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吴瑞，字符瑞，又字瑞卿，元代医学家，元天历年间（1328—1330年）为海宁医学教授。1329年，撰《日用本草》，刊行于元至正三年（1343年），李时珍撰写的《本草纲目》引用该著作内容近百次。
《日用本草》共收载日用药食540种，分为8类，依次为诸水类13种、五谷类32种、五畜类152种、诸禽类64种、虫鱼类66种、五果类98种、五菜类81种、五味类34种。每药后简述其性味、功效等，并加入个人治疗经验。“白豆，味甘性平，无毒，豆叶利五脏下气，嫩者可作菜，食主补五脏益中，助十二经脉调中，暖肠胃，杀鬼气。”“杨梅，有红、紫、白三色，会稽杨梅为天下之奇。味甘酸无毒，熟热微毒。多食损齿及筋骨，发疮致痰。忌生葱。干亦可作糖梅，主去痰止呕哆，消食下酒，止吐酒恶心，和五脏，除烦愤。烧灰服之止痢。”
吴氏书中有“察脏腑气候宜忌服食诀”。包括“四时调神所宜”“四季末一十八日皆主脾旺”“五味所走所疾”“黄帝问伯高谷之所主”“五味五色相宜所合”“饮食所宜所忌”“五行相生相克”“五脏六腑表里应侯”等篇。力求收载范围之广泛详尽，在具体内容上又增加了自己的医疗经验和心得，在“察脏腑气候宜忌服食诀”中有“五味所走所疾”，原文为“酸走筋，多食则令人癃闭”“苦走骨，多食令人变呕”“甘走肉，多食令人悦心”“辛走气，多食令人洞心”“咸走血，多食令人渴”。通过五味与五体的密切关系来说明五味不同的可食性药物多食之后易出现的病证，还解释了立论的原因。在卷末的“五脏五色相宜所合”一篇中有“五脏食忌”一节，“多食酸则肉胝胸而唇揭，多食苦则皮槁而毛拔，多食甘则骨痛而发落，多食辛则筋急而爪枯，多食咸则脉凝泣而色变”也是说明过食五味之后五体的改变。
饮食宜忌是《日用本草》中的重要部分，在诸条目下大多列有相关的饮食宜忌内容，包括食物配伍、妊娠饮食、小儿饮食、食用时间、多食少食禁忌等。这些内容占据了该书很大篇幅。书中还将“诸脯腊”“诸肉”“诸禽有毒”“诸鱼”“诸果有毒”等专门列举各种“不可食”的具体情况。在诸多不可食中，又特别强调不能食用腐败生冷之肉类食品，如五畜类的“诸肉”条下，有“自死及疫死有毒，诸禽兽自死无伤处不可食，诸兽自死口不闭者不可食”等，在卷末之“饮食所宜所忌”中也明确指出“鱼脍生肉甚宜忌之”。这些有关饮食卫生、食品安全方面的内容告诫人们药食合理配伍，注意禁忌证和适应证。
在现存的明清医药著作中，直接引用《日用本草》最多的是明代李时珍的《本草纲目》。李时珍在其书卷一“历代诸家本草”中专门介绍了《日用本草》，曰：“书凡八卷。元海宁医士吴瑞，取本草之切于饮食者，分为八门，间增数品而已。瑞，字瑞卿，元文宗时人。”据统计，李时珍的《本草纲目》引用了《日用本草》中的76种药物，其中很多为水产类、海产类，以及南方民间的一些山珍之物。这与吴瑞生活在近海的浙江海宁，了解江浙一带的土产特点有关。从李时珍引用的76种药物就可以看出吴瑞对饮食疗法的贡献。
李时珍在引用吴瑞《日用本草》书中内容时，有赞许，有批评，有疑问，有缺漏，也有误引。关于赞许，如“水苏”条，李时珍对吴瑞说龙脑薄荷即水苏，“必有所据也”；关于批评，如“蚕豆”条批评吴瑞误以此作豌豆，李时珍不以为然；关于疑问，如吴瑞说百合中“红花者名强仇”，李时珍却说，“不知何所据也”；关于遗漏，如“地蚕”条下的一首十分生动的民歌被忽略，殊为可惜；关于误引，如将“杨桃”误作“阳桃”等。而吴瑞《日用本草》的重新发现，也修正了李时珍《本草纲目》中引用的一些错误。
吴瑞在“甘露子”下引了一首歌，十分生动，曰：“不食柘叶不食桑，何须走入地中藏。不能作茧不上簇，如何也蒙赐汤沐？呼我果，谓之果；呼我蔬，为之蔬。唐林晁错莫逢他，高阳酒徒咀尔不摇牙。”据李时珍记载，吴瑞首次记载“甘露子”可以食用。“甘露子”别名“地蚕”，是一种多年生草本，其茎叶可入药，其茎块可食用，形状珍奇，脆嫩无纤维，最宜作酱菜或泡菜食用。一般的植物学著作多认为从明代才开始使用栽培此植物，其实在元代已经有食用的记载。
《日用本草》的存在，使我们清晰地认识到吴瑞对本草、饮食疗法的贡献，同时也为李时珍《本草纲目》的引用提供了参考。该书是目前海宁医学史上发现最早的医籍，其史料文献价值及医疗保健方面的意义都十分重大。
蒋仪，字仪用，又字羽用，明代医家，浙江省嘉兴市嘉善人，生平不详。蒋仪自幼习举子业，但从未登第，早年体弱多病，曾屡次服药，遂对中药产生浓厚兴趣。
