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自1905年废科举以后，科举制长期被人们误解，以至于“科举”成为一个让人看到就想到束缚、压抑人性之意的字眼，长期以来都是人们所批判、所不齿，甚至所痛恨的对象。民国时期就有不少人认为科举制虽然已废，但是流毒很深，甚至直接有“科举毒”的说法。1923年出版的《半月》杂志第2卷第10期刊出了“科举毒之纪念物”，内容是一组四张南京江南贡院的照片。还有人认为科举制毒害了中国读书人，毒害了整个民族的精神和文化，流毒无穷。
过去，在多数中国人的印象中，科举是一种只会造就腐儒的没落的取士制度，人们甚至认为“祸国殃民的科举制”严重地禁锢了整个民族的创造思想和创新精神，是阻碍中华民族进步的罪魁祸首，是过去中国腐败落后的重要根源，
因此当然要彻底否定科举制。1960年吴晗在《明代科举情况和绅士特权》一文中说：“明清两代五六百年间的科举制度，在中国文化、学术发展的历史上作了大孽，束缚了人们的聪明才智，阻碍了科学的发展，压制了思想，使人脱离实际，脱离生产，专读死书，专学八股，专写空话，害尽了人，也害死了人，罪状数不完，也说不完。”
废科举后的一百多年，大体上可以说是将科举制妖魔化的时代。由于已经形成了思维定式，许多人对科举的认识遵行这样的逻辑：因为科举制很坏，所以科举制才会被废；因为科举制被废，所以科举制肯定很坏。甚至到20世纪末，在1998年华侨出版社出版的一套《黑二十四史》中，第5卷包括缠足史、游戏史、宦官史、科举史、酷刑史、盗墓史。将科举与缠足、宦官、酷刑、盗墓摆在一块，可见科举制度有多么黑暗。
其实，科举制是一个长期被误解的制度，“科举”则是一个被丑化的名词，一个被污名化的词语。过去多数中国人所知道的科举，主要是由教科书构建，批判、否定占据着绝对的主导地位。经过废科举后几十年的颠覆和灌输，主流的话语已经是“科举是恶制”。在政治左右学术的极左年代，人们对帝制时代的许多方面都加以批判，而“文化大革命”中的科举批判观却与清朝末年出奇得一致，而且，对科举的批判激烈程度还变本加厉，以至登峰造极，把科举批得一无是处。在对科举的一片责骂声中，情绪淹没了理智，成见代替了判断。然而在彻底否定“文革”多年后，一些人对科举的印象还停留在清朝末年或“文革”时期，以为科举是一种坏得透顶的制度，现代各种考试也都生怕被人说成是“新科举”。
因为科举在许多人心目中已是恶名，当代中国人要说某一种考试或机制不好时，说其“变成了科举”便是很重的批评。人们对“科举”一词避之唯恐不及，即使有人不再将“进士”和“举人”视为贬义词，偶尔比附一下，也多会遭到激烈的抨击。例如，2003年8月，北京西南部门头沟区灵水村举办“举人节”（又称“举人‘金榜’文化节”），试图通过此活动募集资金修缮已经濒临坍塌的大量珍贵古建筑，结果招来许多媒体的冷嘲热讽。2004年夏，北京安定门街道与中国人民大学人文奥运研究中心合作，准备将1978年以来各省的高考状元大名刻录成碑，立在北京孔庙中，与198块元、明、清三代进士碑比肩而立。此事经媒体报道后引起轩然大波，有的人认为这是足可诧异的奇事，认为“不要看科举制度废除了百年，但科举之历史幽魂，借得高考制度的皮囊，继续缠绕在国人的心头”；“百年之后科举精神又借尸还魂，木乃伊归来了”。
在激烈的批判声中，该计划当然只好作罢。由此，可见“科举”一词的杀伤力之一斑。
虽然经过2005年中国“科举百年祭”为科举制平反的洗礼，许多原来对科举有误解的中国人已逐渐改变了对科举的偏见，但科举在当代中国人的印象中呈现一种光怪陆离的感觉。在历史学界、考试管理界和考试研究界，学者们对“科举”的看法已趋于中性，甚至部分人还偏向于褒义。但在一些人看来，“科举”仍然是一个负面的名词，科举制是一种腐朽落后的制度。
