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个案研究是进行实证研究的重要方法之一。对社会属性的一般性概括，对全新概念的发现，对既有理论的改进及构建情境性理论都可以用个案研究
。笔者基于调研素材提炼出“村寨制”这一个概念，可借助个案研究方法进行探讨。同时个案研究本身又有自己研究方法上的优势。一是个案研究具有深入性。个案研究通过细致深入的分析，可聚焦展现某一社会现象。二是个案研究不仅关注个案本身，更重要的是关注和挖掘特定研究对象的复杂社会结构及其内在机理。个案研究不只是对研究事实的客观描述，更注重“走出个案”进行理论提升，使研究更具有解释力。
本书以“寨”为研究单位。为了获取第一手的研究资料，恰逢笔者所在学院启动西南区域的深度调查项目，笔者于 2017 年 7 月至 2017 年 11 月前往边疆村寨开展深度调查。笔者一个人深入西南边陲景颇村寨进行驻村观察，参加寨民的生产、生活以及交往活动，进行田野调查，与寨民交谈，并搜集相关的文本资料，作为本书的材料支撑。在调查过程中，笔者主要关注民主改革前的村寨治理。作为内地农村成长起来的人，笔者对边疆村寨的社会事实充满了好奇。这种“异文化”的优势激发了笔者的调查热情，使笔者更加全面、细致、深入地了解调查对象。在调查中，笔者除了注重对调查事实本身的资料搜集，以事实描述弄清楚是什么，更重要的是明白“为什么”。
研究选题来源于个案村寨，本书的客观性很强。本书属于历史政治学研究，主要研究民主改革前的村寨。笔者通过实地调查，对当地老人进行深度访谈，以尽可能详细地了解个案村寨，为本书提供丰富的客观支撑材料。在田野调查中，笔者也注重搜集族谱、文书、档案等相关的文本资料，作为本书的材料支撑。
在已有的村寨理论研究中，关于传统村寨的研究主要集中在村寨空间、村寨文化、村寨治理等方面，鲜有文献从村寨制度体系方面对村寨进行深入研究。从总体目标来看，本书尝试对传统边疆村寨社会的制度形态、治理形态进行研究，探索相对独立的传统边疆村寨是如何实现自我治理和运转的。并进一步探讨，在传统时期国家权力鞭长莫及的情况下，地处边疆的村寨如何通过自我治理实现有效运转。从理论提炼来看，已有研究较为宏观，没有深入某一村寨进行深描并对其制度体系进行提炼。本书通过对传统边疆村寨社会制度形态的分析，尝试提出“村寨制”这一个概念，从政治系统视角出发，研究处于特殊形态下的边疆村寨，剖析传统时期边疆村寨的治理形态，进而推动乡村治理的相关研究。本书尝试从村寨内生整体性秩序的形成逻辑中考察基层治理等一般性命题。
首先，当前学界对村寨的研究成果颇丰，但对村寨制的研究不够充分，对如何进行村寨制研究还没有形成专门的研究方法。其次，已有的政治系统理论研究多是用政治系统理论进行宏观层面的研究，或运用政治系统理论研究国家层面的政治现象，很少有研究对政治系统理论进行微观系统研究，也很少有研究用政治系统理论研究微观村寨，而作为分析工具的政治系统理论是可以运用到微观系统研究中的。最后，村寨制的特点与政治系统理论比较契合，运用政治系统理论分析村寨治理形态具有创新之处。在西南边疆地区形成的村寨制是相对独立的社会系统，同时作为社会系统的村寨制具有政治属性，因此可以用政治系统论进行分析。村寨是在较为封闭的环境下运行的，要了解村寨制是什么，用政治系统论进行分析更能体现村寨制运行的动态过程。在运用政治系统论分析村寨制时，不能全盘照搬政治系统论，需要在田野调研材料的基础上对政治系统论分析方法进行改良。本书借用政治系统论的分析框架，同时结合处于王化之外的村寨制的特点对其进行改造，也就是说在政治系统论的基础上往前推进一步，这成为本书的一个创新点。改造后的政治系统论适用于相对独立的社会单元的系统分析，不仅可以用于西南边疆的村寨制研究，也可以用于海南黎族的合亩制研究。