蒋仪撰写《药镜》，起始于公元1644年春，四易其稿，完成于1648年夏。该书共四卷，书中记载药物344味，分为温部、热部、平部、寒部，其中温部载药133味，热部载药22味，平部载药84味，寒部载药105味，并加之数句骈文概括其主治，易于理解记诵。
蒋仪在本书凡例中提到“论药诸书，无虑充栋，但能述其功效，而不究其所以奏功之故”。一药治多病，一病用多药，中医学的理论体系主要特点之一即整体观，蒋氏在《药镜》一书将每味中药的性能、功效和治疗应用一一对应，全面结合，有别于其他本草著作常规分条论述的格式。
（1）重性味： 例如赤石脂，在《证类本草》中将其运用在多种病证中，疗效甚佳，提到了许多久治不愈的疾病用赤石脂治疗，都具有很好的疗效，却未提及其治病之机制。而蒋氏在论述赤石脂时却大有不同，将其性味与所治之病紧密结合，并进行了简短明了的论述。蒋氏提到“甘温能通血脉，而痈疽可平。然酸涩，又能固崩漏之虚脱，达下能除湿热，而疮痔易疗”。根据赤石脂的特性用于痈疽、崩漏等疾病的治疗，明确说明了该药的甘温、酸涩之性在治疗不同的疾病时均可以发挥很好的疗效。
（2）重归经： 例如谷精草，《本草纲目》中提到谷精草的主治为喉痹、齿风痛等，李时珍言：“谷精草体轻性浮，能上行阳明分野。”未说明该药治喉痹、齿风痛之原因所在。蒋氏在撰写本书中论述该药时提及“散心火相火之交煽，而喉痹宽；和胃家风火之上冲，而齿痛愈”。经络学说中手少阴心经的走向“起于心中，出属心系。其支者：从心系，上夹咽，系目系。”足阳明胃经的走向为“胃足阳明之脉，起于鼻，交中，旁约太阳之脉，下循鼻外，入上齿中，还出夹口……”谷精草治疗喉痹、齿风痛的原因与手少阴心经所过喉处、足阳明胃经所过上齿处有着密切的关系。由此体现了中药治病从五脏、六腑、经络入手的特色。正如明代喻嘉言在《医学法律》中指出：“凡治病不明脏腑经络，开口动手便错。”
（3）重药性： 如附子在《证类本草》中被记载：“治阴盛格阳，伤寒。附子一枚，烧为灰存性，为末，蜜水调下，为一服而愈。此逼散寒气，然后热气上行而汗出，乃愈。”《证类本草》述附子治疗真寒假热的机制为真寒既散，则虚阳既消。体现了“治病必求于本”的理念。蒋氏在《药镜》中指出附子在治疗阴盛格阳时的用法即“热药冷吞，下吞之后，冷气既消，热性旋发”，用热性的药物冷服后治疗具有假热象的疾病，防止服用时拒药。此种治疗方法与药物的药性密切相关，体现了中药药性在临床上的独特作用。
蒋仪在《药镜》凡例中提到了药物炮制之法多样，言：“宜丸宜散，宜水煮，宜盐炒，宜面煨，宜生咀，宜火煅，宜酥炙，宜渍酒，宜熬膏，煎制老嫩，亦有一物几制……”临证上根据其药性寒热温凉、入脏入腑或在表在里之别，须对同一种药物采用不同的炮制方法，使之入方治病时发挥相应的临床疗效。
如香附，蒋氏在临床上用其治疗不同病证而采用不同的辅料炮制时说到：“暖膀胱之冷气，则汁炒宜姜；散胸内之热氛，则酸炒宜醋。湿气盘于腰肾则寒，炒宜便；滞气郁于血中则热，炒宜酒。消坚积之痞气者，则咸炒宜盐也。”可治冷、治热、湿寒、郁热。临床上，对中药常采用不同的炮制方法，目的就是为了提高其原有的疗效并增加新的治疗作用，同时可以减弱其毒性。
如延胡索，在论述其炮制应用时，蒋氏指出：“醋炒血止，酒炒血行。和血用炒，破血用生。蓄血瘀滞，因而小便尿血者，朴硝为佐，水煮晨吞。”该药同是治疗血病，因炮制辅料和制品不同，提高了其在临床上的不同功效。从《药镜》对延胡索的炮制法可以看出炮制手段对中药的影响主要通过改变药物的归经和四气五味而使药物发挥不同的功效。
如黄芩，《药镜》当中对于其使用也有多种不同的炮制方法，据其五脏所属及其五脏所受邪气不同而采用不同的炮制辅料，使该药的归经更有针对性。如“猪胆汁炒，能泻肝胆之火；麦冬汁浸，能润肺家之燥。酒炒则清头目，盐炒则利肾邪。”黄芩能润燥泻火，归肺、大肠、膀胱、胆经，因其泻不同部位的火热，使用的炮制方法和采用的辅料截然不同，这种用药的准确性为后世医家在借鉴学习时具有很重要的价值。
历代诸多论述本草的著作中，一般鲜有专门研究本草禁忌的专著。故蒋氏在《药镜》中对于部分中药在其临床运用时的禁忌症进行了较详细的论述，可为临床用药的安全性评估提供参考。
如巴豆，《药镜》言其有“下顺水性，热助火气”的功效，但因巴豆性峻烈、有剧毒，因此用药时须谨慎，如蒋氏提到了“若夫木土金水之不及，纵有可下之条，服之则木抑而胀，土陷而废，金燥而炎，水涸而结矣”。为了保证有毒中药在临床上的用药安全，要整体评估病情后谨慎使用，避免因药性峻猛，误下后出现病情加重的现象。
