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笈多王朝灭亡后，印度由一位名叫哈什瓦得汗（Harshvardhan）的王室继承人统治，但很快又陷入分崩离析。与此同时，伊斯兰势力入侵了现在的巴基斯坦地区，并建立起穆斯林统治。最终，莫卧儿帝国崛起，在16至18世纪统治印度，在那之后，王朝势力持续衰落。莫卧儿帝国虽然推崇宗教宽容，但偏偏把印度教排除在外，他们不仅焚毁印度教寺庙，而且借律法剥夺印度教人士的参政权。锡克教信徒也遭到迫害，而对莫卧儿政权怀恨在心。
18世纪上半叶，莫卧儿帝国已是西风残照，而后又遭阿夫沙尔王朝君主纳迪尔沙（Nadir Shah，彼时亦是伊朗君主）重挫，更是雪上加霜。他统领的伊朗大军大肆抢掠物资，使印度陷入一片狼藉。莫卧儿帝国的残余领地后被马拉地人占领。
与此同时，自18世纪中期开始，英国在印度的势力一直有增无减，先是成立了东印度公司，而后建立起印度帝国。直到1947年，印度才摆脱了英国的殖民统治，实现国家独立。而尽管佛教、伊斯兰教和锡克教等其他宗教在这片土地上拥有众多信徒，但印度教始终是印度次大陆上的主流宗教。
印度的历史亦是印度教的历史。古代印度神话记载了大量亦真亦假的政治事件，有些甚至是被扭曲了的，但这种俗世的“历史”仍为后人一窥现代印度教的形成过程提供了难得的资料来源。