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淮河下游的考古发掘始于1951年。是年，华东文物工作队在北距古淮河4公里的青莲岗进行了发掘。该文化遗址位于淮安市淮安区城东北35公里的宋集乡青莲村境内。时至1958年，南京博物院一共进行了四次调查和一次试掘，并于1956年将其命名为“青莲岗文化”。与此同时，研究者将处于淮河下游的连云港二涧村、大村、灌云大伊山等遗址视为同一类的文化遗存
。此后，又在南通境内发现了海安青墩文化等，属于青莲岗文化，这里就不再一一列举。
这里仅以青莲村的发掘为例。该文化遗址出土了大量的陶器、石斧、石凿、石锛等，有供耕种使用的石犁、供收割使用的石镰、供加工稻谷使用的石盘等，有炭化籼稻及集中放置的猪下颌骨、牛牙床、鹿角和骨刺鱼镖、陶网坠等
。这些农业生产工具及器物、炭化籼稻、动物遗骨等出土表明，种植籼稻在青莲岗人的经济生活中已占有十分重要的地位。此外，渔猎依旧是青莲岗人谋取生活资料的重要手段。如有学者指出：青莲岗文化是“距今约6000至7000年淮河下游新石器时代早期文化代表，其社会发展处于母系氏族社会时期。它的发现，使得东南沿海地区的原始文化，同中原黄河流域的诸原始文化在地域上连成一片，形成了我国新石器时代文化的完整体系”
。青莲岗文化在反映了人类在淮河下游活动的同时，留下了新石器早期人类在淮扬区域活动的文化印记。
继青莲岗文化遗址发掘后，1993—1995年淮扬区域再次进行了大规模的考古发掘。在南京博物院考古所的主持下共进行了四次，从而揭开了龙虬庄文化遗址的神秘面纱
。龙虬庄文化遗址位于扬州高邮一沟乡龙虬庄村北，距离高邮市区约9公里，这里地势十分平坦，四周环水，海拔只有2.4米，总面积4.3万平方米。经过发掘，遗址清理出房址4处，灰坑35个，墓葬402座，出土石器、陶器、骨角器、玉器等2000多件，有斧、锛、刀、锄、纺轮、砺石等石质用具，有用动物角及骨骸制成的角锄、骨镞、骨筷、骨针、骨锥、骨坠、骨环等骨质用具，有供日常生活使用的陶器，有装饰功能的管、环、璜、坠等玉器，器具形态各异，且制作精良。特别值得一提的是，出土的猪形陶罐系列工艺制作水平远超现代工艺，可谓栩栩如生。
从层位关系、器物形态特征和组合及文化构成等方面看，龙虬庄的文化遗存大致可分为连续发展的三期。具体地讲，距今约6600—6300年为第一期，距今6300—5500年为第二期，距今5500—5000年为第三期。从出土哺乳动物（如家猪、家犬、麋鹿、獐、梅花鹿等）和水生动物（如龟、鳖、鲤鱼、青鱼、丽蚌、裂齿蚌、田螺等）的残骸及炭化稻米和文化堆积层水稻植物蛋白石的分析中可知，龙虬庄人主要生活在芦苇丛生、水草茂盛、河湖密布的湿地，“经济形态主要有采集、渔猎和农业经济。……文化遗存的第一期中，采集和渔猎经济占有一定的比例，原始稻作农业已起步；到第二期，尤其是后段，原始农业呈快速上升的趋势，采集经济则急剧下降”
。特别值得注意的是，遗址中发现了4000多粒6600—5000年之间的碳化稻米，这表明龙虬庄人完成了水稻从野生型到栽培型的转化，稻种已从原始栽培稻转变为人工种植的栽培稻——粳稻。应该说，这一发现对进一步探索淮扬区域的史前文化，研究淮扬区域的古生态环境、稻作农业的起源和发展均具有重要意义。
龙虬庄遗址的文化遗存十分丰富，这些对于我们进一步梳理江淮东部地区的原始文化具有重大的学术价值。如高鸣先生论述道：“龙虬庄遗址的发掘，确认了在距今7000—5000年前江淮东部地区存在着一支文化风格独特、特征稳定、序列完整的原始文化，它既不同于淮北的北辛文化和大汶口文化，也不同于江南的马家浜文化和崧泽文化，从而填补了这一地区新石器时代早期古文化遗址的空白。这一发现不仅解决了50年代青莲岗文化提出后在分布地域、内涵特点等问题上的争议，而且对进一步探索江淮地区的史前文化，研究这一地区的古生态环境，海岸线变迁，推动苏、鲁、豫、皖考古研究的发展均具有重要意义。”
