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大多数的巴赫传记在描写巴赫面对亲人的离世，特别是孩子的离世时，书写方式都流于表面。那个年代的儿童死亡很常见。史书上展现的巴赫是沉着冷静、远离厄运的。
遗产清单
1 原文如此，即上栏所列“未偿还债务”。
然而事实上，从童年起，死亡就笼罩着他。我们不应该忘记巴赫在9岁时就成了一个孤儿，1694年他的母亲玛丽亚·伊丽莎白·莱默希尔特（Maria Elisabeth Lämmerhirt）去世。数月后，也就是1695年2月，父亲约翰·安布罗修斯·巴赫长眠于地下。维吉尔所谓“死亡的多种样貌”从来没有离开过巴赫。1713年2月23日，他不得不看着他第一个孩子约翰·克里斯托夫（Johann Christoph）的棺材下葬，而仅在三周后，约翰的孪生妹妹玛丽亚·索菲亚（Maria Sophia）于3月15日去世。巴赫一生中参加过很多次自己孩子的葬礼，这是他永远无法抚平的伤痛。
以为疾病与死亡在巴赫的时代没那么沉重，是一种错误的观念。尽管疾病与死亡的阴霾总是笼罩着巴赫的家庭，巴赫仍然与旁人一样，对它们带来的深深痛楚习以为常。相反，当一个人在为自己和他人的死亡忧心忡忡时，他的理性思考便会进一步造成阿里耶斯所谓“恐惧的加剧”，因为计算时间就是在计算活着的时间。孩子的死亡无法让人平静。人们一般认为，对于子女长大成人的忧虑是从启蒙运动时期开始的，但这并不是事实，此前这种忧虑便已经存在。然而在启蒙运动时期，这种忧虑以一种近乎病态的方式加剧，因为伴随启蒙运动而发生的一个重要变化，是人们对于子女更抱持一种拥有感。
巴赫与第一任妻子玛丽亚·芭芭拉共育有7个子女，其中两个儿子威廉·弗里德曼和卡尔·菲利普·埃马努埃尔后来都声名显赫。巴赫的第二任妻子是安娜·玛格达莱娜，他与她共育有13个子女。但很多孩子在出生后不久就夭折了。美国浪漫主义画家爱德华·罗森塔尔（Edward Rosenthal）于1870年据此创作了油画《巴赫的家人》。
1720年7月，当巴赫结束陪伴安哈尔特-克滕亲王利奥波德的行程从卡尔斯巴德回来的时候，他面对的是一个令人心碎的家。他35岁的妻子玛丽亚·芭芭拉已经于当月7日下葬。这件事给他留下的伤痕永远无法弥合。《讣告》中写道，作曲家离家的时候，妻子还是平平安安的，“但当他回来后，刚一进家门，就听到了妻子生病去世的消息”
。
巴赫的传记作家们几乎没有人描述过巴赫在遭遇妻子离世后的反应。但海尔加·托恩（Helga Thoene）写道，巴赫在1720年完成创作的《小提琴独奏奏鸣曲与帕蒂塔》（Sonatas y partitas para violín solo，BWV 1001—1006）是在向玛丽亚·芭芭拉致意。
托恩通过研究发现，这部别名为《6首无低音伴奏的小提琴独奏》（Sei Solo a Violino senza Basso accompagnato）的佳作是在他妻子去世后才完成的，而著名的《D小调组曲之恰空舞曲》（BWV 1004）实际上是一首为亡妻创作的悼亡曲。
托恩说，《恰空舞曲》3个部分中的变奏，从第一个音符到最后一个，都以众赞歌的旋律为依托。前四小节取材于马丁·路德的《基督躺在死亡的枷锁中》（Christ lag in Todesbanden）。整首舞曲的灵感都来源于众赞歌。《恰空舞曲》的第二部分着力展现个人痛苦的忏悔。为表现这一主题，巴赫借鉴了《耶稣受难曲》中的不同片段，比如“耶稣，我现在要思考你受的苦难”。第三部分从众赞歌的最后一句“我的灵魂，现在赞美主吧”开始，之后旋律再现，第一部分中的“主啊，愿您的旨意在人间如同在天国一般，都能得以实现”被再次唱响。在这6首独奏曲，特别是3首教会奏鸣曲和《恰空舞曲》中，我们不断看到的众赞歌元素都不是作品的必备要素，加入众赞歌元素大概是为了庆祝礼仪年中的3个节日：圣诞节、复活节和圣灵降临节。
《D小调组曲之恰空舞曲》（BWV 1004），巴赫的亲笔曲谱。
巴赫的弟弟、双簧管演奏家约翰·雅各布（Johann Jacob）于1722年去世。类似的不幸在1739年5月迎来了尾声，这个月传来了儿子约翰·戈特弗里德·伯恩哈德（Johann Gottfried Bernhard）的死讯。这个让巴赫最头疼的儿子在24岁时就撒手人寰。戈特弗里德情绪多变，所过之处常常留下一堆债务，巴赫尽其所能地为他一点一点还债。巴赫为这个儿子留下了他写过最感人的一封信。巴赫给约翰·弗里德里希·克莱姆（Johann Friedrich Klemm）写信，为他儿子的行为道歉：“我十分相信你们不会因为我儿子的错误行径而怪罪我。”克莱姆为约翰·戈特弗里德在桑格豪森争取到一个管风琴师的职位，戈特弗里德接受了这个职位，但像其他几次一样，他不辞而别，还欠下许多债，举止也很不端正，让他的父亲蒙羞并深受折磨。在这封1738年写于莱比锡的信中，巴赫说自己感到很沮丧，他已经付了一些杜卡多金币给儿子还债了，“本以为这样儿子便可以开始新生活了”
。巴赫说自己不得不背负这个沉重的十字架，“只能请慈悲的上帝保佑我这个倒霉的儿子”。沮丧的巴赫恳求克莱姆，如果知道儿子的行踪请告诉他，巴赫想唤醒误入歧途的戈特弗里德“那冷漠的心，希望他能有悔过之意”。
作曲家总是依靠他的工作来对抗这些烦恼，他用音乐重建起宁静，重建起他对于上帝的信念。在玛丽亚·芭芭拉去世的几个月后，巴赫选择去汉堡做管风琴师。这并非一个偶然的决定，因为他希望可以在克滕的职位以外再做一份工作。1721年3月，他在克滕完成了《勃兰登堡协奏曲》的定稿，他在献词里写道：“约翰·塞巴斯蒂安·巴赫，您最谦卑顺从的仆人，将6首多种乐器的协奏曲，献给勃兰登堡边疆伯爵阁下克里斯蒂安·路德维希。”凭借这6首被施比塔命名为《勃兰登堡协奏曲》
的作品，巴赫尝试在柏林音乐教堂谋得一个职位。他想离开克滕，离开这个妻子已经不在了的地方。这种永不停歇的行动力是巴赫性格的一个内在特点。