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浙江本草学派为“浙派中医”十大分支流派之一，且历史悠久。浙江地区山清水秀，药材资源丰富。又为文化之邦，人杰地灵，古有不为良相即为良医之习，所以历代浙江地区本草名人辈出，著述汗牛充栋，药事兴旺发达，领全国之先。本草学派源远流长，成就卓著，尤其是《本草拾遗》《大观本草》，犹如两座丰碑，彰显出浙江本草学的辉煌。
嘉兴秀水医派的本草起源，与周边地区几乎同时发源。马家浜遗址距今约7000年，属长江下游、太湖流域新石器时代早期文化的代表。马家浜文化上承余姚河姆渡文化，下启崧泽文化和良渚文化，其中出土有大量的文物。在这些文物中发现了有益于保健的干栏式结构建筑遗迹，出土的芡实、菱角，亦说明了早期嘉兴人民即有药食同源的基础，同时菊、葎、蒿、凤尾蕨等药用植物，以及骨针等器具的发现，均为当时的医学行为提供了有力的依据。在此后的历史长河中，长江流域文化交融，秀水医派的本草学稳定发展。浙江是较早开始人工种植药材的省份，秦汉时期，浙江的药材主要有白术、丹参、甘菊、黄精、吴茱萸、越桃、活人之草等。
隋唐五代十国时期，浙江的药材十分丰富，产地较广，品种较多。隋代建国后开凿京杭大运河，又把原来的新城（今富阳县新登镇）、海盐也并入钱塘，此后绵延800多里的江南运河的南端——杭州、嘉兴与全国各地更紧密地连在一起，城市地位日益重要。自此浙北一带才开始真正发展起来，浙江丰富的药材资源得以走向商业化。
在这样日趋繁荣的经济及医药行业商业化的背景下，北宋时期，秀水医派医药学家名人辈出，如骆飞尘、闻人规、徐名世、周澄、严秋蟾、陈迁、郭敬仲、郭时义、蔡梅友、蔡渊斋、蔡竹友等。同时药材市场进一步繁荣，医药进一步分工，官办和剂局和民间药坊增多。政府先后在杭州、宁波、温州、嘉兴和海盐澉浦等地设立了市舶司，隶属于两浙市舶司。这些市舶司主要与当时的日本、高丽、真腊、占城、印度、大食、古逻、阔婆、勃泥、麻逸、三佛齐等国贸易，商品中香药占多数。市舶司内机构完备，设有押香药纲使臣等专职从事药物贸易的官员，鼓励中外药材贸易。当时嘉兴拥有两大市舶司，对外的药材进出口量巨大，种类繁多，极大地促进了秀水医派本草的发展。
南宋迁都杭州，随着经济和政治中心的南移，南宋时期嘉兴的医药卫生事业得到了空前发展。宋代药政较为进步，中药制剂的生产由国家专门设立的药局管理。药局分和剂局（制药工厂）与惠民局（药店）。医药商业分工细致，经营品种丰富。商业竞争促进了制药技术的发展，产生了许多专利出售的高效药品。沟通全国药物交流的药市，其数量和规模都有很大的发展。海盐地区汇集各地道地药材，有黄箭子、百日子、芍药、木香、瑞香、萱草、栀子、木樨、佛手、银杏、白术、连翘、茴香、韭子、杏仁、龙脑、槐花、半夏、枳实、瞿麦、紫苏、荆芥、青蒿、赤小豆、良姜、牛膝等。元朝延续了宋代农业、商业等的繁荣，海外贸易从贸易口岸和贸易品种来看超过了宋朝。其中嘉兴海盐的澉浦港在封建商品经济空前繁荣、海洋科技文化快速发展的宋元时期，也进入了它的鼎盛与辉煌，从事着中外医药交流活动。
从明代起，嘉兴的本草学发展更为突出，取得了令人瞩目的成就。出现了蒋仪的《药镜》、贾所学的《药品化义》，至清代有黄凯钧的《药笼小品》、冯兆张的《杂症痘疹药性主治合参》《痘疹药性五赋》、吴仪洛的《本草从新》、陆烜的《人参谱》、陈其瑞的《本草撮要》等专著。贾所学的《药品化义》被名医李延昰称为“区别发明，诚一世之指南”。清代的尤乘认为此书“珍为异宝”，称其“远绍神农开物之业，近接蕲阳集成之统……诚生人之要旨，济世之真诠也”。《药品化义》有突出贡献的是把“力”作为一个单项独立出来，是现代中药功效理论的源头。吴仪洛认为《本草备要》当时广泛流传，但有不少不足之处。从临床实际出发，“取其书重订之，因仍者半，增改者半”，新增了221种药物，在药物的分类、功效、主治、禁忌、真伪、修治等方面均有新的发展，使《本草从新》成为一部既适合流传学习，又符合临床实际，同时体现清代本草学术研究实际水平的专著。