如防己，蒋氏在《药镜》中论述其应用时，提出其治疗禁忌为“如热郁肺经，津液有不行者最忌”。防己乃下焦蓄水证的要药，肺经郁热乃上焦气分疾病，勿滥用。
如茯苓，《本草纲目》中提到可以治虚滑遗精和遗浊带下等病，而《药镜》则明确提出了“梦遗白浊，痘浆灌浆者禁用，恐利水而浆不能灌也”。临床上均治遗精，但因证候不同，用茯苓治疗时不应以偏概全，应辨证论治，针对性用药。明辨适应证与禁忌证，这一点对提高中药疗效，谨慎用药以减少不良反应至关重要。
蒋氏提到同一药用植物因采药时期不同、地理位置不同、采药的部位不同均会造成药性功效的不同。
如枳壳与枳实，两药来源于同一植物，但因采药时期不同，功效也大有不同，枳实是未成熟的干燥幼果，枳壳是成熟的果实。蒋仪在《药镜》中对枳实和枳壳的对比中曰“枳实小，性酷而速；枳壳大，性宽而缓”，从大小、药性峻烈程度、作用快慢对两种药物作以鉴别。因脾病多虚，胃病多实，故蒋氏指出“脾病宜壳，胃病宜实”，实证相比虚证更宜采用药性强烈的药物。病分虚实，药可治虚实，根据病情之虚实选药，乃正确用药的基本。
如芍药，《证类本草》中记载芍药有两种，“赤者利小便下气，白者止痛散血”。简单论述了两种芍药的功效之不同。蒋氏认为，区分赤芍和白芍的关键在于“白补赤泻”，但也有相同之处，“两者具可逐旧以生新”。又将白芍和赤芍按在五行所属进行鉴别，言“白芍属金……赤芍属木”，按所属五脏归经进行分类“白芍专入脾经血分，赤芍专入肝家血分”，与其提出的“药味……及入脏入腑，血分气分”的观点相呼应，为临床中药学的发展作出了贡献。
蒋仪是一名对医药研究比较全面的医家，对于中药有很多不同于其他本草学著作的认识。书中记载了各味中药的性味归经，同味药治疗不同疾病的炮制方法、用药禁忌、鉴别用药及功效主治等方面，对临床应用具有实际的指导意义。
贾所学，明代医家，字九如，鸳湖（今属浙江嘉兴）人。生活于16～17世纪。研究方药书，深明理旨，于药物研究尤深。著有《药品化义》《医源接引》《脉法指归》《脏腑性鉴》等书。
《药品化义》被名医李延昰称为“区别发明，诚一世之指南”。清代的尤乘认为此书“珍为异宝”，称其“远绍神农开物之业，近接蕲阳集成之统……诚生人之要旨，济世之真诠也”。
《药品化义》成书于1644年，全书共13卷。卷首为本草论、君臣佐使论、药有真伪论、药论4篇；卷一为药物订例；卷二至卷十三，论药物功效。将所载162种药物分为气药、血药、肝药、心药、脾药、肺药、肾药、痰药、火药、燥药、风药、湿药、寒药13类。每述一药，先按“八法”（体、色、气、味、形、性、能、力）辨之，再详析其主治、禁忌。为比较同类药的异同，便于临证应用，还在每类药后有一小结，提纲挈领，简单明了。
《药品化义》由两部分组成，第一部分为李延昰补订的，内容有本草论（介绍本草源流）、君臣佐使论（论述药物配伍）、药有真伪论（讲究道地药材的特殊价值）、药论（论述药性的医疗作用），第二部分是贾所学辑著的《药品化义》，载药160余味。每味药物先明辨八项特性（体、色、气、味、形、性、能、力）与归经，后详述主治原理与使用注意事项，最后详辨真伪优劣、加工制作与配伍禁忌等。
贾所学研究药理，极为重视辨药八款，即所谓“验其体、观其色、嗅其气、嚼其味是定法也，然有不能嗅其气、嚼其味者须煎汁尝之，唯辨此四者为先，而后推其形、察其性、原其能，定其力，则凡厚薄、清浊、缓急、躁静、平和酷锐之性及走经主治之义无余蕴矣”。以八款为辨药指南，即寓于“药品化生之义”。
《药品化义》明确提出“药母”概念为辨药指南，贾氏把中药从体、色、气、味、形、性、能、力八个方面进行区别。体分燥、润、轻、重、滑、腻、干，色分青、黄、红、白、黑、紫、苍，气分膻、臊、香、腥、臭、雄、和，味分酸、苦、甘、平、咸、淡、涩，形分阴、阳、木、火、土、金、水，性分寒、热、温、凉、清、浊、平，能分升、降、浮、沉、定、走、破，力分宣、通、补、泄、渗、敛、散。
贾九如认为前4项是天地万物生产之法象，必先辨明以备参订，要验其体、观其色、嗅其气、嚼其味。而后4项是医生在治病过程中应该做的，即推其形、察其性、原其能、定其力。根据临床推测中药的作用，从而中药不再是某药治某病这样机械的问题，而是有内在联系的，才有了现在的中药学。