举一个最新的例子。为积极践行“两岸一家亲”理念，北京市台湾同胞联谊会（以下简称“台联”）在“科举制度在台湾”学术研讨会和赴岛内高校巡展连续举办多次的基础上，于2018年8月组织了首次“台湾学子重走科举路研习营”活动。活动由全国台联指导，北京市台联策划，会同江苏省台联、福建省台联、福州市台联、厦门市台联共同主办。2018年8月20日，活动举办开营式，笔者应邀在开营仪式上向参加研习营的台湾部分大学师生和在京青年台胞大学生及相关单位嘉宾50余人作了题为《全面认识科举制》的专题报告。在活动期间，研习营的营员们以“士子”身份，沿清代台湾士子参加乡试、会试、殿试的科举之路开展交流活动，在厦门、泉州、福州、南京、北京等地寻访台湾士子走过的路，实景体验在清代科举考棚内进行考试的场景；此外，研习过程中还举办三次“科举考试”，考试成绩将最终决定营员们能否“学而优则仕”，最终成绩优秀者将会收到“捷报”。两岸台湾学子通过此次活动，深入了解了科举制度的历史，亲身感受到了台湾士子当年进京赶考的艰辛历程。由于该活动成效很好，之后于2019年7月举办了第二届、2023年9月举办了第三届“台湾学子重走科举路研习营”。2024年7月，北京市台联、天津市台联共同举办了“2024年台湾学子重走科举路研习营（京津冀专题）”。此次活动本来还要邀请另外一个省的台联一起主办，但该省台联向上级领导请示之后，上级说“科举是封建流毒，不宜参加”，因此作罢。仅此一事，便足见在一些人的心目中，科举仍然是很坏的东西。
然而，科举真的有那么可怕和可恶吗？真是坏到透顶吗？过去一些批判科举的论者，怕是连科举制是怎么回事都没有真正弄懂，就匆匆挥笔作文，对科举制大加挞伐。将科举制说成是落后腐朽的封建制度，可以说是20世纪中国文化的最大冤案之一，现在需要回归科举的本真面目。
今人对科举制的偏见，很重要的成因是囿于清末人士对科举制的否定评价。科举时代对科举的批评与当今人们对高考的批评颇为类似。如果只看清末废科举时经过筛选的过激言论和后来的历史教科书，那么科举制的确很坏。如果后人对高考的印象都定格在1966年废高考前后的阶段，那就会形成这样的看法：“现行的升学制度，就是中国封建社会几千年来的旧科举制度的延续，是一种很落后的、很反动的教育制度。”
若只看经选择后的当代关于高考的部分观点或主张废高考派的言论，后人可能会认为所有当代中国人都十分痛恨高考制度，而实际上当今多数中国人还是赞成高考制度的。同样，清末对科举制的批判也往往是以偏概全的，一百多年后的今天，我们对科举的看法应该更为冷静客观。
1905年9月，清廷发布上谕，“停止”科举考试。而随着帝制时代的终结，科举制再也不可能像以往那样重新恢复了，这一停便是永远停止了。在许多人的心目中，科举就是一个坏东西，必欲除之而后快。于是，人们在谈到停罢科举或废止科举时，通常是使用“废除”一词。一个“除”字，便体现出除恶务尽的主观色彩，便体现出认定科举是恶制的观点。2005年，笔者曾应一家著名学术刊物之约撰写一篇关于科举革废的论文，我的文稿中通篇都是使用“废止科举”“停废科举”这种表述，但论文发表出来后，其他都没有更改，就是“废止”“停废”都被改成了“废除”一词。似乎在多数中国人的思维定式中，“废除科举”已经是固定用法，才会出现这种情况。
有关现代人因视科举为恶制而任意裁剪历史的一个典型例子，是对《儒林外史》的态度。《儒林外史》一书确实讽刺批判了一些科举时代的应试现象，不过，只要不是戴着有色眼镜阅读此书，便可以看出此书对科举的态度并不是单纯的批判，其实它对科举也有所肯定。清代《儒林外史》有五十回抄本、五十六回刊本、六十回石印本，而1954年以后人民文学出版社出版的五十五回排印本，却将五十六回本中叙述补授全书中主要人物进士翰林的“幽榜”的最后一回删去，其原因是认为该回的内容与全书“反科举”的中心思想不符。这实际上是先入为主地认定科举不好，将自己的观点强加在古人身上，任意地剪裁历史。因为从第五十五回“添四客述往思来 弹一曲高山流水”的内容来看，它并不是全书的结尾，而第五十六回中的“幽榜”才构成此书完整的结尾，是这部长篇小说不可缺少的一部分。20世纪80年代末以后，大家逐渐意识到此问题，许多新出版的《儒林外史》都将第五十六回重新收录，也就是还原历史真实。