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嘉兴是马家浜文化的发祥地，同时也是吴越文化的传承地。市境地处太湖流域，水乡泽国，为古越人聚居地。春秋时期地跨吴越，史称“吴头越尾”，因此兼有吴“泰伯辞让之遗风”与越“夏禹勤俭之余习”。楚并越后，又接受了百余年楚文化的影响。自秦（前222年）实行郡县制至五代（907—960年）以前，嘉兴一直归属会稽吴郡，语言亦属吴方言区，故民间习俗以吴俗为主流，江南水乡特色鲜明，有别于省内山区、半山区。
嘉兴文化的逐渐繁荣，是从六朝开始的。从东吴到晚清，嘉兴文化后来居上，在富庶的经济促进下一路追赶并逐渐领先，取得了辉煌的成就。西晋末年与北宋末年，国家两次迁都，北方衣冠之族多渡江而南，带来了中原文化，使嘉兴民风融合了中原风俗的成分。随着京杭大运河的开通与江南的开发，嘉兴与北方文化逐渐融合，优势互补，经济腾飞，文化也因交流的频繁而日渐兴盛。嘉兴文化发展虽然接近中原文明，但其独特性与多元性并存。故嘉兴历史上文化、科技和思想影响较大的变革，大致可分为4个阶段。
东吴立国江东后，嘉兴地区安定富足。西晋末年的永嘉之乱后，中原士大夫阶层大举南迁，大批北方人逃到地广人稀的南方避难，所谓“四方贤士大夫避地江南者甚众”。司马睿利用南迁力量，在建康称帝，建立东晋。知识分子凭借着较高的政治地位和文化素质，对江南文化产生了极大的影响，更形成了吴郡以顾、陆、朱、张为代表的地方大族，北方的中原文化与南方的吴越文化交融碰撞，提升了嘉兴的文化水平。“司马南渡，王谢继守，尔后清流美士、馀风遗韵乃相接续”，太湖流域人口骤增，人文荟萃，是文化中心南移的第一波，推动了科学和医学的发展。
北宋政府重视医药，范仲淹“不为良相，则为良医”的文人风尚，导致大量儒医的出现，以及大批知医儒臣的入行，提高了医药研究者的基础水平。加上造纸术和印刷术的进步与推广，促使医药学著作涌现，趋向昌盛。尤其是“靖康之难”后宋室南渡，对嘉兴文脉产生了巨大的影响。“衣冠人物遍东南”，大批官员和士大夫寓居嘉兴，渐成名门望族，包括一批名医，如郭氏女科、戈氏儿科等都是原籍河南，系汴京望族，随宋高宗南渡至嘉兴。嘉兴文化开始走到了全国的前列。宋室南渡，建都临安，是文化中心南移的第二波。元朝在嘉兴海盐设立市舶司，澉浦港在商品经济繁荣、海洋科技文化发展的宋元时期，承担着中外医药交流的任务。嘉兴医学得到了进一步发展，医学流派开始萌芽。
《明一统志》记载嘉兴“慕文儒，勤农务”。明清时期的嘉兴，农业发达、经济繁荣、社会发展、科举兴盛、名人辈出，这些对科技、文化、医学都起到了促进作用。明清两代浙江省共考中进士11587人，嘉兴市共考中进士1279人，彰显了明清浙江嘉兴地区文化之繁荣。明清时期嘉兴地区医政机构完善，商品经济繁荣，药材市场和药店颇多。儒医众多也是该地区的特点，医药学家学识渊博，文化素养很高，名医荟萃。同时因嘉兴为水陆枢纽，这时期该地区疫情肆虐，对各种传染病、流行病的研究和防治，也促进了中医学的发展，造就了一大批技艺精湛的医林高手，在全国享有很高的声誉，中医学也进入了全盛时期，医学流派初具规模。
这一时期“西学东渐”思潮兴盛。嘉兴身处中西交汇前沿，得风气之先，有识之士睁眼看世界，认识并学习到了西方的科学文明。“中国近代科学先驱”李善兰，翻译了大量的近代科技著作，将西方近代科学介绍到中国。中国研读《资本论》第一人的王国维，以中学、西学互为印证，创下了中国学术史上的众多“第一”。从晚清到民国，嘉兴涌现出了一批在学术史、艺术史、文学史上具有里程碑式的人物，他们熔铸古今、会通中西，这一时期也成为了嘉兴文化史上的高潮。此时的嘉兴中医人才仍执医药界牛耳，但也意识到了中医改革的新动向，中西医融合的新方法和相关医药学团体应运而生，世家学派切磋交流，传承创新，延续至今日，仍在进一步发扬光大。
因明宣德年间在嘉兴设立“秀水县”，故后人以秀水代称嘉兴。至清代中期，已然形成了历史地域独特、文化底蕴深厚、医家荟萃泱泱、传承脉络清晰的医学流派，故后人将该地域的医学流派称为“秀水医派”。悠久的历史传承和改革发展的实践，使嘉兴既凝炼了“崇文厚德、求实创新”的人文精神，又彰显了“越韵吴风、江南水乡”的文化底蕴和生态特征，又因地处太湖流域中下游，而隋唐时又有京杭大运河横贯其境，各种历史文明在这里相互融合，交相辉映。自古以来，人杰地灵，蕃秀殷富，俊彦荟萃，加之历史变迁，朝代更迭，境域变换，这里或成吴越之通衢，或归属苏扬，或为杭州所辖，因此这里中医学术交流幅度很大，医学文化内容丰富，有吴门学风、华亭医识、钱塘医学内涵等底蕴，悠久流远，传承弥新。