如黄芪，属阳（有土），体软，色微黄肉带白，气和，味甘而淡，性温，能升能降，益气固表，气微厚而味薄，入脾、肺、三焦经。黄芪皮黄入脾，肉白走肺，性温能升阳，味甘淡，用蜜炒又能温中，主健脾。故内伤气虚，少用佐以人参，能补中益气。当然，黄芪之用，还要看具体的用量。实际上黄芪甘中微微有苦味，味淡能渗，味苦能泄，渗和泄都能使药力趋向下行，所以黄芪之用，不仅可以补肺气，重用则力下沉还能补下焦元气。结合张璐的《本经逢原》、王清任的《医林改错》等诸家之说，自能对黄芪的药理药性、临床应用等诸多方面的问题了解得清清楚楚。
例如论痰药竹茹，属阳，体轻，色淡清白（略去外青），气和，味苦，性凉，能升能降，力降热疾，性气与味俱轻，入胆、胃二经。竹茹体轻，轻可去实；性凉，凉能去热；味苦，苦能降下。专清热痰，为宁神开郁佳品。主治胃热噎膈，胃虚干呕，热呃咳逆，痰热恶心，酒伤呕吐，痰涎酸水，惊悸怔忡，心烦躁乱，睡卧不宁，此皆胆胃热痰之证，悉能奏效。
“橘红去诸痰，为利气化滞之品；贝母主虚痰，为清热开郁之品；半夏主湿痰，为燥脾逐寒之品；天花粉主热痰，为止渴生津之品；南星主风痰，为破结通络之品；胆星主惊痰，为益肝凉胆之品；蒌仁主老痰，为润肺利膈之品；芥子主结痰，为宽胸行胁之品；苏子主郁痰，为利膈定喘之品；常山主积痰，为截虐散邪之品；竹茹主热痰，为凉膈宁神之品；竹沥主火痰，为导热补阴之品；姜汁主行痰，为通络宣壅之品；海石主豁痰，为软坚消结之品；皂荚主搜痰，为祛浊稀涎之品。”（《药品化义·痰药》）如此释药，简明扼要，易记易用。
《药品化义》明确提出“药母”概念为辨药指南。其中药母的概念，比张元素和李东垣的观点更加深入，内容和层次也更分明。这样把中药药理格式化，实为一大创举。
冯兆张（1641—1705年），字楚瞻，浙江海盐人，出生于17世纪，明崇祯至清康熙年间名医。冯氏7岁丧父，家道贫寒，体弱多病，遵母命，13岁习医，从师访道10年，曾六上京师研究医学，精于医术，后游医于天下，对内、外、妇、儿各科均有造诣，尤精儿科，行医于两浙。
1994年，冯兆张历经30余年，勿间寒暑，汇集诸书之精髓，结合己见，终于著成《冯氏锦囊秘录》。此书包括《杂证大小合参》20卷、《痘疹全集》15卷、《杂证痘疹药性主治合参》12卷。《杂证大小合参》又包含《内经纂要》《杂证大小合参》《脉诀纂要》《女科精要》《外科精要》《治疗方论》6部专著。其内容涵盖内、外、妇、儿等各科疾病，冯氏尤善儿科及痘疹，在儿科及痘疹的生理病理特点、病机、治疗方论、药性研究等方面，书中均有诸多阐述。此外，书中对脉诊、导引养生等也有诸多论述，对医家名方、民间效方等，根据诊疗经验将方药及用法附录于不同病证之后，此类集采广博之全书，在当时的医学著作中实属少有，而冯氏为达其济生之志，将其出版，公之于世，以供学者借鉴。
冯兆张在学术上继承薛立斋等温补派医家的思想，十分重视补益疗法、肾脏的调养、顾护真阴真阳。冯兆张对于参附的配伍运用多见于三种用法：其，一是用于补火助阳，以补命门之火，用治各种疾病虚寒之证；其二，对于厥证、脱证的患者，配伍使用人参与附子的温补与通络之功，是冯兆张用以追复、挽救元阳的常用药对；其三，则是以附子的走窜通经之力，助人参、黄芪、白术等温补之药的药力通达全身。冯兆张对于参附的运用经验丰富，为后世医家提供了更多临证思路，其思辨用药的思想亦值得现代医家学习借鉴。
冯兆张在《冯氏锦囊秘录》中也多处论及人参与附子的配伍运用。他在《冯氏锦囊秘录·杂证大小合参》中言：“凡六脉沉微，两尺无根者，此元气之元阳欲尽也，唯参、术、附子可以挽之。若六脉细数两尺无根者，此元阴之元阳欲竭也，唯地、茱、桂、附可以挽之……亦当变为参、术、附子。”冯氏以参、术、附为挽救元阳、温补元阳之要药，尤其是人参与附子的配伍用药，言：“古人救脱之方，唯有人参一两、生附子半个，为大力救生之方。”冯氏钻研其中理法，认为附子通达经络，必赖人参的大力顾护之用，既能通达迅速又不伤元气。
冯兆张除运用八纲辨证法和脏腑辨证法外，还运用经络辨证法，以经络归属病位，作为辨证依据，也将方剂和药物归属经络，以求直达病所。经络辨证在内容上包括十二经脉病证和奇经八脉病证，在辨证时可由症状及部位等推知发病的经脉及脏腑，或有多经合病的情况。经络辨证法的运用，以针灸、推拿等治法中运用最为频繁，而冯兆张对于经络辨证则广泛应用在各种杂病的治疗中，更具特色的是，他将方药归于不同经络，用药时根据方药所入不同经络，使药力更准确地直达病所。
