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对生态系统服务价值及生态补偿问题进行理论分析，阐述其中包含的生态经济学、环境经济学与资源经济学理论，是指导生态补偿实践的基础。运用可持续发展理论、公共物品理论、生态环境价值论、外部性理论等为区域生态补偿的研究与分析提供理论支撑，是实践生态补偿的前提。
1987年，挪威前首相布伦特兰夫人领导的世界环境与发展委员会向联大提交了研究报告《我们共同的未来》，报告将注意力集中在人口、粮食、物种和遗传资源、能源、工业和人类居住等方面，并提出了“可持续发展”的概念。该报告把环境保护与人类发展切实结合起来，实现了人类有关环境与发展思想的重要飞跃，并成为世界各国和地区指导发展的战略首选。可持续发展是指在保护环境的条件下，既满足现代人的需求又不损害后代的需求的发展模式。换句话说，就是指经济、社会、资源和环境保护协调发展，它们是一个有机的整体，既要达到发展经济的目的，又要保护好人类赖以生存的大气、淡水、海洋、土地和森林等自然资源和环境，使子孙后代能够永续发展和安居乐业。中国首次提出是在中国科学院《中国可持续发展战略报告》（1999）中。可持续发展理论的核心思想主要集中体现在公平性、可持续性以及共同性三大原则上：①公平性原则，是指在机会选择上的公平性，即包括横向的本代人之间的代内公平，也包括纵向的世代间的代际公平；②可持续性原则，资源和环境是可持续发展的重要制约因素，人类需要按照持续性原则对生活方式和资源政策进行调整；③共同性原则，虽然世界各国的历史、经济、文化和发展水平不尽相同，且对于可持续发展的具体目标和实施战略各不相同，但是人类社会对于可持续发展的发展方向和终极目标的认识是一致的。随着经济的发展和生态环境保护实践的不断深入，我国政府从实际出发，结合我国国情，提出实施可持续发展战略，并进一步拓展了可持续发展的内涵，指出可持续发展的核心是发展，要实现人口、资源、环境、社会与经济协调发展，经济发展是根本保证；而资源的永续利用和良好的生态环境则是可持续发展的重要标志，防止环境污染和生态破坏，也是我国当前的基本国策。
随着人类社会经济的发展，生态环境的日趋恶化，环境资源的日益稀缺，生态补偿作为一种环境管制手段，能够有效平衡人类与生态环境之间的这种矛盾。生态补偿使人类在开发利用环境资源的同时，经由一定的交换方式来为大自然的自我恢复提供物质保障。人类历史发展证明，只有人类善待自然、合理开发自然，人类与自然才能和谐相处，人类社会才能真正实现可持续发展。由此可见，该理论为我国区域生态补偿制度的构建指明了目标和方向，即以经济的可持续发展为条件、以社会的可持续发展为目标，从而实现环境、社会、经济的和谐统一发展。可持续发展是实施生态补偿的根本目标，而区域生态补偿则是坚持资源可持续利用之路的必然要求。
长期以来，人们以自身活动为中心，认为生态资源不是劳动产品，没有完全进入商业市场，它既没有价值，也没有价格。1997年Daily等人编写出版的 Nature's services ： societal dependence on natural ecosystems 以及Constanza等人在 Nature 上发表的 The value of the world's ecosystem services and natural capital ，对全球各个生态系统的服务价值进行了定量估算。并且，该估算使人们开始反思传统的人类中心主义价值观，生态资源的价值开始逐渐得到人们的认可。生态系统除了为人类提供直接产品以外，它还具备其他各种效益功能，包括供给功能、调节功能、文化功能以及支持功能等。生态资源价值理论认为生态系统所提供的服务功能本身就具有价值，它反映的是生态资源对于维持人类生产生活，改善人类福祉的有用性。对于生态资源价值化的解释我们可以从盘活生态资源价值所经历的“生态资源价值培育—生态资源资本深化—生态资源价值实现”三个发展阶段进行阐释。（郎宇和王桂霞，2024）。其价值包括人们对生态资源的发现、保护、开发以及促进生态资源再生产等过程中投入的大量的物化劳动和活劳动。因此，人类在制定与生态系统管理有关的决策时，既要考虑人类福祉，同时也要考虑生态系统的内在价值。
生态系统作为人类赖以生存与发展的重要载体，在净化水质、气候调节、维持物种多样性等方面发挥着巨大的作用，具有很高的价值。生态环境价值论是构建生态补偿机制的价值基础，同时也是确定补偿标准的理论依据。人们准确地评估与定量化区域生态系统服务价值，科学地制定生态补偿标准，是实施生态补偿的重要前提。
环境外部性定理诞生于20世纪初，该定理是生态经济学和环境经济学的基础理论之一，由著名的经济学家马歇尔首先提出，随后他的学生庇古丰富并发展了这一理论。外部性是指由某经济主体的行为所获得的福利惠及了他人，而该经济主体并没有权利向他人索取补偿，他人也没有义务要向该经济主体提供补偿的一种现象。其实质是人类在生产、生活活动过程中对他人造成的一种正面或负面影响，即正外部性和负外部性。正外部性是指一些人的生产或消费使他人受益而又无法向受益者收费的现象；负外部性是指一些人的生产或消费使他人受损而受损者无法获得补偿的现象。
环境资源具有典型的外部经济性，而外部的不经济行为往往对环境资源造成损害。与此同时，外部性是引起市场失灵的重要原因，Pigou（1932）认为，外部性产生的根本原因是市场机制的失灵，市场不能实现对其自身行为的调整，必须依靠政府干预对市场失灵问题加以解决，这是污染物治理外部成本内部化。因此，生态补偿的根本目的就是消除经济活动中出现的负外部性问题，鼓励那些有正外部性的生产活动，即把外部成本内部化。对此，学界提出了三种路径以供选择：“庇古税”路径、科斯的“产权”路径和“自主治理”路径。已有的生态补偿的实践主要有政府补偿、市场补偿和社区补偿这三种模式。其在具体操作方式上表现为：一是通过收费、征税、补贴、财政转移等一系列公共政策进行政府干预；二是在产权明晰的情况下，私人部门协商解决补偿问题；三是由社会成员自发自主进行补偿。
相对于私人物品而言，公共物品具有鲜明的非竞争性、非排他性。非竞争性是指某人对某物品的消费并不能影响他人消费这种物品；非排他性是指某人对某物品的消费并不能排除他人消费这种物品。学者根据公共物品这两大属性的适用性对其做了进一步分类，将公共物品分为纯公共物品和准公共物品。据此，学者将资源生态系统分为两类，即具有纯公共物品属性的生态产品和具有准公共物品属性的生态服务。环境资源及其所提供的生态产品与服务所具有的公共物品特性，决定了个体在利用环境资源追求个人利益最大化的过程中将遭遇供给不足、过度使用等困境。对此，生态补偿恰可以通过制度设计来调节利益相关者之间的冲突，进而限制资源环境的过度使用，激励区域生态系统服务的供给。同时，我们要根据资源环境公共物品属性和适用范围的不同来确定生态补偿中不同补偿主体，明确其权利、责任和义务，实施有效补偿。