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秀水温病学派是在继承发扬叶天士、吴鞠通、薛生白等温病各家学术思想的基础上，再结合本地区地理气候特点及各自临床经验，加以总结逐步形成的，因而具有秀水当地的诊疗特色，其学术特点如下。
江浙地区水网密布，土地淖泽，清咸丰、同治年间，温病、霍乱、疫疠诸病流行。王孟英认为恶劣的环境卫生是江浙地区“霍乱、臭毒、番痧诸证盛行”的主要原因。他倡导人们“平日即宜留意，或疏浚河道，勿使积污，或广凿井泉，勿使饮浊”，或利用药物对居住环境及饮用水源进行消毒预防，饮食要有节律，不宜“过食骤食”，不宜食“瓜果冰凉等物”，以免“遏伏热邪，不能泄越”。
江南是叶氏所说的“吾吴湿邪害人最广”的地区，江浙人病多夹湿，张千里认为临证尤重视湿热二因，慎用升提燥烈之药。金子久在湿温的病因上曾说：“时在湿令，所感之气，名曰湿也；湿属有质，伤其清气，气郁化火，名曰温也。”在病机上则说：“大凡湿邪化热，谓之湿温，湿邪蔓延三焦，充斥营卫，外不得汗，内不得下，蒸腾之热，灼津伤液，多烦少寐，有痰无咳。”这与金氏长期在江浙一带在从事医疗活动有关。
王孟英治疗温病的指导思想是，无论邪在卫分还是气分、营分、血分，概以轻清透解为立法宗旨。温病邪在气分，叶天士曾论“到气才可清气”。王孟英进而阐述，所谓清气即以轻清之品宣展气化，如山栀、黄芩、瓜蒌、芦根等。邪在气分，不可贸然使用寒滞之药，且厚朴、茯苓等亦在禁例。如温邪始终在气分流连者，可冀其战汗透邪。对此，叶氏提出“法宜益胃”。章虚谷认为，益胃即补益胃气。王孟英认为，此说未能尽合题旨，以温热之邪自口鼻入，先犯于肺，不从外解，则里结而顺传于胃，胃为阳土，宜降宜通，所谓腑以通为补也。因此，益胃者主要在于疏其枢机，灌溉汤水，使邪气松达，与汗液一起从外而解，一经战汗，病变可霍然痊愈。关于邪入营分的治疗，叶天士明确指出，“入营犹可透热转气”，意即用清营泄热之品，使其转出气分而解。王孟英的观点与之相同。至于邪入血分的治疗，叶天士指出，直须凉血散血，一般认为用千金犀角地黄汤。王孟英治疗此等病变常用晋三犀角地黄汤，即犀角、生地黄、连翘、生甘草，酌加玄参、金银花、竹叶之类，使血分热毒向外透解。
金子久在温病治疗过程中，首用辛凉，继用甘寒，终用咸甘酸，并能根据病情，知常达变。如温病初期，常用桑菊饮、银翘散加减，药取轻灵宣泄，以收疏风散热、宣畅肺气之功。在湿温的治疗上，既有芳香化湿、淡渗利湿，又有苦温燥湿、清热化湿等方法，药亦轻宣可喜。张千里在临证中亦常用轻灵流动之品，药虽不峻烈而邪已去，有“四两拨千斤”之妙，达轻可去实之功。黄凯钧诊病每从火热立论，遣药以清热凉润者居多。
养阴存津为温病治疗之基本大法。王孟英辨治温病很重视存阴，主张甘凉濡润，力戒温燥。他认为，凡治外感病证，须首先重视患者胃液盛衰，如邪渐化热，即当濡润胃腑，使胃气流通，则热邪有出路，津液不致进一步受损，这样才称得上善于治疗，意即生津养液与驱邪外出相辅相成。张千里在治疗温病时亦深谙此道。他主张“滋气化痰急救肺，以存津液为要着”。尤其推崇喻嘉言的清燥救肺汤，经他加减化裁，被广泛用于治疗温病的不同病证。张氏以西洋参代替原方中的人参来补肺降火，养胃生津，效果较原方更胜一筹。
金子久认为，仲景治阳明腑实用急下存阴，治太阳中风但求微汗，这都是为了避免津液的耗伤，防止病邪进一步深入，所以金氏在温病入营、入血或恢复阶段时指出，“凡热病以津液为材料，立方以甘寒为扼要，俾津液复得一分，则热邪退得一分”“气伤津耗，阴伤液枯，故立方存津液为第一”。在治疗上提出“凉润为燥热一定之治法”，主用甘寒生津和咸寒养阴两大方法，前者多用于养肺胃之津液，后者则用于滋填肝肾之真阴。
陈良夫的温病医案中，经常可以看到“温病以津液为至宝，留得一分津液，方有一分生理”“温邪须津液，留得一分津液，便有一分生机”之类的按语，足见其对养阴保津的重视。黄凯钧主张在热病后期余热未尽之时清养胃阴，药用鲜生地黄、鲜石斛、知母、麦冬、天花粉等。