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城商行跨区经营是指城商行在其注册地以外的区域开展各种业务活动。现阶段，城商行跨区经营模式越来越多样化。全国城商行的发展状况呈现出鲜明的地区特色。权衡内外部因素，各城商行选择的跨区经营模式也不尽相同。整体而言，城商行跨区经营模式主要涉及以下六种。
2006年4月，上海银行首次在宁波设立分行，拉开了新设异地分支机构这一跨区经营模式的序幕。事实上，直接新设异地分支机构是城商行最主要的跨区经营模式。然而，自2011年以后，银监会综合权衡风险防控以及城商行转型定位等因素，出台了一系列约束城商行跨区经营的相关政策。这直接导致城商行跨省设立分支机构的审批基本上处于停滞状态，但省内新设异地分支机构的进程依然持续纵向推进。
通常而言，直接新设异地分支机构的程序相对简单。具体而言，符合监管机构的相关要求后，城商行便可以向归属地的银监局或银监会提出申请，到归属地之外的省市建立分支机构；建立分支机构后，严格按“总行-异地分行-异地支行”的架构进行日常管理。城商行总行统筹分支机构筹备时的选址、人员安排、制度制定及其经营方向和目标，中间环节所涉及的外部机构相对较少。据统计，截至2014年年底，便有106家城商行在省内建立了584家分行，也有46家在省外新设了124家分行。
城商行的并购重组模式主要有吸收合并和新设合并两种模式。其中，吸收合并模式是指某家城商行对其他行的资产、负债、工作人员及其设备等进行整合吸收，被吸收的银行将被注销。现实中，这种模式通常是由一家实力较为雄厚城商行负责牵头，吸收整合多家规模小且实力偏弱的小型城商行。其中，较为典型的就是徽商银行牵头的“6＋7”模式、吉林银行的“2＋5”模式以及龙江银行的“3＋1”模式。
新设合并模式是指先设立一家新的城商行，然后由其接管参与并购重组银行的全部业务，被合并的银行将全部被注销。比如，江苏银行是2006年由“10合1”合并重组而成；长安银行是2009年由“2＋3”合并新设的；2010年年底，湖北银行“5合1”新设挂牌；2010年年底，华融湘江银行在“4＋1”基础上新设而成；2012年，贵州银行“3合1”新设挂牌；2014年8月，河南省的13家城商行实现“13合1”，新设成立了中原银行，是最近的一次大规模合并。
值得注意的是，合并重组后，城商行的资产规模迅速扩大，可能会背离“服务中小企业、服务当地居民”的历史定位，甚至会违背特定的市场定位，同各大型商业银行以及区域股份制银行抢夺客户资源，加剧银行业竞争。
收购城市信用社或农村信用社模式是指单独由一家城市商业银行整体收购省内或省外的某一家或多家城市信用社或农村信用社，被收购的信用社将被取消法人资格，转变为城市商业银行在本地的分支机构，以此实现跨区发展。该类收购较为典型的案例就是哈尔滨市商业银行收购双鸭山城市信用社事件。
异地收购城市信用社或农村信用社与合并重组一样，能够为短时间内难以满足监管部门异地设立分支机构要求的城市商业银行提供跨区经营的可行路径。与此同时，新设的城市商业银行能够依托原信用社在当地的市场地位及其员工丰富的人脉关系迅速拓展业务。当然，新设的城市商业银行也需要承担原信用社因经营不善而留下的历史债务，并需要安置被收购的信用社的相关员工。
城市商业银行参股控股异地城市商业银行或农村商业银行，甚至发起设立异地村镇银行，参与被投资机构的实际经营决策，是目前城市商业银行实现跨区经营的可行路径。尤其是2011年以后，跨区经营政策收紧，城市商业银行设立异地分支机构会受到一定程度的制约，多数城市商业银行纷纷建立村镇银行来间接实现跨区经营。
现实中，多数城市商业银行采用直接参股的方式而实现跨区经营。比如，北京银行、南京银行以及莱商银行等。2006年，南京银行持股18％入股山东日照市商业银行，顺利成为日照市商业银行的第一大股东；2008年，银监会准许北京银行入股廊坊市商业银行，持股比例达到了19.99％，促使北京银行顺利参与廊坊市商业银行的日常经营决策，从而间接实现跨区经营。
业务联合合作是指多家城市商业银行彼此结成联盟，共同开展合作某项或者多项业务，以实现跨区经营。河北省城市商业银行率先在该领域进行了积极探索。2006年5月，河北省城市商业银行合作组织正式宣布成立，其是由六家成员银行组建而成的，具体包括石家庄市商业银行、秦皇岛市商业银行、沧州市商业银行、廊坊市商业银行、唐山市商业银行以及张家口市商业银行，其日常运作模式主要是每年举办一次“河北省城市商业银行合作组织圆桌会议”。
与此不同，2008年9月，济南挂牌新设的山东城市商业银行联盟是另一种形式的合作。该联盟由山东省14家城市商业银行共同出资新设，各成员银行均出资1 000万元，建立提供后台服务的金融服务公司。出资银行通过联盟来共享后台服务。该联盟能切实解决各城商行因自身规模限制而出现后台支持不完备等问题，削减各成员的研发成本，促进各成员之间的业务合作，实现优势互补。
值得注意的是，业务联合模式可以维持城商行决策链条短且信贷环节少的比较优势，还能够有效缓解外汇以及金融理财等中间业务所受到的网络、地域限制等问题。然而，相较于合并重组模式，业务联合模式难免也有一些自身的缺陷。多家城市商业银行以合作的方式形成联盟，各自经营，难以迅速实现规模扩张、整合优势资源。此外，业务联合模式的会议流程更复杂，极大地增加了联盟成员之间的沟通协调成本，难以有效解决成员行彼此之间的竞争问题，这也会对后续合作的稳定性和持久性产生不利的冲击。
2006年12月，银监会出台相关政策，准许设立异地村镇银行。大多数城市商业银行便纷纷发起设立村镇银行，深入布局地方银行网点。2007年，四川仪陇惠民村镇银行、吉林磐石融丰村镇银行以及吉林东丰诚信村镇银行率先设立，是我国首批新设的村镇银行。其中，四川仪陇惠民村镇银行是南充市商业银行发起设立的，而吉林磐石融丰村镇银行和吉林东丰诚信村镇银行是由吉林市商业银行发起设立的。与此同时，内蒙古包商银行注资300万发起设立鄂温克旗包商村镇银行，这是第一家少数民族地区的村镇银行。
村镇银行建设正如火如荼，大多数城商行积极探索，并扮演发起人。2014年的数据显示，村镇银行中由城商行主发起设立的数量多达380余家。
综上所述，以上六种跨区经营模式各有利弊。但是直接设立异地分支机构依然是最主要的跨区经营模式。无论是合并重组、收购城市信用社或农村信用社、参股控股异地银行、业务联合合作还是设立村镇银行，均未被广泛运用。