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嘉兴是新石器时代马家浜文化的发祥地，距今7000年前就有先民从事农牧渔猎活动。春秋时，此地名长水，又称槜李，吴越两国在此风云角逐。战国时，划入楚境。秦王政二十五年（前222年）置由拳县、海盐县，属会稽郡。两汉时煮海为盐，屯田为粮。三国时吴国雄踞江东，析由拳县南境、海盐县西境置盐官县。231年，“由拳野稻自生”，吴主孙权以为祥瑞，改由拳为禾兴，242年改称嘉兴。两晋、南北朝时，嘉兴得到进一步开发，农业发达，“一岁或稔则数郡忘饥”。
隋代开凿由杭州经嘉兴到镇江的大运河，给嘉兴带来灌溉舟楫之利。唐玄宗天宝十年（751年）析嘉兴县东境及海盐、昆山等县部分辖地置华亭县。唐代嘉兴已成为中国东南重要产粮区，有“嘉禾一穰，江淮为之康；嘉禾一歉，江淮为之俭”的说法，且尚文风起，中唐贤相陆贽是嘉兴人。五代十国时期，吴越国在嘉兴设置开元府（置开元府没有报中原后唐王朝批准，嘉兴市志中没有承认），领嘉兴、海盐、华亭三县，是为嘉兴首次设州府级政权。后晋高祖天福五年（940年），在嘉兴置秀州，领嘉兴、海盐、华亭、崇德四县。
北宋改秀州为嘉禾郡，“靖康之难”后宋室南渡，大量中原人士随之南迁，建都临安，嘉兴为京畿外围重镇。例如，南宋时，嘉兴海宁称盐官县，时属临安府，据《淳祐志》载，宋时海宁人口已达14万余，至明嘉靖年间人口已达24万余。作为县域，海宁自古以来被誉为“古之名区，在杭郡为首邑，浙以西莫先焉”。宋代“倡文偃武”的政策对富足繁华的嘉兴影响较大，尤其是当时有着先进文化的杭州，对其形成了强大的文化辐射。南宋宁宗庆元元年（1195年），因嘉兴是孝宗出生地黄而升郡为府。嘉定元年（1208年）又升为嘉兴军节度。宋元时，嘉兴经济、科技、文化较发达，被称为“百工技艺与苏杭等”“生齿蕃而货财阜，为浙西最”。乍浦、澉浦等港口外贸频繁，海运兴隆。
明宣德五年（1430年），析嘉兴县西北境为秀水县，析东北境为嘉善县；析海盐县置平湖县；析崇德县置桐乡县，嘉兴府下辖七县，称一府七县。此后四五百年间嘉兴府县体制基本未再有大的变动。其时，在农业和手工业发展的基础上，商品经济日渐繁荣，棉布丝绸等行销南北，远至海外，闻名遐迩。明清两代，嘉兴府的户数、丁口数、田亩数等一直位居浙江前列，其地位仅次于省会所在的杭州府。明弘治《嘉兴府志》记载“嘉兴为浙西大府”“江东一都会也”。
明清两代嘉兴地区科举兴盛，耕读传家，尤慕文儒，读书人以文相竞，善著书立说。如1430—1905年，据不完全统计，仅平湖考取举人者668人，进士及第221名，产生了影响深远的“平湖清官群体”。世家大族集聚，曾出现了一门三代四尚书，一门五御史等兴盛门第。明代嘉善曾有10名医生先后入职太医院。1431年，嘉善知县李逊设置医学署和官员，管理医药行政事务及医学教育。现代学者朱德明对元、明、清时期的浙江医家进行了罗列汇总，嘉善有医家127人，占全省医药学家总人数的4.81%，是全省医家最多的地方县。
清中期，政府进行了赋税改革和整顿，并多次对杭州湾沿岸海塘进行修筑，嘉兴社会经济持续好转，市镇经济繁荣。清嘉庆年间，嘉兴人口密度高居全国之首。清中期以后，嘉兴的经济和文化依然领跑全国。例如，嘉兴桐乡的乌镇、濮院是典型的江南水乡古镇，文脉绵长。历代文人名人云集，如忠勉辅政的贤相赵汝愚，开办传贻堂的辅广，科第煊赫的“五子登科”，选编中国首部宋诗总集《宋诗钞》的吴之振和吕留良，向《四库全书》进献700余种书籍、为全国私家进书之首的藏书家鲍廷博，清末民初创办医学校的名医金子久等。
清咸丰十年（1860年），太平军攻克嘉兴，后饱受战乱之苦。民国初废府存县，改称嘉禾县，后复称嘉兴县。1921年，中共“一大”在嘉兴南湖的一艘游船上闭幕，宣告中国共产党成立。现在的嘉兴市区包括南湖区和秀洲区，还下辖海宁、桐乡、嘉善、平湖、海盐五县，全域大部分为平原，处太湖流域中下游，京杭大运河横贯其境，仅嘉兴海盐南片山峦叠翠，草药资源丰富，如秦山的仙草峰，有“山间百草皆治病”的传说。近代以来更是涌现出众多思想家、文学家、艺术家、科学家、医学家，文化积淀极其深厚，而历代医家更为这片土地上的人民繁衍生息、延年益寿作出了巨大的贡献。
秀水之名，最早兴于宋代，相传每当天色晴好，水面上便会泛起五色波澜，若参加科举的士人看到，就能在科举考试中发挥出色，金榜题名。正因“五色波”这一现象寓意吉祥，这段河流便被命名为“秀水”，滋养着地处浙北杭嘉湖平原的嘉兴地区。古地名秀州源于五代十国的后晋，南宋时因孝宗毓圣于此，升秀州为嘉兴府。明宣德五年（1430年），朝廷将嘉兴府进行调整，原嘉兴县被拆分成嘉兴、秀水、嘉善三县。此后“秀水县”之名总历时480年，故今人常以“秀水”作嘉兴地域性的别称。