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从乌镇医派医家的学术思想和临证特色看，主要精于内科，兼顾妇科和儿科等，用药介于“伤寒学派”与“温病学派”之间，既善于温热病的治疗，重视利湿、清热，用药轻灵，也善于内科杂病的调理，经方、时方并用，亦无门户之见。系统考察乌镇医家临证医案，可以得出一些共同学术特色。
治疗温热病法宗叶天士、薛生白，擅用卫气营血辨证，结合六经、三焦辨证，用药轻灵，善用凉润。在张千里的医案中更加明显，如以西洋参、麦冬、沙参、石斛通养胃阴，实是法师叶氏。但其治时令病，虽以《温热论》为依据，但处方选药又不尽相同，而是择善而施，有所变通。孔广福、陆质夫皆是推崇吴门叶氏，而自成名家的。张艺城精内、妇诸科，尤长温热病治疗，亦以叶、薛为宗。
在内伤杂病的诊疗方面，乌镇医派医家继承张仲景、李东垣、朱丹溪等学术思想，临证重视脾肾。从逸舲的医案里，可见他得力于仲景学说甚多，屡用经方化裁，论治重视先后天之本。张千里论治“孙宫保肿胀案”更是反复强调胃气的重要性，主张即停草泽峻利药物，以粥糜自养，以待胃气来复。
乌镇医派对于体质学说研究较深，并有效指导临床治疗。特别是僧逸舲的医案中就有“木火体质”“体质甚薄”“先天赋薄”“是禀赋气虚而痰湿偏盛也”“阴虚之体，最忌遇夏，是不耐热逼也”等有关体质的论述。共出现木火、湿热、阴虚、阳虚、气虚、痰湿六种体质类型，对体质学说可谓深有研究，故其论治也常结合体质而进行，疗效卓著。陆质夫以一味紫河车粉挽沈孩之“白面厝”，即辨体论治的典范。