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自宋以来，嘉兴市舶司始终活跃于对外贸易的舞台，海盐澉浦港也是历史最悠久的港口之一，国内药物的汇聚出口、国外药材的进口及本地药材的流动，使秀水医派对于外邦药引进和使用，走在全国前列。吴仪洛的《本草从新》记载了治小儿潮热五疳等证的胡黄连，其功能为清热杀虫、凉肝明目、镇心除烦。治小儿惊痛的芦荟，出波斯。还有出南番的血竭、龙脑香，出西番的阿魏，出诸番的乳香、苏合香、没药等。
张希白的《药性蒙求》在传承经典的同时，结合临证经验，调整了部分药物的歌诀，如“羌活辛温”，即与《药性歌括四百味》及《订补明医指掌》中的“羌活微温”不同，《药性蒙求》突出了羌活辛的性味，这明显更利于读者理解羌活解表的特点。咸入肾，温补阳，肉苁蓉同时具有咸、甘、温的药性。《药性蒙求》指出“苁蓉咸温”，这与《药性歌括四百味》及《订补明医指掌》记载的“苁蓉味甘”亦有不同。
吴仪洛的《本草从新》非常重视对药物的注解。之前的医家对药物主治析言较少，统言较多，如治烧之药，有治湿痰者，有治燥痰者，有治热痰者，然诸书第以除痰概之。头痛之药，有治内伤头痛者，有治外感头痛者，诸书唯言治头痛而已。吴氏根据自己的用药经验，详细分析，逐条细注。他指出：“半夏除湿化痰，为治痰湿之主药；贝母可润燥化痰；白附子祛风，为治风痰之药；防风为祛风胜湿要药；三七为金疮杖疮之要药；丹参功兼四物，为妇科要药；款冬花为治咳药；柴胡为足少阳经表药……”
吴瑞在编著《日用本草》的过程中，“上考神农疗疾《本草》，及历代名贤所著，与夫《道藏》之方书”。力求收载范围广泛详尽，在具体内容上又增加了自己的医疗经验和心得，共收载日用食物540种，分为8类，依次为诸水类13种、五谷类32种、五畜类152种、诸禽类64种、虫鱼类66种、五果类98种、五菜类81种、五味类34种。在此书中，据李时珍记载，其首次将“甘露子”载入食用。“甘露子”别名“地蚕”，是一种多年生草本植物，其茎叶可入药，其茎块可食用，形状珍奇，脆嫩无纤维，最宜作酱菜或泡菜食用。一般的植物学著作多认为从明代才开始栽培此植物，其实在元代时期已经有食用的记载。
张希白的《药性蒙求》由上部的药物和下部的食物两部分组成。龚廷贤的《药性歌括四百味》载药393味，《订补明医指掌》载药239味。《药性蒙求》在此基础上进行了增加，共载药439味，补充了高丽参、鸡冠花、天仙藤、大麻仁、御米壳、鳔胶、人中黄等50余种常用药物，并为之编撰歌诀，添加注释。歌诀延续了“云林歌括”的体例，简洁明了，朗朗上口。如“淡菜咸温，补阴养血，带下虚劳，消瘿可啜”“荸荠甘滑，攻积消坚，胸中实热，疸症亦全”。
吴仪洛在本草学的研究方面，主要是对《本草备要》中的纰漏进行了重新修订，保留其中半数的内容，并进行增改。他订正药物均以实用为宗旨，所谓“医贵通变，药在合宜”，增减药物以临床为依据，对有名无用之药，俱予删除。吴仪洛认为，当时的本草书中，《本草纲目》为集大成者，“其征据该洽，良足补《尔雅》《诗疏》之缺，而以备医学之用，则病其稍繁”。而缪氏的《本草经疏》“不特着药性功能，且兼言其过劣，其另外一本《本草备要》卷帙不繁，采辑甚广，为近今脍炙之书也。独惜作者汪昂本非岐黄家，不临证而信前人，杂采诸说，无所折中，未免有承误之失”。吴氏认为，上述本草著作均有长处，但也各有缺陷和不足。为此他复考《本草纲目》，并结合缪氏《本草经疏》，在《本草备要》的基础上，重订而成《本草从新》，将当时用治甚多，而从前本章书上均未收载之药物，都收载入册。如冬虫夏草、燕窝之类，当时民间己用，但本草著作中从未见记载。吴氏将其载入于册，并进行了详细论述。上述药物通过吴氏之书传播，其应用面更广，已成为现今医者常用之药。