在选方用药方面，冯兆张在《冯氏锦囊秘录》诸多载录的方药中，言明该方为何经之药，以便后世医家选方用药时更具有针对性。如在《冯氏锦囊秘录·杂证大小合参》中，冯氏载录旋覆代赭汤，用该方治疗伤寒发汗，或以吐、下之法使病邪得解后，胃气弱而不和者，发为心下痞，或兼有嗳气者。冯兆张在方按中言代赭旋覆汤是足阳明之药，诸药相合既补胃弱，又可降气，疗效良好。又如“丁香柿蒂汤”一方，用治呃逆久病者，冯兆张言此方是治足阳明少阴之病，可温胃暖肾而降气，从而使呃逆得止。再如“止痛当归汤”，言此方为足阳明厥阴药也，治疗脑疽、背疽及穿溃疼痛之证，盖因丹溪之说痈疽破溃宜补气血、调脾胃是也。观冯氏著作中所记录的方药，多有将方药所入经络阐明的记载，可见冯兆张不但重视经络辨证，选方用药时也会斟酌方药的归经，以求药功力专，针对不同的病因病机及症状表现，依经选药，以期能直达病所。冯氏在选方用药时，仍注重经络归属，辨经选方，不失为一种严谨的态度，可供后世学习。
冯兆张对于痘疹疾病的治疗经验十分丰富，在总结前人宝贵经验的同时，结合自己数十年的痘疹治疗经验，终著成《痘疹全集》一书，该书对成人及儿童的痘疹治疗思想经验及验方效方等做了详细记载，是冯兆张痘疹治疗经验的重要体现。《杂证痘疹药性主治合参》是一部药性专著，共12卷，将药物按草部、木部、石部、谷部、菜部、果部、兽部、禽部、虫鱼部、人部等分类编录，编纂药物功效时，特设“主治痘疹合参”一项，论述药物在治疗痘疹疾病时的运用，颇具特色。
《杂证痘疹药性主治合参》共收550余种药物，从药物学角度分别对其进行了详细论述。尤其对药物在杂证和痘疹中的应用进行了合参。该书除对前人的成就进行总结外，还在按语中结合临证经验介绍了对某些药物的运用体会。袁久林对冯兆张用白术、熟地黄、升麻、何首乌、肉桂、栀子、酸枣仁的经验进行了逐一分析，阐述冯兆张对这几味药的认识，从中可看出冯兆张对于何首乌、酸枣仁、栀子等平补、滋阴、泻火类药物的应用颇有心得。在痘疹疾病的治疗方面，冯兆张对于证候顺逆的预判，以及病情的预后有着丰富的经验，他绘制了一系列的预后吉凶图，如“面部八卦吉凶图”“耳结吉凶图”等，帮助医者更生动直观地了解预后规律，还编写了许多辨治歌诀以便于学者记忆。
吴仪洛（约1704—1766年），字遵程，浙江海盐澉浦（今浙江省海盐县澉浦镇）人，是清代本草名流，为清代医家及藏书家。生平事迹主要见于清嘉庆六年的《嘉兴府志》、清道光二十七年的《海昌备志》《清代七百名人传》《浙北医学史略》《中国藏书家辞典》等。吴氏藏书甚富且多实用。《中国藏书家辞典》立吴仪洛条目，云：“吴仪洛，清医学家、藏书家……名医世家出身，精研医学并以行医为业，有盛名。家藏医学书籍较多，亦收藏名家古本，如诗文集、经学、史书之类。行医之睱，取书博览精证。”《清代七百名人传》收录的12位清代名医传记中，亦有吴仪洛传。
他编著的《本草从新》成书于乾隆二十二年（1757年）。全书共6卷，每卷又分上、中、下3卷，共计18卷；收载药物672种，另有附药48种，合计720种。卷首为“药性总义”，后分草、木、果、菜、谷、金石、水、火土、禽兽、虫鱼鳞介、人，共11部、51类，其分类方法基本与《本草纲目》相同。各药论述分为药物性味、主治、真伪鉴别、炮制方法及临床配伍应用等，凡引用资料均有出处。
《本草从新》是在汪昂《本草备要》的基础上订补而成，该书医药紧密结合，内容精简扼要，间附己意，是临床实用的本草专著。对一些不易辨识的药物，提示人们悉心辨别。在配伍宜忌和药物炮制方面为后世安全、规范用药提供了宝贵文献资料。《本草从新》以丰富的药物与临床知识，合理的思维方式，在继承前人研究成果的基础上，对包括《本草备要》在内的本草学专著，去伪存真，去粗取精，增补了新的内涵。其承上启下，善于创新，为现代本草的筛选、炮制、应用提供了很有意义的参考。
相对于《神农本草经》《新修本草》《本草纲目》《本草备要》《救荒本草》等本草学专著，《本草从新》可谓独具风格，另辟蹊径。由于此书成书于以上本草著作之后，所以对于像《本草纲目》中未记载，但在当时已在民间应用的药物，吴仪洛在此书中加以增补，以示后学。如燕窝之类，《本草纲目》未载，《本草从新》从性味、归经、功效、主治、禁忌等方面一一介绍，为后世临床遣方用药提供了翔实的文献资料。吴氏还将当时民间常用以治疗咳喘之明党参及来自海外用治虚火烦倦的西洋参等收载入册。
同时，从食疗学方面分析，《本草从新》对于可救荒充饥的药物，亦详加收藏载录。由于战乱饥荒在封建时代是很普遍的，这一客观事实使吴仪洛对可充饥类药物高度重视。如所载䒽草米，言：“性味甘寒，作饭去热，利肠胃，益气力、久食不饥。”筛草子“甘平、补虚羸损乏，温肠胃、止呕逆、久食健人、轻身不饥。”作为粮食替代品，上述二物在饥馑荒年是穷苦人维系性命之物。医者仁心，灾荒年月，撰“救荒本草指南”功越治病救人。
