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统一六国后，嬴政面临着如何治理这个庞大帝国的难题。他深知，旧有的政治制度已无法适应新的形势，必须进行一场彻底的政治改革。于是，嬴政召集大臣们商议国家制度的问题。丞相王绾等人建议实行分封制，他们认为，六国刚刚平定，各地局势不稳，应该将皇子们分封到各地，建立诸侯国，以拱卫中央。但廷尉李斯坚决反对分封制，他指出，周朝实行分封制，诸侯们逐渐强大后，便相互攻伐，周天子无法控制，导致天下大乱。如今秦国好不容易统一六国，应该实行郡县制，加强中央集权。嬴政经过深思熟虑，最终采纳了李斯的建议，决定在全国推行郡县制。
嬴政将全国分为三十六郡，郡下设县。郡的长官为郡守，县的长官为县令或县长，他们都由中央直接任命，不得世袭。这样一来，地方的权力被集中到了中央，大大加强了中央政府对地方的控制。同时，嬴政还建立了一套从中央到地方的官僚体系。在中央，设立三公九卿制。三公即丞相、太尉、御史大夫。丞相协助皇帝处理全国政务，太尉掌管军事，御史大夫负责监察百官。九卿则分管朝廷的各项具体事务，如奉常负责宗庙礼仪，郎中令负责宫廷警卫，卫尉负责皇宫守卫等。三公九卿相互配合，又相互牵制，最终权力都集中到皇帝手中。
为了显示自己的至高无上的地位，嬴政决定给自己重新确定一个称号。他认为，自己“德兼三皇，功过五帝”，于是将“皇”和“帝”两个字结合起来，创造了“皇帝”这一称号，并自称“始皇帝”，希望秦朝能够二世、三世乃至万世地传承下去。嬴政还规定，皇帝的命令称为“制”和“诏”，皇帝自称“朕”，这些称呼和制度都体现了皇帝的独尊地位。
此外，嬴政还统一了度量衡和文字。在秦朝统一之前，各国的度量衡标准不一，这给经济交流和国家管理带来了极大的不便。嬴政下令统一度量衡，规定了长度、容量、重量的标准单位，制作了标准的度量衡器具，并向全国颁发。同时，嬴政还命李斯等人对文字进行整理，以秦国的小篆为标准文字，在全国推行。文字的统一，促进了文化的交流和发展，也有利于国家的统一和稳定。