司差濒河有田之家，顾倩丁夫，开修一千八百六十九里；仓场盐司不妨办课，协济有司，开修四百八十二里。”
如果以延祐元年（1314年）为整治扬州运河起点的话，那么，延祐四年十一月和五年二月解决“运河浅涩无源”等问题，则标志着扬州运河进入全程治理的新阶段。
元代称扬州运河“河长二千三百五十里”，疏浚的运道主要分成两个部分，一是“顾倩丁夫，开修一千八百六十九里”；二是“仓场盐司不妨办课，协济有司，开修四百八十二里”。后一部分因盐司“协济有司”，可知482里的航道实际上是为了方便运盐兴修的运盐河（盐河）。除去盐河，当知“开修一千八百六十九里”实为兴修京杭大运河徐州以南的运道，其中，江淮之间的运道是重点。这一运河南起扬州，“北至三汊口，达于会通河”，几乎接近整个京杭大运河一半的航程。如果把482里的运盐河也视为京杭大运河的一部分的话，那么，扬州运河占京杭大运河总航程的一半以上。这一数字表明，疏浚扬州运河对于开通京杭大运河有着特殊的意义。
与元代的扬州运河相比，明代的扬州运河缩短了500多里的航程。潘季驯指出：“至若宝应石堤之当复，与夫下流支河之当疏，扬州运河之当浚，皆今时之切务，所宜次第，并举而不可缓者也，但前项工程自丰沛徐淮以至海口共长千有余里，自清江浦以至仪真共长三百余里。”
在起点和终点不变的情况下，明代的扬州运河缩短500多里的航程，是因为明代重修时采取了裁弯取直的方案。
元代的扬州运河是京杭大运河最长的航段，包括了唐宋时期的汴河部分航段。那么，元代为什么要将跨越淮南、淮北的运河统称为“扬州运河”，并且把运盐河也纳入其中呢？究其原因，一是唐宋以后盐业中心移向以扬州、楚州为中心的淮扬，扬州成为集散和征收盐税的重地。二是扬州是江淮运河的起点，是东南漕运的要枢，为此，需要重点经营。如至元二十三年（1286年），在忙兀台的建议下，江浙行省的治所曾一度移往扬州。史称：“又言：‘省治在杭州，其两淮、江东财赋军实，既南输至杭，复自杭北输京城，往返劳顿不便，请移省治于扬州。’复言：‘淮东近地，宜置屯田，岁入粮以给军，所余饷京师。’帝悉从其言。二十五年，诏江淮管内，并听忙兀台节制。”
移治以后，进一步彰显了扬州在区域政治中的核心地位。三是历史上的扬州区域与徐州相接，以“扬州”命名江淮之间的运河，系因旧地名所致。四是京杭大运河开通后，加快了商品流通的速度，扬州因交通地理上的优势进一步提升了经济地位。鉴于这一系列的原因，元代以“扬州运河”命名这一航段自然在情理之中。