由于《本草从新》成书于《本草纲目》《救荒本草》《本草备要》等本草学著作之后，使作者有条件对历代本草文献遗漏者补之，新发现未载录者重新录入，对假药伪品亦一并列出。如花草子可伪沙苑蒺藜，香橼伪枳实、枳壳之类。吴氏认为“始则以伪乱真，渐至真者绝少”。这类问题，在现今药品流通领域仍时有发生，给临床正确用药带来极大隐患。在购方买药时不可不详察之。又如党参，自古本草书上均与人参不分，将其归入人参条下，故有人参产上党山谷及辽东之说。陶弘景曰：“上党在冀州西南，今来者形长而黄，状如防风，多润实而甘。”从其所述形态来看，与现在所用之党参相同。吴仪络首次将党参从人参中分列出来，并明确指出：“党参甘平，补中益气，和脾胃，除烦渴。中气微虚，用以调补，甚为平安。唯以党参性味和平足贵，根有狮子盘头者真。”试想，没有坚实的药物学基础，是不可能有如此细致入微的辨析的。吴氏还将当时民间常用以治疗咳喘之明党参及来自海外用治虚火烦倦的西洋参等收载入册。同时，《本草从新》一书也为后世科学用药提供了依据。
吴仪洛在《本草从新》里不仅详细论述了药物的禁忌和不良反应，而且对配伍宜忌十分重视。在每味药物的功效之后，均列有配伍相宜者，配伍相忌者，包括药与症之相宜相忌，用药与其他食物的相宜相忌。如白头翁条载：“可泄热凉血，苦坚肾，寒凉血，入阳明血分、胃、大肠。治热毒下痢……血分无热者忌。”吴氏还认为，药物若“只言某病宜用，而不言某病忌用，均属缺略”。所以许多药物在论述其功效、主治后，又进一步说明其禁忌和慎用范围。吴氏不仅注重有毒药物，在草部特列“毒草类三十种”，而且注重说明药物的不良反应、禁忌与慎用。他不仅把“烟”放在毒草类，而且指出其最灼肺阴、令人患喉风咽痛、嗽血失音。而且对“十八反”中的甘草、海藻同用，也有自己的观点，他说：“海藻泄热，软坚痰，消瘿瘤。苦能泄结，咸能软坚，寒能涤热，消瘰疬、结核、癥瘕、阴之坚聚及痰饮、香港脚、水肿、痈肿之湿热。去宿食，消五膈。脾寒有湿者勿服。产胶州。有大叶、马尾二种。亦作海菜食，洗去咸水（其用在咸，不宜过洗），反甘草。东垣治瘰疬、马刀，海藻、甘草并用，盖激之以溃坚也。”
吴仪洛以前的历代医家对药物主治都缺少详细分析，如治痰之药，有治湿痰者、有治燥痰者、有治热痰者，但诸书均以除痰概之。头痛之药，有治内伤头痛者、有治外感头痛者，诸书唯言治头痛而已。吴氏根据自己的用药经验，详细分析，逐条细注。他指出半夏除痰化湿，是治湿痰之主药。贝母可润燥化痰，用之燥痰。白附子祛风，为治风痰之药。将治痰药按性分别注之。对于一些常用药，他还进一步聚要删繁，指明这些药的最大特点与长处。如黄芪为内托疮痈圣药，防风为祛风胜湿要药，三七为金疮杖疮之要药，丹参功兼四物为妇科要药，款冬花为治咳要药，柴胡为足少阳经表药等。
吴氏针对当时药肆中盛行以假乱真，而数百年来无人指责的情况，大胆提出此现象断不可行，于是利用自己丰富的辨药经验，把易作假、易混杂的药物进行了详细剖析鉴别，去伪存真，去劣留优。
他提出从四个方面去鉴别：一为产地，一些分布较广的药物可由自然条件不同，而药之质量各异。如人参，宁古台出者红光结实，船厂出者空松稍差。而大戟，杭产紫者为上，北产白者伤人。黄连出宣州者肥粗，出四川者瘦小，连珠者良，新山连毛少刺少，色为黄，服之损人。即使同种药因产地不同，药性也各异，故不可混同。二为形态，每一种药都有它特有的形态特点，可通过形态鉴别，以分真伪。如党参根有狮子盘头者真，白术产于潜者最佳，有鹤颈甚长，内有朱砂点，术上有须者尤佳。三为品种，如郁金出川、广体锐圆如蝉肚，苦中带甘者乃真。而市中以姜黄、蓬莪术伪之者。柴胡之药，入山收购，往往将白头翁、丹参、小前胡、远志苗等杂在内，谓之统柴胡，其实真柴胡无几，须拣去另种，用净柴胡为要。四为炮制，如熟地黄须九蒸九晒，性才能由凉转温，而今市中唯以一煮而售，害有不可胜言者也。菟丝子应煮令吐丝，捣成饼，烘干再研为细末，今市中菟丝饼俱将麦曲打入，气味全乖，断不可用。
全书有40余种容易以假乱真的药物，均给予详细辨讹。吴氏指出“假药不可不辨”，反映了他实事求是而严谨的治学态度。
吴仪洛在《本草从新》中对药物的加工炮制等提出了精辟见解。该书汇集了大量的古代炮制文献，介绍炮制方法、炮制原理、工艺要求、质量标准、炮制禁忌等，反映了清代以前中药炮制的总体水平，有重要的文献参考价值。
净选加工，即除去非药用部分，如去芦、去皮等。去皮又分为去根皮，如甘草、桔梗等；去粗皮，如肉桂、厚朴等；此外，尚有去薄皮、去果皮、去种皮、去筋膜、去木心、去毛、去枝节、去须、去心皮、去皮尖、去瓤、去刺、去头足翅、去头尾皮骨等。