此外，海安青墩遗址也是淮扬区域重要的新石器时代文化遗址，其墓葬的葬式、头向、葬俗均和龙虬庄遗址相同，出土的石器、陶器、骨角器及玉器等也与龙虬庄有共同的特征，从文化总体面貌来看，青墩遗址与龙虬庄遗址具有一致性，二者属于同一种考古学文化。总之，青莲岗和龙虬庄文化遗址是淮扬文化的早期代表，体现出淮扬文化兼容南北的文化内涵和过渡性特征，淮扬区域作为中国沿海文化与内陆文化、长江文化与黄河文化交流的走廊，为史前文化的交融汇聚发挥了重要作用。进而言之，青莲岗和龙虬庄文化遗址可在一定程度上揭示淮扬文化在中华文明演进历程中的价值和地位。
新石器时期的青莲岗和龙虬庄是淮扬区域最有代表性的文化遗址。尽管20世纪50年代没有对青莲岗文化遗址进行深入细致的考古发掘，但出土的文物可证明，这一文化遗址有着独立存在的价值和不可替代性。青莲岗和龙虬庄文化遗址均在淮河下游，两者地域相邻，在地理环境、生活生产、文化内涵诸方面均具有极强的一致性。从自然地理环境看，青莲岗遗址和龙虬庄遗址均处于地势低平、湖沼密布、气候温暖湿润的淮河下游，十分适合人类的生产生活。从经济生活看，采集、渔猎和稻作农业是其共同的经济基础，尤其是稻作农业在龙虬庄文化遗存的二期、三期已经相当发达，完成了由原始野生稻向人工栽培稻的转变
。从器物形态特征及组合特点看，二者也极为相似，如陶器制作有夹砂红陶和泥质红陶，器形有釜、鼎、罐、豆、壶、钵、杯、盆、盘等生活用品，陶器纹饰有水波纹、八卦纹、鱼网纹等，同时还有石器、骨角器、陶器等生产工具及装饰品，可见青莲岗遗址和龙虬庄遗址文化面貌基本一致，同时又各具特色，具有完整的文化序列和稳定的文化特征，两者之间有内在的联系。
淮河文明在发展的过程中呈现出线性的特点，水路串联起上游与中下游间的联系。如青莲岗和龙虬庄文化遗址与淮河中游的贾湖文化遗址有着某种内在的联系。贾湖遗址是20世纪60年代在河南省舞阳县北舞渡镇西南贾湖村发掘的新石器早期的文化遗存。经过七次发掘，考古工作者清理出房址53座、陶窑11座、墓葬445座，出土陶、石、骨等及文物标本5000多件，这些发现为研究中华民族滥觞期的文字、音乐、种植、酿造等提供了不可多得的证据。如从陶器中的酒石酸中可知，贾湖的先民已能生产酒，表明人类饮酒已有近9000年的历史
，也为了解淮河流域的社会生产、生活方式、文化活动、宗教习俗等提供了帮助。总之，贾湖遗址作为淮河流域新石器早期的文化遗存，与黄河、长江同时期的文化遗存有着不同的文化特点，透过它，完全可以建立淮河文明与黄河、长江文明的关系。
撇开契刻在约8000多年前龟甲上的符号有可能是中国最早文字的情况不论，撇开可演奏七音的骨笛不论，淮河颍水之滨的贾湖文化遗址有明显的向淮河下游辐射的痕迹。在自然环境方面，贾湖、青莲岗和龙虬庄等三个文化遗址的纬度大致相当且地域相连，它们均出土了大量的陆生动物、鸟类和水生动物遗骸，如斑鹿、麋、獐、麂、家猪、猪獾、牛、狗、鹤、雁、雉、龟、鳖、扬子鳄、鲤鱼、青鱼、草鱼、丽蚌、矛蚌、珠蚌、楔蚌、篮蚬、中华圆田螺等；在陶制方面，三个文化遗址的器物均以夹砂和泥质红陶为主；在炊具方面，三个文化遗址均以鼎为主要的炊器；在经济生活方面，贾湖和龙虬庄等均发现了稻作物遗存，如从炭化稻米及稻壳中可以发现，早在8000年前，生活在淮河流域的先民已脱离了原始农业，进入了稻米种植阶段。这一情况表明，稻米很有可能是生活在淮河流域的先民率先培育的；在墓葬方面，贾湖和龙虬庄墓葬的排列方式非常相似，均以连续而密集的墓葬方式排列。具体地讲，葬式上的一次葬与二次葬的合葬现象、摆放式二次葬现象、多人一次合葬现象等有相似性。此外，贾湖和龙虬庄文化遗址还出土了一些契刻符号，两者有一定的重复率。贾湖文化遗址出土的陶器上刻有太阳纹，似表明已有原始宗教意识。龙虬庄遗址出土的陶片刻符，不仅可与安阳殷墟甲骨文媲美，而且书写流畅，书面排列规律性强。尽管现在还无法解读其中的含义，但这些刻符完整地记录当时的一件事情是完全有可能的。根据这些情况，张居中先生论述道：“在贾湖文化晚期，其居民因某种原因，其中一支沿淮河东下，进行同纬度迁徙，后与当地土著居民融合，创造了侯家寨文化和大汶口文化的大墩子类型，并影响了整个大汶口文化和淮河中下游地区，故可认为江淮东部的原始文化来源于贾湖文化，其稻作农业亦应源自贾湖文化。”
由此可以推论，淮扬区域的青莲岗文化和龙虬庄文化是在接受贾湖文化辐射的过程中形成的。进而言之，淮河是中华文化的重要策源地，在淮河文明的辐射下，淮扬区域文化的特点逐步显示出来，并形成富有个性特征的区域文化。