明末本草学家贾所学在中药药理方面提出了一个新的理论概念——药母。药母说是中药理论规范化的一种尝试，取法于“书有字母，诗有等韵，乐有音律”。他认为“药母”是“辨药指南，药品化生之义”，订为规范，可防止“议药者皆悬断遥拟”的弊端。他的《药品化义》13卷，将“药母”具体内容分为体、色、气、味、形、性、能、力八法，各法又分为7项，并把它们与人之胜象、药之法象沟通联络。全书分气、血、肝、心、脾、肺、肾、痰、火、燥、风、湿、寒13类，共论药162种，各药隶属于所属门类之下，形成了一个较为完整的中药理论体系。明代李延罡得《药品化义》，称赞此书为区别发明，为一世指南，并做了补订。
张氏在《明医指掌》基础上，对药物的品种、药性诀的表述及药味的特性进行了充实和修改之后将其编为上部。为便于查阅，张氏将收录的439种药物按草、木、果、菜、谷、金石、土、水、禽、兽、虫、鱼鳞介、人划分为十三大部，再按各自特点将各部下药物细分为若干小类，如草部由山草、芳草、湿草、毒草、蔓草、水草、苔石草、补遗组成；木部由香木、乔木、灌木、寓木等组成。下部收录江南常用食材百余种，未明确归类。上部药物张氏先以大字列四言诗四句，概述其性味功效要点。后再以小字对其归经、用法、配伍、禁忌、产地、辨伪及同类药物性能比较等内容进行补充注释。下部食物张氏记载较为简略，皆择要注明药用价值及食用宜忌。
吴仪洛在本草学研究方面推崇张元素的用药法象，他把药物的气味厚薄、阴阳寒热与脏腑理论结合起来，如言柴胡“宣，发表和里，退热升阳，解郁调经。苦微寒，味薄，气升为阳。主阳气下陷，能引清气上行，而平少阳、厥阴之邪热”。羌活“宣理游风，发表胜湿。辛苦性温，气雄而散，味薄上升。入足太阳，以理游风，兼入足少阴、厥阴气分。泻肝气，搜肝风，治风湿相搏，本经头痛，督脉为病，脊强而联，刚痉、柔空，中风不语，头旋目赤。散肌表八风之邪。利周身百节之痛，为却乱反正之主药。若血虚头痛，遍身痛者，此属内证，二活并禁用”。同时，吴仪洛根据自己的临床实践，提出以形、色、性、味来区分用药。如薄荷“苏州所莳者，茎小而气芳，最佳；江西者稍粗，次之；四川者更粗，又次之；野生者，茎叶气味都相似，入药以苏产者为胜”。他不仅强调药物的四气五味、升降浮沉与临床药效之间的密切关系，而且重视药物归经。如归经说和引经报使说源于张元素，吴仪洛受其影响，在阐述药理时间有发挥。如言桔梗，“宣通气血，泻火散寒，载药上浮。苦辛平，色白属金。入肺泄热，兼入手少阴心、足阳明胃经。开提气血，表散寒邪，清利头目咽喉，开胸膈滞气。凡痰壅喘促，鼻塞目赤，喉痹咽痛，均可用之”。谓升麻曰“轻宣、升阳、解毒。甘辛微苦。足阳明、太阴引经药，亦入手阳明、太阴。表散风邪，升散火郁。能升阳气于至阴之下，引甘温之药上行，以补卫气之散，而实其表”。
吴仪洛认为，应用药物必先明了医理与药性，尔后才能辨疾病和正确用药。吴氏论药议方注重以中医基础理论阐述药物的性能功效，尤其重视对药物的主治及症状的分析，指明药物治病的机制，使药物使用更切合临床。如他在论述当归苦温、助心散寒的性味功效时，即谓“诸血属心，凡通脉者必先补心，当归苦温助心也”。在谈到当归“入心、肝、脾”时，又注明“心主血，肝藏血，脾统血”。又如在论述当归能治咳逆上气、痿痹时，他用小字注出“血和则气降……筋骨缓纵，足不任地曰痿，风、寒、湿客于肌肉血脉曰痹”。不仅解释了当归治咳逆上气的机制是和血降气，而且指出痿痹的病机是筋骨缓纵，外邪客于肌肉血脉。这样清晰的注解简易明了，使初学本草者阅之即明。正如吴氏自己所说：“注本草者，当先注明其所以主治之由，与所以当用之理，使读之者有义味可咀嚼也。兹集药性病性，互相阐发，庶便资用。”