清洗，如水洗、淘洗、漂洗、酒洗、长流水洗等。
浸泡，如酒浸巴戟天，蜜水浸郁李仁，柑浸白术，甘草水浸远志、附子等，醋浸雄黄，浆水浸王不留行，童便浸橘皮，盐水浸知母等。
水飞，酒飞有五灵脂，细研水飞有朱砂、赤石脂等。
切制，有薄切、细切、挫等。粉碎捶扁，有打碎、捣碎等。
炮炙法中，炒法有清炒、微炒、炒黄、炒熟、炒炭、烧灰；加辅料炒，有药汁炒、酒炒、蜜水炒、姜汁炒等。蒸法有清蒸、酒蒸、九蒸九晒、黑豆拌蒸等。煅法有明煅、暗煅、煅淬、醋淬、童便淬等。焙制法有酒浸焙，甘草水浸焙。此外，还有曝、炮、去油制霜、干馏、发酵、发芽等方法。
炮制方面的另一特点是一药多制，不同的制法效果不同。如黄连治心火，则生用；治肝胆火，用猪胆汁妙；治上焦火，酒炒；治中焦火，姜汁炒；治下焦火，盐水炒；治食积火，黄土炒；治湿热在气分，吴茱萸汤炒；治血分，醋炒。又如牛膝酒蒸，甘酸而温，益肝肾，强筋骨；生用散恶血，破癥结；下行，生用；入滋补药，酒浸蒸。
引药入经，亦可采用一定的炮制方法，使药效直达病所。如香附，《本草从新》言：“生则上行胸膈，外达皮肤；熟则下走肝肾，旁彻腰膝；童便浸炒，盐水浸炒，则入血分；青盐炒则入肾；酒浸炒则行经络；醋浸炒则消积聚，且敛其散。”
通过炮制，也可去除或降低药物的偏性及不良反应。如《本草从新》言白术“人乳拌用，润以制其燥”。香附“蜜水炒，制其燥性”。
炮制工序方面，如肉苁蓉，酒浸一宿，刷去浮甲，劈破，除内筋膜，酒蒸半日，又酥炙用。附子，先煎极浓甘草水，将其浸泡，剥去皮脐，切作4块，再浓煎甘草汤，泡浸令透，然后切片，慢慢炒黄而干，放泥地上，出火毒。
此外，《本草从新》对炮制禁忌也有不少记载，如言人参、知母、何首乌、泽泻忌铁，玄参勿犯铜器，木香、海金沙忌火。有些还明确指出禁忌原因，如朱砂“若火炼则有毒”，这与现代研究结果一致。
王士雄（1808—1868年），字孟英，浙江钱塘人，清代著名医学家，尤精于温热病。一生勤于著述，给后人留下了大量富有学术价值的医学文献，其中《随息居重订霍乱论》《温热经纬》《随息居饮食谱》《归砚录》《王氏医案》是他的主要著作。王孟英除在温病领域有着卓越的贡献外，在本草学方面也经验丰富，见地独特，充实了秀水医派的本草内涵。
四气五味是药物的性味。四气包括寒、热、温、凉，五味为酸、甘、辛、苦、咸。王孟英治疗温病遣方用药时十分重视药物性味。在四气方面，因王孟英生活的时代多温热、霍乱等病，此类病易伤津液，王氏继承叶天士、吴鞠通诸家的治温经验，善用清热凉润之品。例如对暑热损伤气阴之证，李东垣曾制清暑益气汤治之，他认为此方有清暑之名而无清暑之实，特用西洋参、石斛、麦冬、黄连、竹叶、荷杆、知母等以清暑热，较东垣之方，变甘温为甘寒之剂，甚合病机，为后世所推崇。在五味方面，辛能行气化浊，苦能祛热除湿。例如王氏在应用小陷胸汤时加味治疗温病夹痰证，并创制了诸多治疗霍乱的苦辛方，丰富了苦辛法。药物多用辛温的半夏、厚朴、生姜等配伍苦寒的黄连、黄芩等。
善用药食同源之品，用于防病保健。因取材容易，为日常食物，服用方法简单易行，实用性强，至今仍在使用。例如作为主要粮食的粳米，味甘性平，有补益五脏、壮气力、强肌肉的功效，故“贫人患虚证，以浓米汤代参汤，病人、产妇粥养最宜”；注重食物间的配伍，最大程度上发挥食物的功效，以达到最佳效果。例如用荷叶、浮萍、蛇床子煎汤外用治疗阴肿痛痒；注重偏性，人以食为养，若不注重其偏性，只会事倍功半，例如山楂“多食耗气、损齿、易饥”；善于进行辨证施治，例如井泉水“甘寒，能清下焦之热，用于煮饭可达补阴中之阳功效”。
王孟英重视药物的炮制，深知辅料、方法不同，可使同一药物产生不同的功效。王氏云：“栀子苦寒，善泄郁热，豆豉经腐，性极和中，是湿郁热塞，秽浊恶气，扰于中宫之霍乱的最为对症良药。”首倡栀子炒用，降低苦寒之性，以走上焦，与性味平和的豆豉合用，轻苦微辛，共走上焦，通过开上以畅中，最能解湿郁热塞，与辛开苦降方合用，一开上，一畅中，整体方剂仍不失辛开苦降之意，而调治中上二焦气机之力更强。
古代物质匮乏，交通不便，对于当地已有资源，王孟英研究比较透彻，他在《随息居饮食谱》所介绍的饮食养生中提到，茭白“以杭州田种肥大纯白者良”；蟹“以乌江、乌程、秀水、嘉兴、海昌等处河中所产，霜后大而脂满者胜”。王氏在药物功效运用方面具有很深的造诣，针对临床症状表现的不同，可以用一种植物的不同部位使用来治疗，以达疗效。根据临床表现，利用芸香科植物橘的不同部位来治疗，如橘及其栽培变种的干燥外层果皮橘红，可理气宽中，燥湿化痰；橘及其栽培变种的干燥成熟种子橘核，可理气、散结、止痛。在《王孟英医案》分析老年医案药物的药对统计中，可看到来源同为葫芦科植物的瓜蒌或双边瓜蒌，但药用部位不同的两味药，分别为天花粉（瓜蒌或双边瓜蒌的干燥根）、瓜蒌（瓜蒌或双边瓜蒌的成熟果实）。