张希白的《药性蒙求》下册介绍了许多如鸡鸭鱼肉、嘉香肉、熏兰、糟鱼等江南一带常见食材的药食宜忌。如糯米，《本草纲目》云：“黏滞难化。小儿、病人最宜忌之。”《本经逢原》指出：“若作糕饼，性难运化，病人莫食。”《药性蒙求》则直接指明了由糯米制成的江南主食粽子“性黏难化，病人勿食”。又如泥鳅与黄鳝同为江南盛产的滋补佳品，食用区别如何，《药性蒙求》给予了明确的指导，言“泥鳅，暖中，益气血，通经络。鳗鳝之良有益于人，毒者害人，鳅则有良无害，凡大痈血不成脓，痘不成浆，食之佳”。其他诸如“食蛙令人尿闭，若妊娠食之，令子短寿”“藕能入血，而澄粉甘平可口，益胃安神”“菱，甘寒，安中消暑，止渴解酒”等，均为张氏有感而发，具有明显的地域特色，对江南一带的百姓来说具有很高的饮食调理参考价值。
吴瑞的《日用本草》共收载日用食物540种，分为8类，依次为诸水类13种、五谷类32种、五畜类152种、诸禽类64种、虫鱼类66种、五果类98种、五菜类81种、五味类34种。书后附有“察脏腑气候宜忌服食诀”。包括“四时调神所宜”“四季末一十八日皆主脾旺”“五味所走所疾”“黄帝问伯高谷之所主”“五味五色相宜所合”“饮食所宜所忌”“五行相生相克”“五脏六腑表里应侯”等篇。其中的“察脏腑气候宜忌服食诀”，属于食疗总论性质。所列各食品条下均叙述其形态、产地、采收、制作及食用方法、性味、功效、主治等。吴瑞在编著《日用本草》过程中，“上考神农疗疾《本草》，及历代名贤所著，与夫《道藏》之方书”。力求收载范围之广泛详尽，在具体内容上又增加了自己的医疗经验和心得，与之前的食疗本草类著作中，本书最早将水类分离出来单列为一类，“天一生水善利万物，人非水不能活，况疗病乎？辄取水之一条冠于卷首”。已充分认识到水在饮食养生中的重要性，难能可贵。
王孟英在《随息居饮食谱》各类食物的论述过程中，强调饮食有节。如酒“多饮必病，故子弟幼时，总不令饮酒，到大来不戒而自不饮矣”；黑豆“性滞壅气，小儿不宜多食”等。
《本草从新》的另一个特点，是在每味药物的功效后均列有配伍相宜者和配伍相忌者，包括药与症之相宜相忌，用药与其他食物的相忌不宜。药物的修治炮制一并介绍，明教以示后学。如对白头翁载：“谓可泄热凉血。苦坚肾、寒凉血、入阴明血分，胃、大肠、治热毒下痢。”血分无热者忌。以此告诫后世，无击堂堂正正之师，勿犯虚虚实实之戒，且不可戕伐过度。而理应趋利避弊，一矢中的。
吴仪洛在《本草从新》中非常重视药物真伪的辨析。吴氏针对当时药店中盛行以假乱真，而数百年来无人起而指摘的现象，大胆提出此断不可行，并利用自己丰富的辨药经验，对易作假、易混乱的药物进行详细剖析鉴别，去伪存真，去劣留优。他主要从4个方面鉴别药物。一为产地，一些分布较广的药物可因自然条件不同，而药之质量各异。如“人参，宁古台出者红光结实，船厂出者空松稍差……而大戟，杭产紫者为上，北产白者伤人……黄连出宣州者粗肥，出四川者瘦小，连珠者良，新出连毛少刺少，色为黄，服之损人”。即使同种药物，因产地不同，药性各异，亦不可混合。二为形态，每一种药物都有其形态特点，通过形态鉴别，可以分真伪。如“党参根有狮子盘头者真；白术产于潜者最佳，有鹤颈甚长，内有朱砂点，术上有须者尤佳”。三为品种，“如郁金出川，广体镜圆如蝉肚，苦中带甘者乃真，而市中以姜黄、蓬莪术伪之者。柴胡之药，入山收购，往往将白头翁、丹参、小前胡、远志苗等杂在内，谓之统柴胡，其实真柴胡无几，须拣去另种，用净柴胡为要”。四为炮制，如“熟地黄须九蒸九晒，性才由凉转温，而今市中唯以一煮而售，害有不可胜言者也……菟丝子应煮另吐丝，捣成饼，烘干再研为细末，今市中菟丝子饼俱将麦曲打入，气味全乖，断不可用”。