张希白，名仁锡，祖籍江苏青浦（今上海），受业于同邑名医陆兰坡，于1854—1855年迁居浙江嘉善，为海派中医传入浙江的先行者。清代嘉庆、道光年间，江浙一带斑疹流行，众医家语焉不详，张氏以儒术行医，精于诊切，证脉相参，专书立论，救百姓于水火，终成一代大家。《药性蒙求》《斑疹新论》《临诊碎玉》是张氏的传世著作。
张氏的《药性蒙求》承袭了《药性歌括四百味》《明医指掌》“云林歌括体系”的表述形式，通过四言歌诀的方式使药物的基本特点得以简明扼要的展示。《药性蒙求》对两本著作大部分的歌诀内容表示了赞同，并予以直接摘录。如“黄芪性温，敛汗固表，托里生肌。气虚莫少”。《药性蒙求》在力求精简的基础上，以张氏临证感悟为纽带，将10余部本草古籍，20余位医家的经典论述融会贯通，力求客观公允，浅显实用。
《药性歌括四百味》实载药393味，《订补明医指掌》实载药239味。《药性蒙求》在二者的基础上进行了增补，共载药439味，补充了如高丽参、鸡冠花、天仙藤、大麻仁、御米壳、鳔胶、人中黄等50余种常用药物，并为之编撰歌诀，添加注释。歌诀延续了“云林歌括”的体例，简洁明了，朗朗上口。如“淡菜咸温，补阴养血，带下虚劳，消瘿可啜”“荸荠甘滑，攻积消坚，胸中实热，疸症亦全”。《药性蒙求》提出“丹参”除破积调经、生新祛瘀外，还可补心安神，而《订补明医指掌》与《药性歌括四百味》分别强调的是补骨续筋和去除崩带，类似的修改在《药性蒙求》中不下百余条。歌诀之后的注释中，《药性蒙求》摘录了许多张氏个人的临证体会、见闻及观点。如“今肆所用鲜地黄，另是一种，出杭州笕桥，其形亦细长不同，其治亦大热之症”。这些注释不仅为后学者更好地掌握使用药物，也为道地药材的考据提供了指导。
在传承经典的同时，张氏结合临证经验，大胆调整了部分药物的药性，如“羌活辛温”，即与《药性歌括四百味》及《订补明医指掌》中的“羌活微温”不同，《药性蒙求》突出了羌活辛的性味，这明显更有利于读者理解羌活解表的特点。《药性蒙求》指出“苁蓉咸温”，这与《药性歌括四百味》及《订补明医指掌》指出“苁蓉味甘”亦有不同，相比能更好帮助读者推导出苁蓉具有温肾助阳的药理作用。
《药性蒙求》成书于清咸丰六年（1856年）。该书由上部的药物和下部的食物两部分组成。张氏在《明医指掌·药性歌》基础上，对药物的品种、药性诀的表述及药味的特性进行了充实和修改后将其编为上部。为便于查阅，张氏将收录的439种药物按草、木、果、菜、谷、金石、土、水、禽、兽、虫、鱼鳞介、人划分为十三部，再按各自特点将各部下药物细分为若干小类，如草部由山草、芳草、湿草、毒草、蔓草、水草、苔石草、补遗组成；木部由香木、乔木、灌木、寓木等组成。下部收录江南常用食材百余种，未明确归类。上部药物张氏先以大字列四言诗四句，概述其性味功效要点。后再以小字对其归经、用法、配伍、禁忌、产地、真伪及同类药物性能比较等内容进行补充注释。下部食物张氏记载较为简略，皆择要注明药用价值及食用宜忌。
张氏除介绍鸡鸭鱼肉外，还记载了许多如嘉香肉、熏兰、糟鱼等江南一带常见食材的药食宜忌。如糯米，《本草纲目》云：“黏滞难化。小儿、病人最宜忌之。”《本经逢原》指出：“若作糕饼，性难运化，病人莫食。”《药性蒙求》则直接点明了由糯米制成的江南主食粽子“性黏难化，病人勿食”。又如泥鳅与黄鳝同为江南盛产的滋补佳品，食用区别如何，《药性蒙求》给予了明确的指导，言“泥鳅，暖中，益气血，通经络。鳗鳝之良有益于人，毒者害人，鳅则有良无害，凡大痈血不成脓，痘不成浆，食之佳”。其他诸如“食蛙令人尿闭，若妊娠食之，令子短寿”“藕能入血，而澄粉甘平可口，益胃安神”“菱，甘寒，安中消暑，止渴解酒”等，均为张氏有感而发，具有明显的地域特色，对江南一带的百姓来说具有很高的饮食调理参考价值。
在斑疹横行的年代，张氏集尽所学，证脉相参，著书立论，传承经典，充实本草，孕育出《斑疹新论》，这也是时代的产物。作为以启蒙后学为主要目的的清代本草学著作《药性蒙求》，很好地传承了前人的智慧并融入了张氏自身的临诊感悟，易于诵记的歌诀，融会贯通又简洁扼要的内容，因地制宜的饮食指导，使其直至今日仍具有很高的学习价值。